Python FamilyAllele.check_mendelian_trio Exemples

Exemple #1

Fichier : test_inheritance_checks.py Projet : iossifovlab/gpf

def test_mendelian_from_ivan_2():
    # AC AA AC mendel
    assert FV.check_mendelian_trio(np.array([0, 1]), np.array([0, 0]),
                                   np.array([0, 1]), 0)

    assert FV.check_mendelian_trio(np.array([0, 1]), np.array([0, 0]),
                                   np.array([0, 1]), 1)

Exemple #2

Fichier : test_inheritance_checks.py Projet : iossifovlab/gpf

def test_weird_mendel_from_ivan_4():
    # AC AT CT mendel
    assert not FV.check_mendelian_trio(np.array([0, 1]), np.array([0, 2]),
                                       np.array([1, 2]), 0)
    assert FV.check_mendelian_trio(np.array([0, 1]), np.array([0, 2]),
                                   np.array([1, 2]), 1)
    assert FV.check_mendelian_trio(np.array([0, 1]), np.array([0, 2]),
                                   np.array([1, 2]), 2)

Exemple #3

Fichier : test_inheritance_checks.py Projet : iossifovlab/gpf

def test_omission_not_denovo():
    # AA,CC -> AA
    trio = [
        np.array([0, 0]),  # p1
        np.array([1, 1]),  # p2
        np.array([0, 0]),  # ch
    ]
    assert FV.check_omission_trio(*trio, allele_index=1)
    assert not FV.check_denovo_trio(*trio, allele_index=1)
    assert not FV.check_mendelian_trio(*trio, allele_index=1)

    # FIXME:
    assert not FV.check_omission_trio(*trio, allele_index=0)
    assert not FV.check_denovo_trio(*trio, allele_index=0)
    assert FV.check_mendelian_trio(*trio, allele_index=0)

Exemple #4

Fichier : test_inheritance_checks.py Projet : iossifovlab/gpf

def test_mixed_check_4():
    # AA,CC -> AG
    trio = [
        np.array([1, 1]),  # p1
        np.array([0, 0]),  # p2
        np.array([0, 2]),  # ch
    ]
    assert not FV.check_denovo_trio(*trio, allele_index=0)
    assert not FV.check_denovo_trio(*trio, allele_index=1)
    assert FV.check_denovo_trio(*trio, allele_index=2)

    assert not FV.check_omission_trio(*trio, allele_index=0)
    assert FV.check_omission_trio(*trio, allele_index=1)
    assert not FV.check_omission_trio(*trio, allele_index=2)

    assert FV.check_mendelian_trio(*trio, allele_index=0)
    assert not FV.check_mendelian_trio(*trio, allele_index=1)
    assert not FV.check_mendelian_trio(*trio, allele_index=2)

Exemple #5

Fichier : test_inheritance_checks.py Projet : iossifovlab/gpf

def test_mixed_check_1():
    # AA,CC -> GG
    trio = [
        np.array([1, 1]),
        np.array([0, 0]),
        np.array([2, 2]),
    ]
    assert not FV.check_denovo_trio(*trio, allele_index=0)
    assert not FV.check_denovo_trio(*trio, allele_index=1)
    assert FV.check_denovo_trio(*trio, allele_index=2)

    assert FV.check_omission_trio(*trio, allele_index=0)
    assert FV.check_omission_trio(*trio, allele_index=1)
    assert not FV.check_omission_trio(*trio, allele_index=2)

    assert not FV.check_mendelian_trio(*trio, allele_index=0)
    assert not FV.check_mendelian_trio(*trio, allele_index=1)
    assert not FV.check_mendelian_trio(*trio, allele_index=2)

Exemple #6

Fichier : test_inheritance_checks.py Projet : iossifovlab/gpf

def test_mendelian_from_ivan_5():
    # AC AC CC mendel
    assert FV.check_mendelian_trio(np.array([0, 1]), np.array([0, 1]),
                                   np.array([1, 1]), 1)
    assert not FV.check_mendelian_trio(np.array([0, 1]), np.array([0, 1]),
                                       np.array([1, 1]), 0)