Python GPURMSD.prepare_trajectory Exemples

Exemple #1

Fichier : test_gpurmsd.py Projet : jimsnyderjr/msmbuilder

def test_gpurmsd():
    traj = Trajectory.load_trajectory_file(trj_path)

    gpurmsd = GPURMSD()
    ptraj = gpurmsd.prepare_trajectory(traj)
    gpurmsd._gpurmsd.print_params()
    gpu_distances = gpurmsd.one_to_all(ptraj, ptraj, 0)

    cpurmsd = RMSD()
    ptraj = cpurmsd.prepare_trajectory(traj)
    cpu_distances = cpurmsd.one_to_all(ptraj, ptraj, 0)

    npt.assert_array_almost_equal(cpu_distances, gpu_distances, decimal=4)

Exemple #2

Fichier : test_gpurmsd.py Projet : AgnesHH/msmbuilder

def test_gpurmsd():
    traj = Trajectory.load_trajectory_file(trj_path)    

    gpurmsd = GPURMSD()
    ptraj = gpurmsd.prepare_trajectory(traj)
    gpurmsd._gpurmsd.print_params()
    gpu_distances = gpurmsd.one_to_all(ptraj, ptraj, 0)

    cpurmsd = RMSD()
    ptraj = cpurmsd.prepare_trajectory(traj)
    cpu_distances = cpurmsd.one_to_all(ptraj, ptraj, 0)
    
    npt.assert_array_almost_equal(cpu_distances, gpu_distances, decimal=4)

Exemple #3

Fichier : test_gpurmsd.py Projet : jimsnyderjr/msmbuilder

 def gpudist(t):
     gpurmsd = GPURMSD()
     pt = gpurmsd.prepare_trajectory(t)
     gpurmsd._gpurmsd.print_params()
     return gpurmsd.one_to_all(pt, pt, 0)

Exemple #4

Fichier : test_gpurmsd.py Projet : AgnesHH/msmbuilder

 def gpudist(t):
     gpurmsd = GPURMSD()
     pt = gpurmsd.prepare_trajectory(t)
     gpurmsd._gpurmsd.print_params()
     return gpurmsd.one_to_all(pt, pt, 0)