def setup_option_parser():
parser = OptionParser(usage = '%prog [options] ANTIBODY')
# option action='store' callback type nargs=1 dest
parser.add_option('--hmmalign', type='string', dest='HMMER_ALIGN_BIN')
parser.add_option('--hmmbuild', type='string', dest='HMMER_BUILD_BIN')
parser.add_option('--hmmiter', type='int', dest='HMMER_ITER')
parser.add_option('--method', type='string', dest='REGRESSOR_METHOD')
parser.add_option('--filter', action='callback', callback=optparse_csv, type='string', dest='FILTER')
parser.add_option('--clonal', action='store_true', dest='CLONAL')
parser.add_option('--numfeats', type='int', dest='NUM_FEATURES')
parser.add_option('--subtypes', action='callback', callback=optparse_csv, type='string', dest='SUBTYPES')
parser.add_option('--weighting', action='store_true', dest='WEIGHTING')
parser.add_option('--amino', action='store_true', dest='AMINO')
parser.add_option('--dna', action='store_true', dest='DNA')
parser.add_option('--stanfel', action='store_true', dest='STANFEL')
parser.add_option('--cv', type='int', dest='CV_FOLDS')
parser.add_option('--loocv', action='store_true', dest='LOOCV')
parser.add_option('--maxcon', type='float', dest='MAX_CONSERVATION')
parser.add_option('--maxgap', type='float', dest='MAX_GAP_RATIO')
parser.add_option('--mincon', type='float', dest='MIN_CONSERVATION')
parser.add_option('--neuts', action='callback', callback=optparse_data, type='string', dest='DATA')
parser.add_option('--hxb2', type='string', dest='REFSEQ_FASTA')
parser.add_option('--ids', action='callback', callback=optparse_csv, type='string', dest='HXB2_IDS')
parser.add_option('--test', action='store_true', dest='TEST')
parser.add_option('--seed', type='int', dest='RAND_SEED')
parser.add_option('--phylofilt', action='store_true', dest='PHYLOFILTER')
parser.add_option('--logspace', action='store_true', dest='LOGSPACE')
parser.set_defaults(HMMER_ALIGN_BIN = 'hmmalign')
parser.set_defaults(HMMER_BUILD_BIN = 'hmmbuild')
parser.set_defaults(HMMER_ITER = 8)
parser.set_defaults(REGRESSOR_METHOD = 'ridgelar')
parser.set_defaults(FILTER = [])
parser.set_defaults(CLONAL = False)
parser.set_defaults(NUM_FEATURES = -1)
parser.set_defaults(SUBTYPES = [])
parser.set_defaults(WEIGHTING = False)
parser.set_defaults(AMINO = False)
parser.set_defaults(DNA = False)
parser.set_defaults(STANFEL = False)
parser.set_defaults(CV_FOLDS = 5)
parser.set_defaults(LOOCV = False)
parser.set_defaults(MAX_CONSERVATION = 1. ) # 93.)
parser.set_defaults(MAX_GAP_RATIO = 0.1 ) # 93.)
parser.set_defaults(MIN_CONSERVATION = 1. ) # 33.)
parser.set_defaults(DATA = input_data(join(_IDEPI_PATH, 'data', 'allneuts.sqlite3')))
parser.set_defaults(REFSEQ_FASTA = _HXB2_AMINO_FASTA)
parser.set_defaults(HXB2_IDS = ['9629357', '9629363'])
parser.set_defaults(RAND_SEED = 42) # make the behavior deterministic for now
parser.set_defaults(PHYLOFILTER = False)
parser.set_defaults(LOGSPACE = False)
return parser
def setup_option_parser():
parser = OptionParser(usage='%prog [options] ANTIBODY')
# option action='store' callback type nargs=1 dest
parser.add_option('--hmmalign', type='string', dest='HMMER_ALIGN_BIN')
parser.add_option('--hmmbuild', type='string', dest='HMMER_BUILD_BIN')
parser.add_option('--hmmiter', type='int', dest='HMMER_ITER')
parser.add_option('--method', type='string', dest='REGRESSOR_METHOD')
parser.add_option('--filter',
action='callback',
callback=optparse_csv,
type='string',
dest='FILTER')
parser.add_option('--clonal', action='store_true', dest='CLONAL')
parser.add_option('--numfeats', type='int', dest='NUM_FEATURES')
parser.add_option('--subtypes',
action='callback',
callback=optparse_csv,
type='string',
dest='SUBTYPES')
parser.add_option('--weighting', action='store_true', dest='WEIGHTING')
parser.add_option('--amino', action='store_true', dest='AMINO')
parser.add_option('--dna', action='store_true', dest='DNA')
parser.add_option('--stanfel', action='store_true', dest='STANFEL')
parser.add_option('--cv', type='int', dest='CV_FOLDS')
parser.add_option('--loocv', action='store_true', dest='LOOCV')
parser.add_option('--maxcon', type='float', dest='MAX_CONSERVATION')
parser.add_option('--maxgap', type='float', dest='MAX_GAP_RATIO')
parser.add_option('--mincon', type='float', dest='MIN_CONSERVATION')
parser.add_option('--neuts',
action='callback',
callback=optparse_data,
type='string',
dest='DATA')
parser.add_option('--hxb2', type='string', dest='REFSEQ_FASTA')
parser.add_option('--ids',
action='callback',
callback=optparse_csv,
type='string',
dest='HXB2_IDS')
parser.add_option('--test', action='store_true', dest='TEST')
parser.add_option('--seed', type='int', dest='RAND_SEED')
parser.add_option('--phylofilt', action='store_true', dest='PHYLOFILTER')
parser.add_option('--logspace', action='store_true', dest='LOGSPACE')
parser.set_defaults(HMMER_ALIGN_BIN='hmmalign')
parser.set_defaults(HMMER_BUILD_BIN='hmmbuild')
parser.set_defaults(HMMER_ITER=8)
parser.set_defaults(REGRESSOR_METHOD='ridgelar')
parser.set_defaults(FILTER=[])
parser.set_defaults(CLONAL=False)
parser.set_defaults(NUM_FEATURES=-1)
parser.set_defaults(SUBTYPES=[])
parser.set_defaults(WEIGHTING=False)
parser.set_defaults(AMINO=False)
parser.set_defaults(DNA=False)
parser.set_defaults(STANFEL=False)
parser.set_defaults(CV_FOLDS=5)
parser.set_defaults(LOOCV=False)
parser.set_defaults(MAX_CONSERVATION=1.) # 93.)
parser.set_defaults(MAX_GAP_RATIO=0.1) # 93.)
parser.set_defaults(MIN_CONSERVATION=1.) # 33.)
parser.set_defaults(
DATA=input_data(join(_IDEPI_PATH, 'data', 'allneuts.sqlite3')))
parser.set_defaults(REFSEQ_FASTA=_HXB2_AMINO_FASTA)
parser.set_defaults(HXB2_IDS=['9629357', '9629363'])
parser.set_defaults(
RAND_SEED=42) # make the behavior deterministic for now
parser.set_defaults(PHYLOFILTER=False)
parser.set_defaults(LOGSPACE=False)
return parser
def optparse_data(option, _, value, parser):
setattr(parser.values, option.dest, input_data(value))
def optparse_data(option, _, value, parser):
setattr(parser.values, option.dest, input_data(value))