def test_imcp_badExt():
with tempdir():
with open('file.nii.gz', 'wt') as f:
f.write('1')
result = imcp_script.main(['file.nii', 'dest'])
assert result == 0
assert op.exists('dest.nii.gz')
def test_imcp_script_shouldFail(move=False):
# - len(srcs) > 1 and dest is not dir
# - input not readable
# - move=True and input not deleteable
# - ambiguous inputs
# - input is incomplete pair (e.g. .hdr
# without corresponding .img)
# a.img
# a.hdr
# a.nii
#
# FAIL: imcp a dest
# (files_to_create, imcp_args[, preproc])
tests = [
# non-existent input
('', 'a b'),
('a.img', 'b.img a'),
# dest is non-existent dir
('a.img', 'a.img non_existent_dir/'),
# len(srcs) > 1, but dest is not dir
('a.img b.img', 'a b c.img'),
# destination not writeable
('a.img b.img', 'a b ./readonly_dir',
'mkdir outdir/readonly_dir; chmod a-wx outdir/readonly_dir'),
('a.img', 'a b',
'mkdir outdir/b.nii.gz; chmod a-wx outdir/b.nii.gz'),
# input not readable
('a.img', 'a b', 'chmod a-rwx indir/a.img'),
# ambiguous input
('a.img a.nii', 'a b'),
# input is part of incomplete pair
('a.img', 'a b', 'rm indir/a.hdr'),
('a.img', 'a.img b', 'rm indir/a.hdr'),
('a.img', 'a.hdr b', 'rm indir/a.hdr'),
('a.img', 'a b', 'rm indir/a.img'),
('a.img', 'a.img b', 'rm indir/a.img'),
('a.img', 'a.hdr b', 'rm indir/a.img'),
]
if move:
tests = tests + [
# Input not deletable
('a.img', 'a b', 'chmod a-wx indir'),
('a.img', 'a b', 'chmod a-wx indir'),
('a.nii', 'a b', 'chmod a-wx indir')
]
indir = tempfile.mkdtemp()
outdir = tempfile.mkdtemp()
try:
for test in tests:
files_to_create = test[0]
imcp_args = test[1]
if len(test) == 3: preproc = test[2]
else: preproc = None
files_to_create = files_to_create.split()
imcp_args = imcp_args.split()
for fname in files_to_create:
makeImage(op.join(indir, fname))
imcp_args[:-1] = [op.join(indir, a) for a in imcp_args[:-1]]
imcp_args[-1] = op.join(outdir, imcp_args[-1])
if preproc is not None:
for cmd in preproc.split(';'):
cmd = cmd.replace('indir', indir).replace('outdir', outdir)
sp.call(cmd.split())
if move: assert immv_script.main(imcp_args) != 0
else: assert imcp_script.main(imcp_args) != 0
sp.call('chmod u+rwx {}'.format(indir).split())
sp.call('chmod u+rwx {}'.format(outdir).split())
cleardir(indir)
cleardir(outdir)
finally:
shutil.rmtree(indir)
shutil.rmtree(outdir)
# Other failure cases
if move: assert immv_script.main() != 0
else: assert imcp_script.main() != 0
if move: assert immv_script.main([]) != 0
else: assert imcp_script.main([]) != 0
if move: assert immv_script.main(['wa']) != 0
else: assert imcp_script.main(['wa']) != 0
def test_imcp_script_shouldPass(move=False):
# The imcp/immv scripts should honour the
# FSLOUTPUTTYPE env var. If it is unset
# or invalid - '' in this case), they
# should produce .nii.gz
outputTypes = ['NIFTI', 'NIFTI_PAIR', 'NIFTI_GZ', '']
# Test tuples have the following structure (each
# item is a string which will be split on spaces):
#
# (files_to_create, imcp_args, files_to_expect)
#
# The files_to_expect is a list of
# prefixes - the suffix(es) is(are)
# determined by the current outputType
#
# If multiple files are being copied, the
# files_to_create and files_to_expect lists
# have to be in the same order.
tests = [
('a.nii', 'a b', 'b'),
('a.nii', 'a.nii b', 'b'),
('a.nii', 'a b.nii', 'b'),
('a.nii', 'a.nii b.nii', 'b'),
('a.nii', 'a .', 'a'),
('a.nii', 'a.nii .', 'a'),
('a.nii', 'a b.hdr', 'b'),
('a.nii', 'a b.img', 'b'),
('a.nii', 'a b.nii.gz', 'b'),
('a.nii', 'a.nii b.hdr', 'b'),
('a.nii', 'a.nii b.img', 'b'),
('a.nii', 'a.nii b.nii.gz', 'b'),
('a.nii.gz', 'a b', 'b'),
('a.nii.gz', 'a.nii.gz b', 'b'),
('a.nii.gz', 'a b.nii.gz', 'b'),
('a.nii.gz', 'a.nii.gz b.nii.gz', 'b'),
('a.nii.gz', 'a .', 'a'),
('a.nii.gz', 'a.nii.gz .', 'a'),
('a.nii.gz', 'a b.hdr', 'b'),
('a.nii.gz', 'a b.img', 'b'),
('a.nii.gz', 'a b.nii', 'b'),
('a.nii.gz', 'a.nii.gz b.hdr', 'b'),
('a.nii.gz', 'a.nii.gz b.img', 'b'),
('a.nii.gz', 'a.nii.gz b.nii', 'b'),
('a.img', 'a b', 'b'),
('a.img', 'a b.img', 'b'),
('a.img', 'a b.hdr', 'b'),
('a.img', 'a .', 'a'),
('a.img', 'a.img b', 'b'),
('a.img', 'a.img b.img', 'b'),
('a.img', 'a.img b.hdr', 'b'),
('a.img', 'a.img .', 'a'),
('a.img', 'a.hdr b', 'b'),
('a.img', 'a.hdr b.img', 'b'),
('a.img', 'a.hdr b.hdr', 'b'),
('a.img', 'a.hdr .', 'a'),
('a.img', 'a b.nii', 'b'),
('a.img', 'a b.nii.gz', 'b'),
('a.img', 'a .', 'a'),
('a.img', 'a.hdr b.nii', 'b'),
('a.img', 'a.hdr b.nii.gz', 'b'),
('a.img', 'a.hdr .', 'a'),
('a.img', 'a.img b.nii', 'b'),
('a.img', 'a.img b.nii.gz', 'b'),
('a.img', 'a.img .', 'a'),
('a.nii b.nii', 'a b .', 'a b'),
('a.nii b.nii', 'a b.nii .', 'a b'),
('a.nii b.nii', 'a.nii b .', 'a b'),
('a.nii b.nii', 'a.nii b.nii .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr b.hdr .', 'a b'),
('a.nii.gz b.nii.gz', 'a b .', 'a b'),
('a.nii.gz b.nii.gz', 'a b.nii.gz .', 'a b'),
('a.nii.gz b.nii.gz', 'a.nii.gz b .', 'a b'),
('a.nii.gz b.nii.gz', 'a.nii.gz b.nii.gz .', 'a b'),
# Heterogenous inputs
('a.nii b.nii.gz', 'a b .', 'a b'),
('a.nii b.nii.gz', 'a b.nii.gz .', 'a b'),
('a.nii b.nii.gz', 'a.nii b .', 'a b'),
('a.nii b.nii.gz', 'a.nii b.nii.gz .', 'a b'),
('a.nii b.img', 'a b .', 'a b'),
('a.nii b.img', 'a b.img .', 'a b'),
('a.nii b.img', 'a b.hdr .', 'a b'),
('a.nii b.img', 'a.nii b .', 'a b'),
('a.nii b.img', 'a.nii b.img .', 'a b'),
('a.nii b.img', 'a.nii b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.nii', 'a b .', 'a b'),
('a.img b.nii', 'a b.nii .', 'a b'),
('a.img b.nii', 'a.img b .', 'a b'),
('a.img b.nii', 'a.img b.nii .', 'a b'),
('a.img b.nii', 'a.hdr b .', 'a b'),
('a.img b.nii', 'a.hdr b.nii .', 'a b'),
# Duplicate inputs
('a.img', 'a a .', 'a'),
('a.img', 'a a.img .', 'a'),
('a.img', 'a a.hdr .', 'a'),
('a.img', 'a.img a .', 'a'),
('a.img', 'a.img a.img .', 'a'),
('a.img', 'a.img a.hdr .', 'a'),
('a.img', 'a.hdr a .', 'a'),
('a.img', 'a.hdr a.img .', 'a'),
('a.img', 'a.hdr a.hdr .', 'a'),
('a.img b.img', 'a a b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.img b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.img b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.img b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.img b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.img b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.img b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.hdr b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.hdr b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.hdr b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.hdr b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.hdr b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.hdr b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.img b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.img b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.img b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.img b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.img b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.img b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.hdr b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.hdr b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.hdr b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.hdr b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.hdr b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.hdr b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.img b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.img b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.img b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.img b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.img b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.img b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.hdr b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.hdr b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.hdr b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.hdr b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.hdr b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.hdr b.img b.hdr .', 'a b'),
# Inputs which cause the destination
# to be overwritten - this should be
# ok, the destination should be the
# last specified input. The order of
# files_to_create has to match the
# imcp_args order, otherwise my bodgy
# checkFilesToExpect function will
# break.
('a.nii a.img', 'a.nii a.img .', 'a'),
('a.img a.nii', 'a.img a.nii .', 'a'),
('a.nii a.img a.nii.gz', 'a.nii a.img a.nii.gz .', 'a'),
('a.nii a.nii.gz a.img ', 'a.nii a.nii.gz a.img .', 'a'),
('a.img a.nii.gz a.nii ', 'a.img a.nii.gz a.nii .', 'a'),
('a.img a.nii a.nii.gz', 'a.img a.nii a.nii.gz .', 'a'),
('a.nii.gz a.img a.nii ', 'a.nii.gz a.img a.nii .', 'a'),
('a.nii.gz a.nii a.img ', 'a.nii.gz a.nii a.img .', 'a'),
]
indir = tempfile.mkdtemp()
outdir = tempfile.mkdtemp()
try:
for outputType in outputTypes:
os.environ['FSLOUTPUTTYPE'] = outputType
for files_to_create, imcp_args, files_to_expect in tests:
imageHashes = []
print()
print('files_to_create: ', files_to_create)
print('imcp_args: ', imcp_args)
print('files_to_expect: ', files_to_expect)
for i, fname in enumerate(files_to_create.split()):
imageHashes.append(makeImage(op.join(indir, fname)))
imcp_args = imcp_args.split()
imcp_args[:-1] = [op.join(indir, a) for a in imcp_args[:-1]]
imcp_args[-1] = op.join(outdir, imcp_args[-1])
print('indir before: ', os.listdir(indir))
print('outdir before: ', os.listdir(outdir))
if move: assert immv_script.main(imcp_args) == 0
else: assert imcp_script.main(imcp_args) == 0
print('indir after: ', os.listdir(indir))
print('outdir after: ', os.listdir(outdir))
checkFilesToExpect(files_to_expect, outdir, outputType,
imageHashes)
if move:
infiles = os.listdir(indir)
infiles = [f for f in infiles if op.isfile(f)]
assert len(infiles) == 0
cleardir(indir)
cleardir(outdir)
finally:
shutil.rmtree(indir)
shutil.rmtree(outdir)
def test_imcp_script_shouldPass(move=False):
# The imcp/immv scripts should honour the
# FSLOUTPUTTYPE env var. If it is unset
# or invalid - '' in this case), they
# should produce .nii.gz
outputTypes = ['NIFTI', 'NIFTI_PAIR', 'NIFTI_GZ', '']
reldirs = ['neutral', 'samedir', 'indir', 'outdir']
# Test tuples have the following structure (each
# item is a string which will be split on spaces):
#
# (files_to_create, imcp_args, files_to_expect)
#
# The files_to_expect is a list of
# prefixes - the suffix(es) is(are)
# determined by the current outputType
#
# If multiple files are being copied, the
# files_to_create and files_to_expect lists
# have to be in the same order.
tests = [
('a.nii', 'a b', 'b'),
('a.nii', 'a.nii b', 'b'),
('a.nii', 'a b.nii', 'b'),
('a.nii', 'a.nii b.nii', 'b'),
('a.nii', 'a .', 'a'),
('a.nii', 'a.nii .', 'a'),
('a.nii', 'a b.hdr', 'b'),
('a.nii', 'a b.img', 'b'),
('a.nii', 'a b.nii.gz', 'b'),
('a.nii', 'a.nii b.hdr', 'b'),
('a.nii', 'a.nii b.img', 'b'),
('a.nii', 'a.nii b.nii.gz', 'b'),
('a.nii.gz', 'a b', 'b'),
('a.nii.gz', 'a.nii.gz b', 'b'),
('a.nii.gz', 'a b.nii.gz', 'b'),
('a.nii.gz', 'a.nii.gz b.nii.gz', 'b'),
('a.nii.gz', 'a .', 'a'),
('a.nii.gz', 'a.nii.gz .', 'a'),
('a.nii.gz', 'a b.hdr', 'b'),
('a.nii.gz', 'a b.img', 'b'),
('a.nii.gz', 'a b.nii', 'b'),
('a.nii.gz', 'a.nii.gz b.hdr', 'b'),
('a.nii.gz', 'a.nii.gz b.img', 'b'),
('a.nii.gz', 'a.nii.gz b.nii', 'b'),
('a.img', 'a b', 'b'),
('a.img', 'a b.img', 'b'),
('a.img', 'a b.hdr', 'b'),
('a.img', 'a .', 'a'),
('a.img', 'a.img b', 'b'),
('a.img', 'a.img b.img', 'b'),
('a.img', 'a.img b.hdr', 'b'),
('a.img', 'a.img .', 'a'),
('a.img', 'a.hdr b', 'b'),
('a.img', 'a.hdr b.img', 'b'),
('a.img', 'a.hdr b.hdr', 'b'),
('a.img', 'a.hdr .', 'a'),
('a.img', 'a b.nii', 'b'),
('a.img', 'a b.nii.gz', 'b'),
('a.img', 'a .', 'a'),
('a.img', 'a.hdr b.nii', 'b'),
('a.img', 'a.hdr b.nii.gz', 'b'),
('a.img', 'a.hdr .', 'a'),
('a.img', 'a.img b.nii', 'b'),
('a.img', 'a.img b.nii.gz', 'b'),
('a.img', 'a.img .', 'a'),
('a.nii b.nii', 'a b .', 'a b'),
('a.nii b.nii', 'a b.nii .', 'a b'),
('a.nii b.nii', 'a.nii b .', 'a b'),
('a.nii b.nii', 'a.nii b.nii .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr b.hdr .', 'a b'),
('a.nii.gz b.nii.gz', 'a b .', 'a b'),
('a.nii.gz b.nii.gz', 'a b.nii.gz .', 'a b'),
('a.nii.gz b.nii.gz', 'a.nii.gz b .', 'a b'),
('a.nii.gz b.nii.gz', 'a.nii.gz b.nii.gz .', 'a b'),
# Heterogenous inputs
('a.nii b.nii.gz', 'a b .', 'a b'),
('a.nii b.nii.gz', 'a b.nii.gz .', 'a b'),
('a.nii b.nii.gz', 'a.nii b .', 'a b'),
('a.nii b.nii.gz', 'a.nii b.nii.gz .', 'a b'),
('a.nii b.img', 'a b .', 'a b'),
('a.nii b.img', 'a b.img .', 'a b'),
('a.nii b.img', 'a b.hdr .', 'a b'),
('a.nii b.img', 'a.nii b .', 'a b'),
('a.nii b.img', 'a.nii b.img .', 'a b'),
('a.nii b.img', 'a.nii b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.nii', 'a b .', 'a b'),
('a.img b.nii', 'a b.nii .', 'a b'),
('a.img b.nii', 'a.img b .', 'a b'),
('a.img b.nii', 'a.img b.nii .', 'a b'),
('a.img b.nii', 'a.hdr b .', 'a b'),
('a.img b.nii', 'a.hdr b.nii .', 'a b'),
# Duplicate inputs
('a.img', 'a a .', 'a'),
('a.img', 'a a.img .', 'a'),
('a.img', 'a a.hdr .', 'a'),
('a.img', 'a.img a .', 'a'),
('a.img', 'a.img a.img .', 'a'),
('a.img', 'a.img a.hdr .', 'a'),
('a.img', 'a.hdr a .', 'a'),
('a.img', 'a.hdr a.img .', 'a'),
('a.img', 'a.hdr a.hdr .', 'a'),
('a.img b.img', 'a a b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.img b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.img b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.img b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.img b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.img b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.img b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.hdr b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.hdr b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.hdr b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.hdr b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.hdr b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a a.hdr b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.img b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.img b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.img b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.img b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.img b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.img b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.hdr b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.hdr b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.hdr b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.hdr b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.hdr b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.img a.hdr b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.img b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.img b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.img b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.img b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.img b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.img b.img b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.hdr b b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.hdr b b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.hdr b b.hdr .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.hdr b.img b .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.hdr b.img b.img .', 'a b'),
('a.img b.img', 'a.hdr a.hdr b.img b.hdr .', 'a b'),
# Inputs which cause the destination
# to be overwritten - this should be
# ok, the destination should be the
# last specified input. The order of
# files_to_create has to match the
# imcp_args order, otherwise my bodgy
# checkFilesToExpect function will
# break.
('a.nii a.img', 'a.nii a.img .', 'a'),
('a.img a.nii', 'a.img a.nii .', 'a'),
('a.nii a.img a.nii.gz', 'a.nii a.img a.nii.gz .', 'a'),
('a.nii a.nii.gz a.img ', 'a.nii a.nii.gz a.img .', 'a'),
('a.img a.nii.gz a.nii ', 'a.img a.nii.gz a.nii .', 'a'),
('a.img a.nii a.nii.gz', 'a.img a.nii a.nii.gz .', 'a'),
('a.nii.gz a.img a.nii ', 'a.nii.gz a.img a.nii .', 'a'),
('a.nii.gz a.nii a.img ', 'a.nii.gz a.nii a.img .', 'a'),
]
indir = tempfile.mkdtemp()
outdir = tempfile.mkdtemp()
startdir = os.getcwd()
try:
for outputType, reldir in it.product(outputTypes, reldirs):
os.environ['FSLOUTPUTTYPE'] = outputType
for files_to_create, imcp_args, files_to_expect in tests:
imageHashes = []
print()
print('files_to_create: ', files_to_create)
print('imcp_args: ', imcp_args)
print('files_to_expect: ', files_to_expect)
for i, fname in enumerate(files_to_create.split()):
imageHashes.append(makeImage(op.join(indir, fname)))
imcp_args = imcp_args.split()
tindir = indir
toutdir = outdir
if reldir == 'neutral': reldir = startdir
elif reldir == 'indir': reldir = tindir
elif reldir == 'outdir': reldir = toutdir
elif reldir == 'samedir':
reldir = tindir
toutdir = tindir
if not move:
infiles = os.listdir(tindir)
files_to_expect = files_to_expect + ' ' + \
' '.join(infiles)
for inf in infiles:
img = nib.load(op.join(tindir, inf), mmap=False)
imghash = hash(
np.asanyarray(img.dataobj).tobytes())
img = None
imageHashes.append(imghash)
print('adj files_to_expect: ', files_to_expect)
os.chdir(reldir)
imcp_args[:-1] = [op.join(tindir, a) for a in imcp_args[:-1]]
imcp_args[-1] = op.join(toutdir, imcp_args[-1])
for i, a in enumerate(imcp_args):
if op.splitdrive(a)[0] == op.splitdrive(reldir)[0]:
imcp_args[i] = op.relpath(a, reldir)
print('indir before: ', os.listdir(tindir))
print('outdir before: ', os.listdir(toutdir))
if move: result = immv_script.main(imcp_args)
else: result = imcp_script.main(imcp_args)
print('indir after: ', os.listdir(tindir))
print('outdir after: ', os.listdir(toutdir))
assert result == 0
checkFilesToExpect(files_to_expect, toutdir, outputType,
imageHashes)
# too hard if indir == outdir
if move and tindir != toutdir:
infiles = os.listdir(tindir)
infiles = [f for f in infiles if op.isfile(f)]
infiles = [f for f in infiles if op.isfile(f)]
assert len(infiles) == 0
cleardir(indir)
cleardir(outdir)
finally:
os.chdir(startdir)
shutil.rmtree(indir)
shutil.rmtree(outdir)