def test_read_fasta(): u""" Tester om read_fasta returnerer en ikke tom dict. returnerer: True hvis dict ikke er tom. False hvis dict er tom. """ return len(handin4.read_fasta(fasta_fil).keys()) != 0
def test_find_prot2(): u""" Tester om find_prot2 returnerer korrekte værdier. Der testes for om alle returnerede værdier har den korrekte længde. returnerer: True hvis alle værdier har den korrekte længde. False hvis ikke alle værdier har den korrekte længde. """ ecoli_dict = handin4.read_fasta(fasta_fil) ecoli_key_list = handin4.find_prot2(ecoli_dict, protein_regex) for key in ecoli_key_list: if len(key) != 9: return False return True
def test_find_prot(): u""" Tester om find_prot returnerer de korrekte værdier. Der testes på to protein navne der skal være til stede og på et protein navn der ikke findes. returnerer: True hvis alle tests er vellykket. False hvis bare en enkel test fejler. """ ingen_fejl = True ecoli_dict = handin4.read_fasta(fasta_fil) if handin4.find_prot(ecoli_dict, "YBGC_ECOLI") != "MNTTLFRWPVRVYYEDTDAGGVVYHASYVAFYERARTEMLRHHHFSQQALMAERVAFVVRKMTVEYYAPARLDDMLEIQTEITSMRGTSLVFTQRIVNAENTLLNEAEVLVVCVDPLKMKPRALPKSIVAEFKQ": print "test_read_fasta fejl på værdi der findes." ingen_fejl = False if handin4.find_prot(ecoli_dict, "ACPS_ECOLI") != "AILGLGTDIVEIARIEAVIARSGDRLARRVLSDNEWAIWKTHHQPVRFLAKRFAVKEAAAKAFGTGIRNGLAFNQFEVFNDELGKPRLRLWGEALKLAEKLGVANMHVTLADERHYACATVIIES": print "test_read_fasta fejl på værdi der findes." ingen_fejl = False if str(handin4.find_prot(ecoli_dict, "PROTEIN_FINDES_IKKE")) != "Kunne ikke finde ecoli protein med navnet PROTEIN_FINDES_IKKE": print "test_read_fasta fejl på værdi der ikke findes." ingen_fejl = False return ingen_fejl
def test_find_prot2(): u""" Tester om find_prot2 returnerer korrekte værdier. Der testes for om alle returnerede værdier har den korrekte længde. returnerer: True hvis alle værdier har den korrekte længde. False hvis ikke alle værdier har den korrekte længde. """ ecoli_dict = handin4.read_fasta(fasta_fil) ecoli_key_list = handin4.find_prot2(ecoli_dict, protein_regex) for key in ecoli_key_list: if len(key) != 9: return False return True def testAlle(): u""" Kører alle tests """ if test_read_fasta() and test_find_prot() and test_find_prot2(): print "Alle tests er vellykket." # Main if __name__ == '__main__': testAlle() ecoli_dict = handin4.read_fasta(fasta_fil) ecoli_key_list = handin4.find_prot2(ecoli_dict, protein_regex) print "Antal proteiner med navne på 3 bogstaver før _ECOLI = %d" % len(ecoli_key_list)
