def exercicio5A():
ver = Modulos.Verlista()
if ver == False:
return exercicio5()
Modulos.Contagem()
while True:
try:
escolha = int(input('Escolha um indice valido da lista:'))
Interface.List.ListaSeq[escolha]
IndiceL = list()
Nuc = list()
for ind, val in enumerate(Interface.List.ListaSeq[escolha]):
IndiceL.append(ind)
Nuc.append(val)
plt.scatter(IndiceL, Nuc)
plt.xticks(IndiceL)
plt.title(f'Sequência {Interface.List.ListaSeq[escolha]}')
plt.xlabel('Indice da sequencia')
plt.ylabel('Nucleotido')
plt.show()
return exercicio5()
except (ValueError, IndexError):
print('Escolhe um indice invalido, escolha um válido')
def exercicio3A():
ver = Modulos.Verlista()
if ver == False:
return exercicio3()
Modulos.Contagem()
while True:
try:
escolha = int(input('Escolha um indice valido da lista:'))
Interface.List.ListaSeq[escolha]
while True:
try:
Eliminar = int(
input(
f'{Interface.List.ListaSeq[escolha]} - Escolha a posição do elemento que quer remover'
))
assert Eliminar > 0, 'Indice invalido'
erase = list(Interface.List.ListaSeq[escolha])
erase[Eliminar - 1] = '-'
erase = ''.join(erase)
Interface.List.ListaSeq[escolha] = erase
return exercicio3()
except (ValueError, IndexError, AssertionError):
print('Escolha uma posição válida')
except (ValueError, IndexError):
print('Escolhe um indice invalido, escolha um válido')
def exercicio3B():
ver = Modulos.Verlista()
if ver == False:
return exercicio3()
Modulos.Contagem()
while True:
try:
escolha = int(input('Escolha um indice valido da lista:'))
Interface.List.ListaSeq[escolha]
while True:
try:
Adicionar = int(
input(
f'{Interface.List.ListaSeq[escolha]} - Escolha a posição do elemento que para adicionar'
))
assert Adicionar > 0, 'Indice invalido'
add = list(Interface.List.ListaSeq[escolha])
add.insert(Adicionar - 1, '-')
add = ''.join(add)
Interface.List.ListaSeq[escolha] = add
return exercicio3()
except (ValueError, IndexError, AssertionError):
print('Escolha uma posição válida')
except (ValueError, IndexError):
print('Escolhe um indice invalido, escolha um válido')
def exercicio3D():
ver = Modulos.Verlista()
if ver == False or len(Interface.List.ListaSeq) <= 1:
return exercicio3()
Modulos.Contagem()
while True:
try:
escolha1 = int(input('Escolha um indice valido da lista:'))
Interface.List.ListaSeq[escolha1]
escolha2 = int(
input(
'Escolha outro indice valido da lista que seja diferente do primeiro:'
))
Interface.List.ListaSeq[escolha2]
alignment = pairwise2.align.globalxx(
Interface.List.ListaSeq[escolha1],
Interface.List.ListaSeq[escolha2])
for a in alignment:
print(format_alignment(*a))
return exercicio3()
except (ValueError, IndexError):
print('Escolhe um indice invalido, escolha um válido')
def exercicio3E():
ver = Modulos.Verlista()
if ver == False or len(Interface.List.ListaSeq) <= 1:
return exercicio3()
Modulos.Contagem()
while True:
try:
escolha1 = int(input('Escolha um indice valido da lista:'))
Interface.List.ListaSeq[escolha1]
escolha2 = int(
input(
'Escolha outro indice valido da lista que seja diferente do primeiro:'
))
Interface.List.ListaSeq[escolha2]
alignment = pairwise2.align.globalxx(
Interface.List.ListaSeq[escolha1],
Interface.List.ListaSeq[escolha2])
for ali in alignment:
Interface.List.ListaAlinha.append(ali[0:2])
print(
f'Para este caso temos {len(Interface.List.ListaAlinha)} combinações para as sequências {Interface.List.ListaSeq[escolha1]} e {Interface.List.ListaSeq[escolha2]} que são'
)
for i, v in enumerate(Interface.List.ListaAlinha):
print(f'Combinação {i+1}: {v}')
return exercicio3()
except (ValueError, IndexError):
print('Escolhe um indice invalido, escolha um válido')
def exercicio2A():
escolha = str(
input('''Quer introduzir uma sequência
1 - Manual
2 - Aleatória
'''))
if escolha == '1':
seq = Modulos.CriarSeq(1)
elif escolha == '2':
seq = Modulos.CriarSeq(2)
else:
print('Escolheu uma opção inválida')
return exercicio2()
if len(Interface.List.ListaSeq) > 0:
Modulos.Contagem()
while True:
try:
opcao = int(input('Escolha um indice válido:'))
Interface.List.ListaSeq.insert(opcao, seq)
return exercicio2()
except ValueError:
print('Indice inválido, escolha um indice valido')
else:
print('A lista ainda não tem elementos.')
Interface.List.ListaSeq.insert(0, seq)
return exercicio2()
def exercicio1F():
ver = Modulos.Verlista()
if ver == False:
return exercicio1()
Modulos.Contagem()
while True:
try:
escolha = int(
input(
'Escolha um indice valido para mostrar o número de nucleotidos na sequencia:'
))
analise = Interface.List.ListaSeq[escolha]
complementar = ''
for letra in analise:
if letra == "A":
complementar += "T"
elif letra == "T":
complementar += "A"
elif letra == "G":
complementar += "C"
elif letra == "C":
complementar += "G"
else:
complementar += '-'
print(complementar)
return exercicio1()
except (ValueError, IndexError):
print('Escolhe um indice invalido, escolha um válido')
def exercicio1E():
ver = Modulos.Verlista()
if ver == False:
return exercicio1()
Modulos.Contagem()
while True:
try:
escolha = int(
input(
'Escolha um indice valido para mostrar o número de nucleotidos na sequencia:'
))
analise = Interface.List.ListaSeq[escolha]
localizar = str(
input(
'Escolha uma base ou sub-sequencia para mostrar a sua frequencia relativa:'
)).upper()
ocorrencias = analise.count(localizar)
print(f'Numero total {ocorrencias}')
print(
f'A sua percentagem relativa é {((len(localizar)*ocorrencias) / len(analise)) * 100:.2f}%'
)
return exercicio1()
except (ValueError, IndexError):
print('Indice invalido, escolha um válido')
def exercicio2B():
if len(Interface.List.ListaSeq) < 0:
print('Não existem sequências')
return exercicio2()
Modulos.Contagem()
while True:
try:
opcao = int(
input('Escolha um indice válido para remover uma sequencia:'))
del (Interface.List.ListaSeq[opcao])
return exercicio2()
except (ValueError, IndexError):
print('Indice inválido, escolha um indice valido')
def exercicio1D():
ver = Modulos.Verlista()
if ver == False:
return exercicio1()
Modulos.Contagem()
while True:
try:
escolha = int(
input(
'Escolha um indice valido para mostrar o número de nucleotidos na sequencia:'
))
analise = Interface.List.ListaSeq[escolha]
listaIndice = list()
ocorrencias = 0
localizar = str(
input('Digite uma base ou uma subsequencia que seja procurada:'
)).upper()
for i, v in enumerate(analise):
a = i
trace = ""
try:
while len(trace) - 1 < len(localizar) - 1:
trace += analise[a]
a += 1
if localizar == trace:
listaIndice.append(i)
ocorrencias += 1
except IndexError:
print("pelo except")
if ocorrencias == 0:
print('Não foram encontradas ocorrencias')
else:
print(listaIndice)
print(ocorrencias)
print("pelo normal")
return exercicio1()
except (ValueError, IndexError):
print('Indice invalido, escolha um válido')
def exercicio1C():
ver = Modulos.Verlista()
if ver == False:
return exercicio1()
Modulos.Contagem()
while True:
try:
escolha = int(
input(
'Escolha um indice valido para mostrar o número de nucleotidos na sequencia:'
))
print(
f'A sequencia {Interface.List.ListaSeq[escolha]} tem {len(Interface.List.ListaSeq[escolha])} nucleotidos'
)
return exercicio1()
except (ValueError, IndexError):
print('Indice Invalido, escolha um válido')
def exercicio3C():
ver = Modulos.Verlista()
if ver == False:
return exercicio3()
comparar = 0
for ind, v1 in enumerate(Interface.List.ListaSeq):
listaComp = Interface.List.ListaSeq.copy()
del (listaComp[ind])
for v2 in listaComp:
if len(v1) == len(v2):
comparar += 1
if comparar <= 0:
print('Não é possivel fazer a distância usando a lista atual')
return exercicio3()
Modulos.Contagem()
while True:
try:
escolha1 = int(input('Escolha um indice valido da lista:'))
Interface.List.ListaSeq[escolha1]
escolha2 = int(
input(
'Escolha outro indice valido da lista que seja diferente do primeiro:'
))
Interface.List.ListaSeq[escolha2]
assert escolha1 != escolha2, 'Não podem ser indices iguais'
assert len(Interface.List.ListaSeq[escolha1]) == len(
Interface.List.ListaSeq[escolha2]
), 'Não podem ter tamanhos diferentes'
dif = Modulos.hamdist(Interface.List.ListaSeq[escolha1],
Interface.List.ListaSeq[escolha2])
print(f'Existem {dif} diferenças')
return exercicio3()
except (ValueError, IndexError, AssertionError):
print('Escolhe um indice invalido, escolha um válido')