def test_MRIConvert_inputs():
input_map = dict(apply_inv_transform=dict(argstr='--apply_inverse_transform %s',
),
apply_transform=dict(argstr='--apply_transform %s',
),
args=dict(argstr='%s',
),
ascii=dict(argstr='--ascii',
),
autoalign_matrix=dict(argstr='--autoalign %s',
),
color_file=dict(argstr='--color_file %s',
),
conform=dict(argstr='--conform',
),
conform_min=dict(argstr='--conform_min',
),
conform_size=dict(argstr='--conform_size %s',
),
crop_center=dict(argstr='--crop %d %d %d',
),
crop_gdf=dict(argstr='--crop_gdf',
),
crop_size=dict(argstr='--cropsize %d %d %d',
),
cut_ends=dict(argstr='--cutends %d',
),
devolve_transform=dict(argstr='--devolvexfm %s',
),
drop_n=dict(argstr='--ndrop %d',
),
environ=dict(nohash=True,
usedefault=True,
),
fill_parcellation=dict(argstr='--fill_parcellation',
),
force_ras=dict(argstr='--force_ras_good',
),
frame=dict(argstr='--frame %d',
),
frame_subsample=dict(argstr='--fsubsample %d %d %d',
),
fwhm=dict(argstr='--fwhm %f',
),
ignore_exception=dict(nohash=True,
usedefault=True,
),
in_center=dict(argstr='--in_center %s',
),
in_file=dict(argstr='--input_volume %s',
mandatory=True,
position=-2,
),
in_i_dir=dict(argstr='--in_i_direction %f %f %f',
),
in_i_size=dict(argstr='--in_i_size %d',
),
in_info=dict(argstr='--in_info',
),
in_j_dir=dict(argstr='--in_j_direction %f %f %f',
),
in_j_size=dict(argstr='--in_j_size %d',
),
in_k_dir=dict(argstr='--in_k_direction %f %f %f',
),
in_k_size=dict(argstr='--in_k_size %d',
),
in_like=dict(argstr='--in_like %s',
),
in_matrix=dict(argstr='--in_matrix',
),
in_orientation=dict(argstr='--in_orientation %s',
),
in_scale=dict(argstr='--scale %f',
),
in_stats=dict(argstr='--in_stats',
),
in_type=dict(argstr='--in_type %s',
),
invert_contrast=dict(argstr='--invert_contrast %f',
),
midframe=dict(argstr='--mid-frame',
),
no_change=dict(argstr='--nochange',
),
no_scale=dict(argstr='--no_scale 1',
),
no_translate=dict(argstr='--no_translate',
),
no_write=dict(argstr='--no_write',
),
out_center=dict(argstr='--out_center %f %f %f',
),
out_datatype=dict(argstr='--out_data_type %s',
),
out_file=dict(argstr='--output_volume %s',
genfile=True,
position=-1,
),
out_i_count=dict(argstr='--out_i_count %d',
),
out_i_dir=dict(argstr='--out_i_direction %f %f %f',
),
out_i_size=dict(argstr='--out_i_size %d',
),
out_info=dict(argstr='--out_info',
),
out_j_count=dict(argstr='--out_j_count %d',
),
out_j_dir=dict(argstr='--out_j_direction %f %f %f',
),
out_j_size=dict(argstr='--out_j_size %d',
),
out_k_count=dict(argstr='--out_k_count %d',
),
out_k_dir=dict(argstr='--out_k_direction %f %f %f',
),
out_k_size=dict(argstr='--out_k_size %d',
),
out_matrix=dict(argstr='--out_matrix',
),
out_orientation=dict(argstr='--out_orientation %s',
),
out_scale=dict(argstr='--out-scale %d',
),
out_stats=dict(argstr='--out_stats',
),
out_type=dict(argstr='--out_type %s',
),
parse_only=dict(argstr='--parse_only',
),
read_only=dict(argstr='--read_only',
),
reorder=dict(argstr='--reorder %d %d %d',
),
resample_type=dict(argstr='--resample_type %s',
),
reslice_like=dict(argstr='--reslice_like %s',
),
sdcm_list=dict(argstr='--sdcmlist %s',
),
skip_n=dict(argstr='--nskip %d',
),
slice_bias=dict(argstr='--slice-bias %f',
),
slice_crop=dict(argstr='--slice-crop %d %d',
),
slice_reverse=dict(argstr='--slice-reverse',
),
smooth_parcellation=dict(argstr='--smooth_parcellation',
),
sphinx=dict(argstr='--sphinx',
),
split=dict(argstr='--split',
),
status_file=dict(argstr='--status %s',
),
subject_name=dict(argstr='--subject_name %s',
),
subjects_dir=dict(),
template_info=dict(),
template_type=dict(argstr='--template_type %s',
),
terminal_output=dict(nohash=True,
),
unwarp_gradient=dict(argstr='--unwarp_gradient_nonlinearity',
),
vox_size=dict(argstr='-voxsize %f %f %f',
),
zero_ge_z_offset=dict(argstr='--zero_ge_z_offset',
),
zero_outlines=dict(argstr='--zero_outlines',
),
)
inputs = MRIConvert.input_spec()
for key, metadata in input_map.items():
for metakey, value in metadata.items():
yield assert_equal, getattr(inputs.traits()[key], metakey), value
def test_MRIConvert_inputs():
input_map = dict(
apply_inv_transform=dict(argstr='--apply_inverse_transform %s', ),
apply_transform=dict(argstr='--apply_transform %s', ),
args=dict(argstr='%s', ),
ascii=dict(argstr='--ascii', ),
autoalign_matrix=dict(argstr='--autoalign %s', ),
color_file=dict(argstr='--color_file %s', ),
conform=dict(argstr='--conform', ),
conform_min=dict(argstr='--conform_min', ),
conform_size=dict(argstr='--conform_size %s', ),
crop_center=dict(argstr='--crop %d %d %d', ),
crop_gdf=dict(argstr='--crop_gdf', ),
crop_size=dict(argstr='--cropsize %d %d %d', ),
cut_ends=dict(argstr='--cutends %d', ),
devolve_transform=dict(argstr='--devolvexfm %s', ),
drop_n=dict(argstr='--ndrop %d', ),
environ=dict(
nohash=True,
usedefault=True,
),
fill_parcellation=dict(argstr='--fill_parcellation', ),
force_ras=dict(argstr='--force_ras_good', ),
frame=dict(argstr='--frame %d', ),
frame_subsample=dict(argstr='--fsubsample %d %d %d', ),
fwhm=dict(argstr='--fwhm %f', ),
ignore_exception=dict(
nohash=True,
usedefault=True,
),
in_center=dict(argstr='--in_center %s', ),
in_file=dict(
argstr='--input_volume %s',
mandatory=True,
position=-2,
),
in_i_dir=dict(argstr='--in_i_direction %f %f %f', ),
in_i_size=dict(argstr='--in_i_size %d', ),
in_info=dict(argstr='--in_info', ),
in_j_dir=dict(argstr='--in_j_direction %f %f %f', ),
in_j_size=dict(argstr='--in_j_size %d', ),
in_k_dir=dict(argstr='--in_k_direction %f %f %f', ),
in_k_size=dict(argstr='--in_k_size %d', ),
in_like=dict(argstr='--in_like %s', ),
in_matrix=dict(argstr='--in_matrix', ),
in_orientation=dict(argstr='--in_orientation %s', ),
in_scale=dict(argstr='--scale %f', ),
in_stats=dict(argstr='--in_stats', ),
in_type=dict(argstr='--in_type %s', ),
invert_contrast=dict(argstr='--invert_contrast %f', ),
midframe=dict(argstr='--mid-frame', ),
no_change=dict(argstr='--nochange', ),
no_scale=dict(argstr='--no_scale 1', ),
no_translate=dict(argstr='--no_translate', ),
no_write=dict(argstr='--no_write', ),
out_center=dict(argstr='--out_center %f %f %f', ),
out_datatype=dict(argstr='--out_data_type %s', ),
out_file=dict(
argstr='--output_volume %s',
genfile=True,
position=-1,
),
out_i_count=dict(argstr='--out_i_count %d', ),
out_i_dir=dict(argstr='--out_i_direction %f %f %f', ),
out_i_size=dict(argstr='--out_i_size %d', ),
out_info=dict(argstr='--out_info', ),
out_j_count=dict(argstr='--out_j_count %d', ),
out_j_dir=dict(argstr='--out_j_direction %f %f %f', ),
out_j_size=dict(argstr='--out_j_size %d', ),
out_k_count=dict(argstr='--out_k_count %d', ),
out_k_dir=dict(argstr='--out_k_direction %f %f %f', ),
out_k_size=dict(argstr='--out_k_size %d', ),
out_matrix=dict(argstr='--out_matrix', ),
out_orientation=dict(argstr='--out_orientation %s', ),
out_scale=dict(argstr='--out-scale %d', ),
out_stats=dict(argstr='--out_stats', ),
out_type=dict(argstr='--out_type %s', ),
parse_only=dict(argstr='--parse_only', ),
read_only=dict(argstr='--read_only', ),
reorder=dict(argstr='--reorder %d %d %d', ),
resample_type=dict(argstr='--resample_type %s', ),
reslice_like=dict(argstr='--reslice_like %s', ),
sdcm_list=dict(argstr='--sdcmlist %s', ),
skip_n=dict(argstr='--nskip %d', ),
slice_bias=dict(argstr='--slice-bias %f', ),
slice_crop=dict(argstr='--slice-crop %d %d', ),
slice_reverse=dict(argstr='--slice-reverse', ),
smooth_parcellation=dict(argstr='--smooth_parcellation', ),
sphinx=dict(argstr='--sphinx', ),
split=dict(argstr='--split', ),
status_file=dict(argstr='--status %s', ),
subject_name=dict(argstr='--subject_name %s', ),
subjects_dir=dict(),
template_info=dict(),
template_type=dict(argstr='--template_type %s', ),
terminal_output=dict(nohash=True, ),
unwarp_gradient=dict(argstr='--unwarp_gradient_nonlinearity', ),
vox_size=dict(argstr='-voxsize %f %f %f', ),
zero_ge_z_offset=dict(argstr='--zero_ge_z_offset', ),
zero_outlines=dict(argstr='--zero_outlines', ),
)
inputs = MRIConvert.input_spec()
for key, metadata in input_map.items():
for metakey, value in metadata.items():
yield assert_equal, getattr(inputs.traits()[key], metakey), value
