Python main Exemples

Exemple #1

Fichier : flowRateScript.py Projet : mattkwiecien/Carbon-Nanotube-simulations-in-VMD-and-NAMD

import numpy as np
import nanogen as ng
fname = "FixedC2_T_{0:s}K_F_{1:s}pN"

for j in range(0, 4):

    if j == 0:
        Temp = 300
    elif j == 1:
        Temp = 75
    elif j == 2:
        Temp = 20
    elif j == 3:
        Temp = 5

    forces = np.logspace(-2, 1, 12)

    for force in forces:
        strForce = "{:.2f}".format(force)
        print "##########\n##########\n##########\nStarting Simulation of " + fname.format(
            str(Temp), strForce) + "\n##########\n##########\n##########\n"
        ng.main(fname.format(str(Temp), strForce), 200, -1, 4, 4, Temp, 25000,
                force)
        print "##########\n##########\n##########\nFinished Simulation of " + fname.format(
            str(Temp), strForce) + "\n###########\n###########\n###########\n"

Exemple #2

import numpy as np
import nanogen as ng
fname = "minimize_{0:s}ps"

for j in range(1, 11):

    minLength = j * 2000

    print "\n############################################################\n\
		Starting Simulation of " + fname.format(str(minLength)) + "\n\
			############################################################\n"

    ng.main(fname.format(str(minLength)), 200, -1, 4, 4, 5, 25000, 0,
            minLength)

    print "\n############################################################\n\
		Finished Simulation of " + fname.format(str(minLength)) + "\n\
			############################################################\n"

Exemple #3

Fichier : flowRateScript.py Projet : mkwieci2/Carbon-Nanotube-simulations-in-VMD-and-NAMD

import numpy as np
import nanogen as ng
fname = "FixedC2_T_{0:s}K_F_{1:s}pN"

for j in range(0,4):

	if j==0:
		Temp = 300
	elif j==1:
		Temp = 75
	elif j==2:
		Temp = 20
	elif j==3: 
		Temp = 5

	forces = np.logspace(-2,1,12)

	for force in forces:
		strForce = "{:.2f}".format(force) 
		print "##########\n##########\n##########\nStarting Simulation of "+fname.format( str(Temp), strForce )+"\n##########\n##########\n##########\n"
		ng.main( fname.format( str(Temp), strForce ), 200, -1, 4, 4, Temp, 25000, force )
		print "##########\n##########\n##########\nFinished Simulation of "+fname.format( str(Temp), strForce )+"\n###########\n###########\n###########\n"

Exemple #4

Fichier : minimizeTests.py Projet : mkwieci2/Carbon-Nanotube-simulations-in-VMD-and-NAMD

import numpy as np
import nanogen as ng
fname = "minimize_{0:s}ps"

for j in range(1,11):

	minLength = j*2000

	print "\n############################################################\n\
		Starting Simulation of "+fname.format( str(minLength) )+"\n\
			############################################################\n"

	ng.main( fname.format(str(minLength)), 200, -1, 4, 4, 5, 25000, 0, minLength )

	print "\n############################################################\n\
		Finished Simulation of "+fname.format( str(minLength) )+"\n\
			############################################################\n"

Exemple #5

Fichier : ui_vs_i.py Projet : mattkwiecien/Carbon-Nanotube-simulations-in-VMD-and-NAMD

import numpy as np
import nanogen as ng
fname = "RingSim{0:s}"

for j in range(-1, 2):

    print "\n############################################################\n\
		Starting Simulation of " + fname.format(str(j)) + "\n\
			############################################################\n"

    ng.main(fname.format(str(j)), 200, j, 4, 4, 5, 100000, 0, 0)

    print "\n############################################################\n\
		Finished Simulation of " + fname.format(str(j)) + "\n\
			############################################################\n"

Exemple #6

import numpy as np
import nanogen as ng
fname = "meetOct1_Run{0:s}_F{1:s}pN"
forces = [0.03, 0.05, 0.1, 0.2, 0.4, 0.8]

for i in range(1,5):

	for force in forces:
		
		strForce = "{:.2f}".format(force) 
		strFname = fname.format(str(i),strForce)

		print "##########\n##########\n##########\nStarting Simulation of "+strFname+"\n##########\n##########\n##########\n"
		ng.main( strFname, 600, -1, 4, 4, 5, 50000, force, 8000 )
		print "##########\n##########\n##########\nFinished Simulation of "+strFname+"\n###########\n###########\n###########\n"

Exemple #7

Fichier : tempAnalysis.py Projet : mkwieci2/Carbon-Nanotube-simulations-in-VMD-and-NAMD

import numpy as np
import nanogen as ng
fname = "FastRun3_T_{0:s}K"

for j in range(0,4):

	if j==0:
		Temp = 300
	elif j==1:
		Temp = 75
	elif j==2:
		Temp = 20
	elif j==3: 
		Temp = 5

	print "\n############################################################\n\
		Starting Simulation of "+fname.format( str(Temp) )+"\n\
			############################################################\n"

	ng.main( fname.format(str(Temp)), 200, -1, 4, 4, Temp, 100, 0 )

	print "\n############################################################\n\
		Finished Simulation of "+fname.format( str(Temp) )+"\n\
			############################################################\n"

Exemple #8

Fichier : tempAnalysis.py Projet : mattkwiecien/Carbon-Nanotube-simulations-in-VMD-and-NAMD

import numpy as np
import nanogen as ng
fname = "FastRun3_T_{0:s}K"

for j in range(0, 4):

    if j == 0:
        Temp = 300
    elif j == 1:
        Temp = 75
    elif j == 2:
        Temp = 20
    elif j == 3:
        Temp = 5

    print "\n############################################################\n\
		Starting Simulation of " + fname.format(str(Temp)) + "\n\
			############################################################\n"

    ng.main(fname.format(str(Temp)), 200, -1, 4, 4, Temp, 100, 0)

    print "\n############################################################\n\
		Finished Simulation of " + fname.format(str(Temp)) + "\n\
			############################################################\n"