def resultats_analyse_seq(): # Permet d'optenir les resultats de l'annalyse d'une sequence ADN ou proteique sous forme de tableaux et de graphiques
"Pour fonctionner ce module fait appel a cinq autres modules qui doivent se trouver dans le meme repertoire courant que lui : recuperation_sequence_fasta, lire_fasta, analyse_ADN, analyse_proteine, et creation_seq_aleatoires. Cette procedure permet de realiser une etude de sequence nucleique ou proteique au format fasta, cette etude constiste dans les deux cas en une evalusation de la composition de la sequence puis en une etude plus specifique au type de la sequence (se referer a resultat_prot.__doc__ pour plus de deatils sur l'etude des sequences proteique et a resultat_ADN.__doc__ pour les sequences nucleique). Cette procedure ne prend aucun argument en entree. Elle genere un a deux fichiers de sortie : un fichier tabule (pouvant etre ouvert avec un editeur de texte ou un tableur comme Excel) et une image des graphiques qu'elle cree si l'utilisateur le souhaite et que le module 'matplotlib' est installe sur le poste de travail."
reponse="Initialisation" # Condition utile pour commencer l'etude d'une nouvelle fonction.
type_seq=""
premiere_analyse=True # variable servant a ne pas refaire l'annalyse d'une sequence deja effectuee.
while reponse!="4":
keys=[]
valeurs=[]
if type_seq=="": # Seulement si c'est la premiere annalyse ou que l'utilisateur a demander a en commencer une nouvelle.
des,seq,type_seq=rs.entree()
des=des.replace(",","_") # Ensemble de commande permettant de creer un nom de fichier sans caracteres compromettants.
des=des.replace(".","")
des=des.replace(" ","_")
des=des.replace("/","")
des=des.replace("\\","")
des=des.replace("|","_")
if type_seq=="": # Cette condition mene a l'arret du programme.
reponse="4"
continue # Permet de passer au tour de boucle while suivant, or reponse="4" donc le programme s'arrete.
try:
os.mkdir("Analyse_"+des) # Permet de tester si le dossier '"Analyse_"+des' existe.
except FileExistsError:
premiere_analyse=False # Si le dossier existe deja alors l'analyse de la sequence entree existe deja, on ne souhaite pas la refaire inutilement.
print(" \nL'analyse de cette sequence a deja ete effectuee, vous pouvez \napprofondir cette analyse ou effectuer une annalyse sur une nouvelle sequence. \n")
os.chdir("./Analyse_"+des) # Si le dossier existe deja il n'est pas cree et on rentre simplement dedans, sinon il a deja ete creer dans le 'try' et donc on rentre dedans.
sequence=seq # Permet de garder en memoire la sequence de reference de chaque analyse dans la variable 'seq'.
description=""
elif type_seq!="":
if reponse=="Initialisation":
if premiere_analyse: # Si une analyse identique a deja ete effectuee on ne la refait pas.
if plt_dispo: # Pour permettre a l'utilisateur de choisir s'il veut creer des graphiques ou non seulement dans le cas ou le module matplotlib est disponible et donc la creation de graphiques possible.
plot_dispo=input(" \nSi vous souhaitez que le programme trace des graphiques en se basant \nsur l'analyse par fenetre (l'analyse sera plus longue), tapez 1 \nsinon, tapez 2 : ")
while plot_dispo!="1" and plot_dispo!="2":
print("\n---------------\nAttention : votre reponse ne correspond a aucune des propositions.\n\nVeuillez reconsiderer votre reponse.\n\nAttention : Relance du programme\n--------------\n")
plot_dispo=input(" \nSi vous souhaitez que le programme trace des graphiques en se basant \nsur l'analyse par fenetre (l'analyse sera plus longue), tapez 1 \nsinon, tapez 2 : ")
if plot_dispo=="1":
plot_dispo=True
else:
plot_dispo=False
else:
plot_dispo=False
seq=ap.code3aa1(sequence) # Permet de passer du code d'acide amines 3 lettres au code 1 lettre si besoin (si 'sequence' est nucleotidique ou deja en code 1 lettre rien ne change.)
compo=ap.composition(sequence)
for key in compo.keys():
keys.append(key)
valeurs.append(compo[str(key)])
if plot_dispo :
objets = np.arange(len(valeurs))
plt.subplots(figsize=(12,7)) # Permet de choisir la taille de la fenetre surgissante contenants les graphiques.
plt.subplot(231) # Permet de choisir la position du graphique au sein de la fenetre surgissante.
plt.gca().yaxis.grid() # Permet de faire apparaitre une grille horizontale uniquement.(Pour une meilleur lisibilite.)
plt.bar(objets, valeurs, align='center', alpha=0.5,color='b')
plt.xticks(objets, keys) # Pour faire apparaitre les elements composant la sequence sur l'axe des abscisses.
plt.ylabel('Nombre de nucleotides')
plt.title('Composition de la sequence')
if type_seq=="prot":
resultat_prot(description,sequence,compo,keys,plot_dispo)
else :
if plot_dispo :
if "N" in compo:
plt.text(-1,-len(seq)/5, "Attention il y a "+str(compo["N"])+" 'N' dans la sequence etudiee\n de longueur : "+str(len(seq))+" nucleotides." , fontsize=10,color='r' , bbox=dict(boxstyle="square,pad=0.3",fc="w",ec="r", lw=1))
else:
plt.text(-1,-len(seq)/5, "La sequence etudiee est composee de "+str(len(seq))+"\nnucleotides." , fontsize=10,color='b', bbox=dict(boxstyle="square,pad=0.3",fc="w",ec="b", lw=1))
resultat_ADN(description,sequence,compo,keys,plot_dispo)
elif reponse=="1":
reponse="Initialisation" # Permet de repartir dans la condition menant a l'analyse de la sequence.
type_seq=""
os.chdir("./..")
premiere_analyse=True # On va passer a une nouvelle analyse on reinitialise donc la variable premiere_analyse.
continue # Permet de passer au tour de boucle while suivant, pour retester les conditions sur la variable "reponse".
elif reponse=="2":
reponse="Initialisation"
seq_meme_compo=csa.seq_meme_compo(seq) # Recupere une sequence de meme composition que "seq".
description="_seq_meme_compo"
sequence=seq_meme_compo # Ecrase "sequence" mais pas "seq" ce qui permet de garder en memoire la sequence de reference de chaque analyse dans la variable 'seq'.
premiere_analyse=True # Pour les sequences aleatoire, la sequence change a chaque fois donc l'analyse est toujours nouvelle.
continue
elif reponse=="3":
reponse="Initialisation"
seq_al=csa.seq_aleatoire(seq,compo) # Recupere une sequence de composition aleatoire de meme type et de meme longueur que "seq".
description="_seq_aleatoire"
sequence=seq_al # Ecrase "sequence" mais pas "seq" ce qui permet de garder en memoire la sequence de reference de chaque analyse dans la variable 'seq'
premiere_analyse=True
continue
else :
print("\n---------------\nAttention : votre reponse ne correspond a aucune des propositions.\n\nVeuillez reconsiderer votre reponse.\n\nAttention : Relance du programme\n--------------\n")
reponse=input(" \nPour relancer le programme sur une nouvelle sequence tapez 1\nPour faire la meme etude pour une sequence de meme composition tapez 2,\nPour faire la meme etude sur une sequence aleatoire tapez 3,\nPour arreter le programme tapez 4 : ")
continue
reponse=input(" \nL'analyse de votre sequence a ete effectuee avec succes. \n \nPour relancer le programme sur une nouvelle sequence tapez 1\nPour faire la meme etude pour une sequence de meme composition tapez 2,\nPour faire la meme etude sur une sequence aleatoire tapez 3,\nPour arreter le programme tapez 4 : ")
if reponse=="4":
print("\n---------------\nArret du programme\n---------------\n")
def resultats_analyse_seq(
con, addr
): # Permet d'optenir les resultats de l'annalyse d'une sequence ADN ou proteique sous forme de tableaux et de graphiques
"Pour fonctionner ce module fait appel a cinq autres modules qui doivent se trouver dans le meme repertoire courant que lui : recuperation_sequence_fasta, lire_fasta, analyse_ADN, analyse_proteine, et creation_seq_aleatoires. Cette procedure permet de realiser une etude de sequence nucleique ou proteique au format fasta, cette etude constiste dans les deux cas en une evalusation de la composition de la sequence puis en une etude plus specifique au type de la sequence (se referer a resultat_prot.__doc__ pour plus de deatils sur l'etude des sequences proteique et a resultat_ADN.__doc__ pour les sequences nucleique). Cette procedure ne prend aucun argument en entree. Elle genere un a deux fichiers de sortie : un fichier tabule (pouvant etre ouvert avec un editeur de texte ou un tableur comme Excel) et une image des graphiques qu'elle cree si l'utilisateur le souhaite et que le module 'matplotlib' est installe sur le poste de travail."
print("dans resultat_analyse_seq")
reponse = "Initialisation" # Condition utile pour commencer l'etude d'une nouvelle fonction.
type_seq = ""
premiere_analyse = True # variable servant a ne pas refaire l'annalyse d'une sequence deja effectuee.
while reponse != "4":
print("while")
keys = []
valeurs = []
if type_seq == "": # Seulement si c'est la premiere analyse ou que l'utilisateur a demande a en commencer une nouvelle.
des, seq, type_seq = rs.entree(con, addr)
print("sortie de entree")
print("des, type_seq =", des, type_seq)
des = des.replace(
",", "_"
) # Ensemble de commande permettant de creer un nom de fichier sans caracteres compromettants.
des = des.replace(".", "")
des = des.replace(" ", "_")
des = des.replace("\\", "")
des = des.replace("/", "")
des = des.replace("|", "_")
print("des=", des)
con.sendall(("creation dossier:%s" % des).encode())
premiere_analyse = con.recv(255).decode()
premiere_analyse = premiere_analyse == "True"
print("premiere analyse :%s, type :%s" %
(str(premiere_analyse), str(type(premiere_analyse))))
con.sendall("OK".encode())
sequence = seq # Permet de garder en memoire la sequence de reference de chaque analyse dans la variable 'seq'.
description = ""
elif type_seq != "":
if reponse == "Initialisation":
if premiere_analyse: # Si une analyse identique a deja ete effectuee on ne la refait pas.
print("genial")
seq = ap.code3aa1(
sequence
) # Permet de passer du code d'acide amines 3 lettres au code 1 lettre si besoin (si 'sequence' est nucleotidique ou deja en code 1 lettre rien ne change.)
compo = ap.composition(sequence)
print(compo)
for key in compo.keys():
keys.append(key)
valeurs.append(compo[str(key)])
if type_seq == "prot":
con.sendall(
"resultat_prot".encode()
) # mot clé pour lancer l'ecriture du fichier resultat chez le client
print("mot cle envoye prot")
rep = con.recv(255).decode()
print("rep mot cle prot =%s" % rep)
resultat_prot(des + description, sequence, compo, keys,
con)
print("reponse dans prot ", reponse)
else:
con.sendall(
"resultat_adn".encode()
) # mot clé pour lancer l'ecriture du fichier resultat chez le client
print("mot cle envoye adn")
rep = con.recv(255).decode()
print("rep mot cle prot =%s" % rep)
resultat_ADN(des + description, sequence, con, compo,
keys)
print("reponse dans adn ", reponse)
print("termine")
elif reponse == "1":
print("1")
reponse = "Initialisation" # Permet de repartir dans la condition menant a l'analyse de la sequence.
type_seq = ""
con.sendall("nouvelle analyse".encode())
rep = con.recv(255).decode()
premiere_analyse = True # On va passer a une nouvelle analyse on reinitialise donc la variable premiere_analyse.
continue # Permet de passer au tour de boucle while suivant, pour retester les conditions sur la variable "reponse".
elif reponse == "2":
print("2")
reponse = "Initialisation"
seq_meme_compo = csa.seq_meme_compo(
seq
) # Recupere une sequence de meme composition que "seq".
description = "_seq_meme_compo"
sequence = seq_meme_compo # Ecrase "sequence" mais pas "seq" ce qui permet de garder en memoire la sequence de reference de chaque analyse dans la variable 'seq'.
premiere_analyse = True # Pour les sequences aleatoire, la sequence change a chaque fois donc l'analyse est toujours nouvelle.
continue
elif reponse == "3":
print("3")
reponse = "Initialisation"
seq_al = csa.seq_aleatoire(
seq, compo
) # Recupere une sequence de composition aleatoire de meme type et de meme longueur que "seq".
description = "_seq_aleatoire"
sequence = seq_al # Ecrase "sequence" mais pas "seq" ce qui permet de garder en memoire la sequence de reference de chaque analyse dans la variable 'seq'
premiere_analyse = True
continue
else:
print("else")
print("reponse else : ", reponse)
con.sendall(
"\n---------------\nAttention : votre reponse ne correspond a aucune des propositions.\n\nVeuillez reconsiderer votre reponse.\n\nAttention : Relance du programme\n--------------\n \nPour relancer le programme sur une nouvelle sequence tapez 1\nPour faire la meme etude pour une sequence de meme composition tapez 2,\nPour faire la meme etude sur une sequence aleatoire tapez 3,\nPour arreter le programme tapez 4 :\n"
.encode())
reponse = con.recv(1024).decode()
continue
print("ask at the end")
if premiere_analyse:
con.sendall((
" \nL analyse de votre sequence a ete effectuee avec succes. \n \nPour relancer le programme sur une nouvelle sequence tapez 1\nPour faire la meme etude pour une sequence de meme composition tapez 2,\nPour faire la meme etude sur une sequence aleatoire tapez 3,\nPour arreter le programme tapez 4 :\n "
.encode()))
else:
con.sendall(
"\nPour relancer le programme sur une nouvelle sequence tapez 1\nPour faire la meme etude pour une sequence de meme composition tapez 2,\nPour faire la meme etude sur une sequence aleatoire tapez 3,\nPour arreter le programme tapez 4 :\n "
.encode())
reponse = con.recv(1024).decode()
print("reponse at the end : ", reponse)
print("reponse ", reponse)
print("end while")
con.sendall(
"\n---------------\nArret du programme\nVous etes deconnecte du serveur\n---------------\n"
.encode())
con.shutdown(1)
con.close()