def testIndelStatistics():
listOfData = ioLib.readFromMummerOutput("ecoli536")
listOfData = ioLib.filterData(listOfData)
listOfData =ioLib.transformMummerOutput(listOfData)
listOfData = sorted(listOfData)
listOfData= approximateRepeatLib.findApproximateIndelRepeatStatistics(listOfData, "oneLine.fasta","oneLine2.fasta")
print listOfData
def batchGenerateApproximateRepeatStatIndel(genomeSource1,genomeSource2,mummerOutput,HDrange):
arrayOfListOfData = []
listOfData = ioLib.readFromMummerOutput(mummerOutput)
listOfData = sorted(listOfData,key = itemgetter(2))
listOfData = ioLib.filterData(listOfData)
listOfData = ioLib.transformMummerOutput(listOfData)
arrayOfListOfData.append(listOfData)
for index in range(1,HDrange):
listOfData= approximateRepeatLib.findApproximateIndelRepeatStatistics(listOfData, "oneLine.fasta","oneLine2.fasta")
listOfData = ioLib.filterData(listOfData)
arrayOfListOfData.append(listOfData)
temp = listOfData[len(listOfData)-1]
print "Approx repeat indel"
print listOfData[len(listOfData)-5:len(listOfData)-1]
#checking(temp,genomeSource1,genomeSource2 )
print listOfData[len(listOfData)-2:len(listOfData)]
plotgraph(arrayOfListOfData, HDrange)
def batchGenerateApproximateRepeatStat(genomeSource1,genomeSource2,mummerOutput,HDrange):
arrayOfListOfData = []
listOfData = ioLib.readFromMummerOutput(mummerOutput)
listOfData = sorted(listOfData,key = itemgetter(2))
listOfData = ioLib.filterData(listOfData)
arrayOfListOfData.append(listOfData)
### Checking
temp = listOfData[len(listOfData)-1]
#debuggingLib.checking(temp,genomeSource1,genomeSource2 )
### End Checking
for index in range(1,HDrange):
listOfData = approximateRepeatLib.findApproxRepeatStatistics(listOfData, genomeSource1, genomeSource2)
listOfData = ioLib.filterData(listOfData)
arrayOfListOfData.append(listOfData)
temp = listOfData[len(listOfData)-1]
print listOfData[len(listOfData)-5:len(listOfData)-1]
def batchGenerateApproximateRepeatStatIndel(genomeSource1, genomeSource2,
mummerOutput, HDrange):
arrayOfListOfData = []
listOfData = ioLib.readFromMummerOutput(mummerOutput)
listOfData = sorted(listOfData, key=itemgetter(2))
listOfData = ioLib.filterData(listOfData)
listOfData = ioLib.transformMummerOutput(listOfData)
arrayOfListOfData.append(listOfData)
for index in range(1, HDrange):
listOfData = approximateRepeatLib.findApproximateIndelRepeatStatistics(
listOfData, "oneLine.fasta", "oneLine2.fasta")
listOfData = ioLib.filterData(listOfData)
arrayOfListOfData.append(listOfData)
temp = listOfData[len(listOfData) - 1]
print "Approx repeat indel"
print listOfData[len(listOfData) - 5:len(listOfData) - 1]
#checking(temp,genomeSource1,genomeSource2 )
print listOfData[len(listOfData) - 2:len(listOfData)]
plotgraph(arrayOfListOfData, HDrange)
def batchGenerateApproximateRepeatStat(genomeSource1, genomeSource2,
mummerOutput, HDrange):
arrayOfListOfData = []
listOfData = ioLib.readFromMummerOutput(mummerOutput)
listOfData = sorted(listOfData, key=itemgetter(2))
listOfData = ioLib.filterData(listOfData)
arrayOfListOfData.append(listOfData)
### Checking
temp = listOfData[len(listOfData) - 1]
#debuggingLib.checking(temp,genomeSource1,genomeSource2 )
### End Checking
for index in range(1, HDrange):
listOfData = approximateRepeatLib.findApproxRepeatStatistics(
listOfData, genomeSource1, genomeSource2)
listOfData = ioLib.filterData(listOfData)
arrayOfListOfData.append(listOfData)
temp = listOfData[len(listOfData) - 1]
print listOfData[len(listOfData) - 5:len(listOfData) - 1]
