def test_BEDPOSTX5_outputs(): output_map = dict( d_stdsamples=dict(), dsamples=dict(), dyads=dict(), dyads_disp=dict(), fsamples=dict(), mean_S0samples=dict(), mean_d_stdsamples=dict(), mean_dsamples=dict(), mean_fsamples=dict(), mean_phsamples=dict(), mean_tausamples=dict(), mean_thsamples=dict(), merged_fsamples=dict(), merged_phsamples=dict(), merged_thsamples=dict(), phsamples=dict(), thsamples=dict(), ) outputs = BEDPOSTX5.output_spec() for key, metadata in output_map.items(): for metakey, value in metadata.items(): yield assert_equal, getattr(outputs.traits()[key], metakey), value
def test_BEDPOSTX5_outputs(): output_map = dict(dyads=dict(), dyads_dispersion=dict(), mean_S0samples=dict(), mean_dsamples=dict(), mean_fsamples=dict(), mean_phsamples=dict(), mean_thsamples=dict(), merged_fsamples=dict(), merged_phsamples=dict(), merged_thsamples=dict(), ) outputs = BEDPOSTX5.output_spec() for key, metadata in output_map.items(): for metakey, value in metadata.items(): yield assert_equal, getattr(outputs.traits()[key], metakey), value
def test_BEDPOSTX5_inputs(): input_map = dict( all_ard=dict( argstr='--allard', xor=('no_ard', 'all_ard'), ), args=dict(argstr='%s', ), burn_in=dict(argstr='-b %d', ), burn_in_no_ard=dict(argstr='--burninnoard=%d', ), bvals=dict(mandatory=True, ), bvecs=dict(mandatory=True, ), cnlinear=dict( argstr='--cnonlinear', xor=('no_spat', 'non_linear', 'cnlinear'), ), dwi=dict(mandatory=True, ), environ=dict( nohash=True, usedefault=True, ), f0_ard=dict( argstr='--f0 --ardf0', xor=['f0_noard', 'f0_ard', 'all_ard'], ), f0_noard=dict( argstr='--f0', xor=['f0_noard', 'f0_ard'], ), force_dir=dict( argstr='--forcedir', usedefault=True, ), fudge=dict(argstr='-w %d', ), gradnonlin=dict(argstr='-g', ), ignore_exception=dict( nohash=True, usedefault=True, ), logdir=dict(argstr='--logdir=%s', ), mask=dict(mandatory=True, ), model=dict(argstr='-model %d', ), n_fibres=dict( argstr='-n %d', mandatory=True, usedefault=True, ), n_jumps=dict(argstr='-j %d', ), no_ard=dict( argstr='--noard', xor=('no_ard', 'all_ard'), ), no_spat=dict( argstr='--nospat', xor=('no_spat', 'non_linear', 'cnlinear'), ), non_linear=dict( argstr='--nonlinear', xor=('no_spat', 'non_linear', 'cnlinear'), ), out_dir=dict( argstr='%s', mandatory=True, position=1, usedefault=True, ), output_type=dict(), rician=dict(argstr='--rician', ), sample_every=dict(argstr='-s %d', ), seed=dict(argstr='--seed=%d', ), terminal_output=dict(nohash=True, ), update_proposal_every=dict(argstr='--updateproposalevery=%d', ), use_gpu=dict(), ) inputs = BEDPOSTX5.input_spec() for key, metadata in input_map.items(): for metakey, value in metadata.items(): yield assert_equal, getattr(inputs.traits()[key], metakey), value
def test_BEDPOSTX5_inputs(): input_map = dict(all_ard=dict(argstr='--allard', xor=('no_ard', 'all_ard'), ), args=dict(argstr='%s', ), burn_in=dict(argstr='--burnin=%d', ), burn_in_no_ard=dict(argstr='--burninnoard=%d', ), bvals=dict(argstr='--bvals=%s', mandatory=True, ), bvecs=dict(argstr='--bvecs=%s', mandatory=True, ), cnlinear=dict(argstr='--cnonlinear', xor=('no_spat', 'non_linear', 'cnlinear'), ), dwi=dict(argstr='--data=%s', mandatory=True, ), environ=dict(nohash=True, usedefault=True, ), f0_ard=dict(argstr='--f0 --ardf0', xor=['f0_noard', 'f0_ard', 'all_ard'], ), f0_noard=dict(argstr='--f0', xor=['f0_noard', 'f0_ard'], ), force_dir=dict(argstr='--forcedir', usedefault=True, ), fudge=dict(argstr='--fudge=%d', ), gradnonlin=dict(argstr='-g', ), ignore_exception=dict(nohash=True, usedefault=True, ), logdir=dict(argstr='--logdir=%s', usedefault=True, ), mask=dict(argstr='--mask=%s', mandatory=True, ), model=dict(argstr='--model=%d', ), n_fibres=dict(argstr='--nfibres=%d', ), n_jumps=dict(argstr='--njumps=%d', ), no_ard=dict(argstr='--noard', xor=('no_ard', 'all_ard'), ), no_spat=dict(argstr='--nospat', xor=('no_spat', 'non_linear', 'cnlinear'), ), non_linear=dict(argstr='--nonlinear', xor=('no_spat', 'non_linear', 'cnlinear'), ), out_dir=dict(argstr='%s', mandatory=True, position=1, usedefault=True, ), output_type=dict(), rician=dict(argstr='--rician', ), sample_every=dict(argstr='--sampleevery=%d', ), seed=dict(argstr='--seed=%d', ), terminal_output=dict(mandatory=True, nohash=True, ), update_proposal_every=dict(argstr='--updateproposalevery=%d', ), use_gpu=dict(), ) inputs = BEDPOSTX5.input_spec() for key, metadata in input_map.items(): for metakey, value in metadata.items(): yield assert_equal, getattr(inputs.traits()[key], metakey), value