def test_threshold(self):
"""Optional parameter should influence the result."""
result = calc_consensus_secstruc_for_dbn(BASIC_EXAMPLE) # default 1.0
self.assertEqual(result,'.............')
result = calc_consensus_secstruc_for_dbn(BASIC_EXAMPLE, 1.0)
self.assertEqual(result,'.............')
result = calc_consensus_secstruc_for_dbn(BASIC_EXAMPLE, 0.51)
self.assertEqual(result,'..(((...)))..')
result = calc_consensus_secstruc_for_dbn(SECSTRUCS, 0.625)
self.assertEqual(result,
'..........((....)).((((((((..........))))))))..............')
def test_long(self):
"""Profiling long example."""
secstrucs = []
for line in open(os.path.join('test_data', 'long_test.txt')):
secstrucs.append(line.strip())
result = calc_consensus_secstruc_for_dbn(secstrucs)
self.assertTrue(len(result), len(secstrucs[0]))
def test_valid_threshold(self):
"""The threshold parameter must be between 0.5 < x <= 1.0."""
self.assertRaises(ConsensusSecstrucError,
calc_consensus_secstruc_for_dbn, BASIC_EXAMPLE, -0.8)
self.assertRaises(ConsensusSecstrucError,
calc_consensus_secstruc_for_dbn, BASIC_EXAMPLE, 0.0)
self.assertRaises(ConsensusSecstrucError,
calc_consensus_secstruc_for_dbn, BASIC_EXAMPLE, 1.01)
result = calc_consensus_secstruc_for_dbn(BASIC_EXAMPLE, 0.500001)
def test_low_threshold(self):
"""Tests consensus secstruc with very low threshold
"""
result = calc_consensus_secstruc_for_dbn(BASIC_EXAMPLE, 0.4)
self.assertEqual(result, '..(((...)))..')
self.assertRaises(ConflictInBasePairsError,
calc_consensus_secstruc_for_dbn,
BASIC_EXAMPLE, 0.2) # konflikt w resztach!
def test_rnastrand_long(self):
"""Two long examples from the RNAstrand database: CRW_00544 & CRW_00528
"""
# CRW_00544
# contextfold
pred_1 = '(((.((((....(((.........)))..................(((((((....((((...................................(((...........)))......((((((.....((((....))))......))))))((((.....((((((.((((((((....))))).........((((((...................)))).))...(((.......((((.((((((.......)))..)))....)))).....))).....(((((((.....)))))))...........((((.((((((((((.(((((((..........)))))))............(((((((........((((((((..........................((((.((((((((((((((.................................)))))))))...(((((((((((((.(((........((((((........((((....((((.............((((..((((((((((............))))))))))..))))...........(((((((......))))))).....(((((((....)))))))..(((((((.......)))))))...............((....)).................(((((.....((((....((((((...........))))))...))))....))))).....))))....)))).(((((.(((.....(((.........)))...)))...)))))........................(((((((.((((..(((.((((((((...((((((((((((((((((.......)))).((....))...........................)))))))))))))).......((((((....(((((.((((((.(.......).).((...(((..((((........)))).)))..))))))).))))).((.......)).......))))))....)))))))).........(((((....)))))...............)))))))))))).))((((.....((((..(((((((.(((....(((((((..(((((...(((.(((((((((((.....(((((((((((((......((((.(((.......((...................))....))))))).((..(((((((((........))))))))).......))......................)))))))....(....)..............................)))))).....(((((((.......))))..........(..(.......((.(((((((((((((((......(((............(((............)))....((((((..(((((((((((((.......(((((((((((...)))))))))))((((......((..((((((((.....(((((((........(........).(((((((((...((((.........))))((((((((((((((((..((((((((................)))))))).........(.......)...........))))))))))))))))........)))))))))....))))))).........))))))))..))......))))...((((((((((.((........)).))))))))))......)))))))))))))...............(((((((........(((........(((((((...)))))))....))))))))))............)))))).........................(((((....))))).............(((((...........)))))))).....((((((.(((.........))).)).))))...))))))))..((((((....))))))))))))).))....)..).......)))........................................(((((....((((((((..((((....))))..))))))))..)))))))))))))))).)))....)))))...))))))).....(((((...)))))............)))...))))))).((((((.((((((............)))))).)))))).....))))........................((((((((((((.....(((...((((........((((...))))..((((((((((((...............((((.((((.........)))).))))(((((..(((...((((.(((.(((((........))))).))).))))...)))..))))).......))))))))))))........))))...)))....))))))))))))....))))....)))))))))...)))))))))))))....)))))))))((((((.((.((((((((.................((((((((.((......(.(......(((((.((....((((((((....((((((...(........((((((((((.(((((.....(((((..(..((...(((((.....)))))..((((((....((.(((.....))).))...))))))..))..)..))))))))).).)))))))))))..))))))......))))))))....))..)))))......).).....)))))))))).....................((((((.....))))))..................))))))))...)).))))))..........)))))))).....(((((........)))))...)))))))(((((((.....((((((((((......)))))..........(((((((((.....(((((((((.................((((....)))).............(....).))))))))))))))))))...((.((((((((......)))))))).))....(((((....)))))........)))))...)))))))...........................)))))))))).)))).(((((((((..(((((...)))))...)))))))))(((((((.((((........(((((((...))))))).............((((((.(((((((...(((((((((((......................(((((........)))))..(((((.......(((.......)))..........((((....))))((.....(((....))).).)........))))))))))))...(............(((((.......(.((((((((((..((((.(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))................((((((((((.....(((((...(((........(((((.....)))))..........................(((((((....))).)))).(((((...........)))))..............)))....)))))........)))....))))))).)))).)))))))))).))))))...........)........)))).)))))))))))))...)))))))))))...............))).))))))...((((................)))).....))))........)))).))))))).)))).)))..(((((((((((((((((..((...((((((((.........))))))))...................((((((((((..(((((..((((((.(.......(((((((....))))))).........).))))))..).)))).)))))))))).)).))))))))...(((((((...((((((((......))))))))..))))))))))))))))........((((.........(((((((.....))))))).....))))............'
# unafold
pred_2 = '............(..(((...((((..........(((((((((.(((((((...(((((.......((....(((((.................(((....)))....(((((((...............(((((((((((.((((.....((((.((((..(((((.((((((((....)))))..((((((..((((((((((.....)))))....)))))..............((((.(((..((....(((((((..(((((((...((((((.((((((..(((((......((((((((((((.........(((((((((...(((((((..........)))))))..))))))))).(((..(((((.......)))))...)))................))))))))))))......)))))...)))))).))))))......)))))))...(((((((((.....((((((..(((((.....((((((.(((((............((((((((((............((((..((((((((((.(((.....)))))))))))))..)))).............)))))))))).((((((......(((((((....)))))))..(((((((.......)))))))...............((....)).....((((((...(((((((((..((((((....((((((..((....)).))))))...))))))...((((((.........((((.((.......)).....((((((((((((...(((..(.((((((((.(((((((((....((..((.(((((((((((...(((((.(((((.......(((((((((((((((((((...)))))).((....)).(((..(((......)))....)))..))))))))))))))))))......(((((..(((((.(((((..((((......))))...((((.((((........))))))))....))))).)))))((((....(((((........)))))...)))).............(((((....))))).))))).........)))))))))))).)).)).))..)).....(((((((((((........))))).)))))).)))))))))..)))))))).)..)))((((((((..(...(((.......))).(((...(((((.....(((......)))...........(((((((((........))))))))).............)))))..)))....)..))))))))...((((.(((((((((((((((....(((((..((((((..((((........)))).(((.(((((.((((....((((.((((....)))))))).......))))))))))))....))))))(((...............)))......))))).......(((((((((((.((((((((((((...)))))))))))).............((((((((.((..(((((((...((((....)))).((((((((((((.((((.....))))......(((((((((((((((((..(((........(((((((....(((....)))....)))))))...........)))..)))))))))))))))))........)))))))))))).)))))))......)).)))))))).))))))))))).....((((((((((.(((......))).)))))))))).)))))))))))))))))))..(((((......(((((((((((((...(((.((((.(((.((.((((((.((((((....))))..)).)))))).)).)))))))..........................(((((....)))))(..((((((..(((((..((((((((.(((..((((......((((((.((((.......)))).)).))))...))))..(((.....)))..))))))))).)).)))))))))))..)..((((.(((.....(((((((.(((((((.(((((((((......(((((((....((((((((..((((....))))..))))))))..)))))))..........((((((((((((((....)).))))))))))))...............)))))))))...((((.((((.............))))..))))))))))))))))))..)))))))..)))..)))))))))))))..(((((((((((((((((((......((((((((..(((.....)))...(((((((((((((((..((.(((((((......)).))))).))..))..)))))))))))))............))))))))..(((((....((((((..(....)..))))))..)))))..)))))))))...((((((((...))))))))..)))))))))).)))))....((((((((......))))..)))))))))).)))))).))))..(((.....))).)))))).............)))))))))..))))))))))))..))))).)))))).((((((((..............(..((((.((((((((((..(((((.....(((((((((.(...(((((.....)))))..((((((((..((.(((.....))).)).))))))))).)))))..)))))))))...))))))))))..))))..)..(((((((...((((......))))...))))))).))))))))...)))))..))))))...))))))))))))))))..))..)))))))...)))))).....))).))..)))..))))))))..((((((..((((..(((...((((((......)))))).(((.((((......(((....)))............((((((((((((((..(((((((((.....(((((((((......((....((((...(((((........)))))...))))...))))))))))))))))))))...((.((((((((......)))))))).))......))))))))).)))))....)))))))..)))..))))...)))))).........)))).))))))))))).......((((((((((((((((...))))))).)))))))))(((((((.((((...(((((....(((((((((..(((((...(((((((......((..((((...((..(((((((.....(((((.......)))))(((((........)))))..((((((((....)))....(((((((...(((...((((....))))...))).(((....))).))))).))...))))))))))))..))...))))..))..))))))).)))))(((((((((((.((((.((..((((((((.((.(((....))).))))))))).)..))...(((....)))..(((((((((((((..(........)..)).)))..(((((.....)))))......((((...((..(((((....(((((((....))).)))).(((((.(((....)))))))).............(((....))))))))..))....)))).)))))))))))))))))))))))......)))))))))...((((((....)))))).....)))))....))))))))))))))).)))...)))))....))....(((.(((((.......))))))))...................))))))))))))....((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((.........)))))))).....)))).)).......((((((((((..((((...((((((((((.....(((((((....)))))))..)))).....))))))....)))).))))))))))....))))))))...(((((((...((((((((......))))))))..))))))))))))))))......))))))).)))))))))(((((.....)))))........)))).)))..)....'
cutoff = 0.4
dbns = [pred_1, pred_2]
try:
cutoff, consensus = calc_consensus_secstruc_for_dbn(dbns, threshold=cutoff)
except ConflictInBasePairsError, error:
conflicting_bps = BasePairs(eval(str(error).split('\'')[1]))
solve_conflicts(conflicting_bps)
consensus_pred = conflicting_bps.toVienna(len(pred_1), 0)
self.assertTrue(type(consensus_pred), ViennaStructure)
def test_identity(self):
"""If there is only one, the same seq should be returned."""
seq = '(.(.(..).))'
result = calc_consensus_secstruc_for_dbn([seq])
self.assertEqual(result, seq)
def test_calc_consensus_secstruc(self):
"""Calculates a consensus secstr. from a list of dot-bracket strings."""
result = calc_consensus_secstruc_for_dbn(SECSTRUCS, 1.0)
self.assertEqual(len(result),len(SECSTRUCS[0]))
self.assertEqual(result,CONSENSUS)
else:
self.assertTrue(False)
# CRW_00528
# ContextFold
pred_3 = '.((((...(((((((((((.(.((((..((((((((((........((((..(((........((((((.................(((........)))..................((((((.....(((....))).........))))))((((((((..((((.....))))..)).))))))(((......)))........))))))......((......(((((((..........))))))).......))................)))...((((.((((((((((((((((((.......))))))).)))))).))))))))).(((.(((((((((.(.(((((((((.....(((.(((((((((.....(((((((......(((((....)))))...(...).(((.......))))))))))....)))))))))..)))...)))))))))).))))))))).)))......(((((((........)))))))....(((((.((....)).)))))..)))).......)))))).)))))))).).........((....))................((((....))))...................)))))))))))............................................(((((....................(((((....))))).......(((((..........((((((...))))))..(((((((((((((((((........(((((..(((((((((((((((((........(((((..(............))))))................))))))))))))))))).)))))...))))))))))))))))).(((((....((((..((((((.......((((((((((......((((((..(((((....(((((((((((((.(((((((....))))))))))))))))))))......)))))..))))))((((((((((((((.........))))))))..(((....)))..)))))).....)))))))))).........)))))).)))).....))))).......)))))((((........)))).......((((((((((((((..(((((............((((...........))))....)))))..................((((((((((((.........)))))))).((((.........))))...........))))..((((((......))))))........))))))))))))))..))))).)))).....(((((((((((.....(...(((((((....)))))))..).................(((.......)))........))))))))))).(((...((.((........)).))....)))(((..(((((.(..(.(((((..........((((((((((...(((((....)))))...)...............(((((..((((((.....)))))).)))))...)))).)))))..........))))).)....)....)))))..)))(((((.(((.((..........)).))))))))((((.(((((.....))))).))))....(((((((..((....((((((....((((.......(((((((........(((((...(((.(((((((((..(((((............)))))...........((((.....((((........))))......))))))))))))))))........)))))....)))))))))))....))))))((((((((((..(.......((((....))))....)...)))))))))).............((((..(((......((((((.((....))))))))...)))..))))....(((((((...((((.....((...............(((((((.(((((((.((((....(((((((((.(.(((.......((....((((.....))))....))....(((....)))))).).)))))(.((((..(((((((....))))))).....)))))..............(((((........)))))........(((((((((((((............(((....))).............((((((...((((.((((.((((..(((((((.......))))))).........((((((((((....((((.....))))....)))))))))).....(((..((((((((....(((((((((....)))))))))......))))))))..)))........(((((((((....)))))))))....))))..)))).)))).........))))))........(((((...((((((.(((((((............))))))).)))))))))))...)))))))))).)))................)))).....)))).))).)))).)))))))....(((...)))............((((((((.(((.(((..........(((((....(....).....)))))(..(((((((((((((.((((((..((((.(((((.((((..(((((...((..((((((((((........................))))))))))..))...)))))..)))).))))).))))....................((((..(((((....))))).))))))))))........)))))))..)))))).).............(((((((((.(((((.............((((((((....((((....)))).....)))))))).....(((.((.((((((...........((((........))))..)))))).))....))).((((((.......))))))...(((((......))))).(((((.......))))).......))))).....)).)))))))))).))).)))))))).....))....)))).((((((........)))))).........((((........))))(((((((((..((((((((.(((((((((((((((((((((((..........(((((..((((((((.(((((((((........)))))))))....))))))))............))))).)))))).))))))))))).............((((((((((....((.....(((((......(((..((.............))..)))..)))))....))....))))))))))(((((.(((((....)))))...))))))))))).)))))))..((.((((((((...........))))))))))...)..)))))))))...........((((((((......((((((...(.(.((.......((((((((.......)))))))).((((....)))))).)..)...))))))(((..((((...))))..)))..((((((((..((((.....((((.(((...((((((((..............(((((.......)))))(((...)))...))))))))..)))))))......((((((((((((((.(((((((.......))))))).)....((.........))....)))))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....((((..((((.(((........(((((((.....)))))))....)))..))))..)))).....(.((((((...(.(....).)..)))))).)(((((..........((((((((((....)))))..)))))........))))).(((....(((((............)))))....))).........((((((.....))))))(((((((((.......(((((((....)))))))(((((.......)))))..((.........((((((((.((((((((.............)))))))).......))))))))........))((((.(((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))).))))...........)))))))))......)))).........((((....))))))))))))......))))))))(((((......))))))))))))...))..)))))))...............'
#unafold
pred_4 = '..(((((.(((((.....((..(((.((((((((((((...((...((((........((((.................((..((((((.(((((((.....((((...........(((((((((((.(((....))).))))....)))))))(((((((..((((.....))))..)).))))).))))..(((((..((((.........))))..)))))................)))))))...))))))..)).................(((((((((....(((((((((((((((.......))))))).))))))))(((..(((.....((..(((((((.(((..((((.....(((((((...((((((((((................((((....))))......((((.....))))........)))))))))))))))))...))))..))).)))))))..))...)))..))).)))))))))......)))).....(((((((......))))))).))))..))...))))))).)))))..)))..))....((....))..)))))............(((.((((((......(((((((((((..(((((.......))))).....((((((....(((((((((((.(((((((..((((...))))..))))....))).)))))))))))((((((((((....((((((((((......(((((((((....((((((((((((((((((......((((((..((..(..((((((((((((....(((..(((((..(((.....)))..).))))..))).....)).))))))))))..)..)).)))))).)))))))))))))))))).......(((((((..((((((((((((((..((.((((((((.......))))))))..((..(((((((((((.(((((((....))))))))))))))))))..))..))......)))).))))))..))))..)))))))(((((((..((((((.((((.....((((((((.........(..(((((((....((((((((((...........(((((((((...(((((((......(((((.((..((((((((((((((..((....................((((...(((((((((((((....)))))))...))))))..)))).....(((((((((........)))...))))))..)).....((((((((((((..............))))).))).))))..))))))))))))))..))...(((((((...(((((((((((.........(((((((....)))))))....((.(((.(((.(((....)))))).))).))......)))))))))))...(((........))).)))))))......)))))....((....))....)))))))...))).))))))....(((((....)))))..)))))))))))))))))..).(((((..((.....))..)))))))))))))..........((((((((((.(((((....((((((...(((((((.(((..((...................((((((...(((.((((.........((((...((((....))))..)))).........)))).))).....)))))).(((((((((....(((((((((.......(((.....(((....)))......)))..(((((((((.((((.(((........))))).))........((((((...........))))))))))))))))))))))))..(((((((((((((........(((((....)))))......))))))))))).))........)))))))))..))..))).))))))).(((((((((.(((......(((((..(((...(((....)))....)))..........(((((..((((((.(((...(((((((..((((.......))))...))))))).....(((((...(((....)))..)))))..))).)))))).((((......((((((((....)))))))).....)))).)))))..))))).(((((........))))).)))....(((((((((((((..(((....((((.((((((...............((((......(((.((((((((((((.(((((.......)))))..........(((((((((((....((((.....))))....)))))))))))..(((((..((((((((..(((((((..((....))..))).))))...))))))))..))).)).....(((((((((....)))))))))))).))).)))))).)))(((((.....)))))......))))......(((((..(((..........)))..))))).)))))).)))).)))...)))))))))).)))............((((.((((((.(((......)))..(((((((.....)))).))).....................(((((((((((((.......((((......))))..((((((..(.(((((((((((((...((.((((.(((((.((((..(..(((((..(((..((((((((((..(((..(((.....)))..))).)))))))))).)))..))))))..)))).))))).)))).)).................((((..(((((....))))).))))..............)))))))..))))))........(((((..(((((((((...............((((((((((((....((((....)))).....)))))))..(((((((((...(((((....((((.((((((........)))))).)))).)))))...)))))))))..)))))...............(((.((((..((((((.......)))))).))))...))).....)).)))))))..)))))((((((((((...((((......((((((..((...(((((((......(((((((((........)))))))))......((((((((..((((.(((((((((((((((((..((.((((..((....(((((((((..((((((((......)))))))).....)))))))))....))...)))).))..)))))).))))))))))).(((((.......(((.(((((...(((((((..(((.....))).)))))))....)))))....(((....(((((((....)))))))...))).)))....(((((....)))))..)))))..))))..)))))))).((.((((((((...........)))))))))).....)))))))........(((..((((((((..((((.....(((....((((...((.((((((((((.....)))))))))).))...))))....)))...((((((((((...((((.(((((.......))))).......)))).))))))).))).....))))..))).)))))..))).))..)))))).....))))..)))))).))))....)..))))))...)))))))).)))))...)))))))))).))))).)))).....))))))....)))))..(((((..(..(((.((..((((...(((((((....))).))))......))))..)).)))..)..)))))....)))))))))).........)))).))))))..((((.(((((((....((((.......((((((.......))))))...(((((.((((((....)))))))))))....)))).....)))))))....))))...))))))).((((((........))))))........)))))))))..))))))))))...........(((((.(((((((((....((((((((.((((....))))...))))))))))))))))))))))....))))))))))(((.((((((((((............((((.((((((((((..(((((((((....)))))))))..)))))))))).)))).....(((((((........))))))).)))))))))))))))))))....)))).))))))).((((.((..(((((......)))))..))))))...)))))).))).))))).........'
# consensus
cutoff = 0.4
dbns = [pred_3, pred_4]
try:
cutoff, consensus = calc_consensus_secstruc_for_dbn(dbns, threshold=cutoff)
except ConflictInBasePairsError, error:
conflicting_bps = BasePairs(eval(str(error).split('\'')[1]))
solve_conflicts(conflicting_bps)
consensus_pred = conflicting_bps.toVienna(len(pred_3), 0)
self.assertTrue(type(consensus_pred), ViennaStructure)
else:
self.assertTrue(False)
class CalcConsensusSecstrucForBpsTests(TestCase):
"""
Tests for calc_consensus_secstruc_for_bps
"""
def setUp(self):
