Python parse_blast_groupby Exemples

Exemple #1

Fichier : test_blast.py Projet : kdmurray91/lpipy

def test_parse_blast_queries():
    """Check that hits are grouped correctly into query-wise `pd.DataFrame`s.
    """
    __do_test_parse_blast_queries(
        blast.parse_blast_groupby(helpers.get_data_file("50_blast_hits.tab")),
        helpers.get_data_file("50_blast_hits_sseqids.json"),
    )

Exemple #2

Fichier : test_blast.py Projet : kdmurray91/lpipy

def test_parse_blast_queries_filtering():
    __do_test_parse_blast_queries(
        blast.parse_blast_groupby(helpers.get_data_file("50_blast_hits.tab"), filter="evalue < 1e-150"),
        helpers.get_data_file("50_blast_hits_sseqids_1e-150.json"),
    )