def test_TOPUP_inputs():
input_map = dict(
args=dict(argstr="%s"),
config=dict(argstr="--config=%s", usedefault=True),
encoding_direction=dict(),
encoding_file=dict(argstr="--datain=%s"),
environ=dict(nohash=True, usedefault=True),
estmov=dict(argstr="--estmov=%d"),
fwhm=dict(argstr="--fwhm=%f"),
ignore_exception=dict(nohash=True, usedefault=True),
in_file=dict(argstr="--imain=%s", mandatory=True),
interp=dict(argstr="--interp=%s"),
max_iter=dict(argstr="--miter=%d"),
minmet=dict(argstr="--minmet=%d"),
numprec=dict(argstr="--numprec=%s"),
out_base=dict(argstr="--out=%s"),
out_corrected=dict(argstr="--iout=%s"),
out_field=dict(argstr="--fout=%s"),
out_logfile=dict(argstr="--logout=%s"),
output_type=dict(),
readout_times=dict(),
regrid=dict(argstr="--regrid=%d"),
scale=dict(argstr="--scale=%d"),
splineorder=dict(argstr="--splineorder=%d"),
subsamp=dict(argstr="--subsamp=%d"),
terminal_output=dict(mandatory=True, nohash=True),
warp_res=dict(argstr="--warpres=%f"),
)
inputs = TOPUP.input_spec()
for key, metadata in input_map.items():
for metakey, value in metadata.items():
yield assert_equal, getattr(inputs.traits()[key], metakey), value
def test_TOPUP_inputs():
input_map = dict(
args=dict(argstr='%s', ),
config=dict(
argstr='--config=%s',
usedefault=True,
),
encoding_direction=dict(),
encoding_file=dict(argstr='--datain=%s', ),
environ=dict(
nohash=True,
usedefault=True,
),
estmov=dict(argstr='--estmov=%d', ),
fwhm=dict(argstr='--fwhm=%f', ),
ignore_exception=dict(
nohash=True,
usedefault=True,
),
in_file=dict(
argstr='--imain=%s',
mandatory=True,
),
interp=dict(argstr='--interp=%s', ),
max_iter=dict(argstr='--miter=%d', ),
minmet=dict(argstr='--minmet=%d', ),
numprec=dict(argstr='--numprec=%s', ),
out_base=dict(argstr='--out=%s', ),
out_corrected=dict(argstr='--iout=%s', ),
out_field=dict(argstr='--fout=%s', ),
out_logfile=dict(argstr='--logout=%s', ),
output_type=dict(),
readout_times=dict(),
regrid=dict(argstr='--regrid=%d', ),
scale=dict(argstr='--scale=%d', ),
splineorder=dict(argstr='--splineorder=%d', ),
subsamp=dict(argstr='--subsamp=%d', ),
terminal_output=dict(
mandatory=True,
nohash=True,
),
warp_res=dict(argstr='--warpres=%f', ),
)
inputs = TOPUP.input_spec()
for key, metadata in input_map.items():
for metakey, value in metadata.items():
yield assert_equal, getattr(inputs.traits()[key], metakey), value
def test_TOPUP_inputs():
input_map = dict(args=dict(argstr='%s',
),
config=dict(argstr='--config=%s',
usedefault=True,
),
encoding_direction=dict(argstr='--datain=%s',
mandatory=True,
requires=['readout_times'],
xor=['encoding_file'],
),
encoding_file=dict(argstr='--datain=%s',
mandatory=True,
xor=['encoding_direction'],
),
environ=dict(nohash=True,
usedefault=True,
),
estmov=dict(argstr='--estmov=%d',
),
fwhm=dict(argstr='--fwhm=%f',
),
ignore_exception=dict(nohash=True,
usedefault=True,
),
in_file=dict(argstr='--imain=%s',
mandatory=True,
),
interp=dict(argstr='--interp=%s',
),
max_iter=dict(argstr='--miter=%d',
),
minmet=dict(argstr='--minmet=%d',
),
numprec=dict(argstr='--numprec=%s',
),
out_base=dict(argstr='--out=%s',
hash_files=False,
name_source=['in_file'],
name_template='%s_base',
),
out_corrected=dict(argstr='--iout=%s',
hash_files=False,
name_source=['in_file'],
name_template='%s_corrected',
),
out_field=dict(argstr='--fout=%s',
hash_files=False,
name_source=['in_file'],
name_template='%s_field',
),
out_logfile=dict(argstr='--logout=%s',
hash_files=False,
keep_extension=True,
name_source=['in_file'],
name_template='%s_topup.log',
),
output_type=dict(),
readout_times=dict(mandatory=True,
requires=['encoding_direction'],
xor=['encoding_file'],
),
reg_lambda=dict(argstr='--miter=%0.f',
),
regmod=dict(argstr='--regmod=%s',
),
regrid=dict(argstr='--regrid=%d',
),
scale=dict(argstr='--scale=%d',
),
splineorder=dict(argstr='--splineorder=%d',
),
ssqlambda=dict(argstr='--ssqlambda=%d',
),
subsamp=dict(argstr='--subsamp=%d',
),
terminal_output=dict(mandatory=True,
nohash=True,
),
warp_res=dict(argstr='--warpres=%f',
),
)
inputs = TOPUP.input_spec()
for key, metadata in input_map.items():
for metakey, value in metadata.items():
yield assert_equal, getattr(inputs.traits()[key], metakey), value
def test_TOPUP_inputs():
input_map = dict(
args=dict(argstr='%s', ),
config=dict(
argstr='--config=%s',
usedefault=True,
),
encoding_direction=dict(
argstr='--datain=%s',
mandatory=True,
requires=['readout_times'],
xor=['encoding_file'],
),
encoding_file=dict(
argstr='--datain=%s',
mandatory=True,
xor=['encoding_direction'],
),
environ=dict(
nohash=True,
usedefault=True,
),
estmov=dict(argstr='--estmov=%d', ),
fwhm=dict(argstr='--fwhm=%f', ),
ignore_exception=dict(
nohash=True,
usedefault=True,
),
in_file=dict(
argstr='--imain=%s',
mandatory=True,
),
interp=dict(argstr='--interp=%s', ),
max_iter=dict(argstr='--miter=%d', ),
minmet=dict(argstr='--minmet=%d', ),
numprec=dict(argstr='--numprec=%s', ),
out_base=dict(
argstr='--out=%s',
hash_files=False,
name_source=['in_file'],
name_template='%s_base',
),
out_corrected=dict(
argstr='--iout=%s',
hash_files=False,
name_source=['in_file'],
name_template='%s_corrected',
),
out_field=dict(
argstr='--fout=%s',
hash_files=False,
name_source=['in_file'],
name_template='%s_field',
),
out_logfile=dict(
argstr='--logout=%s',
hash_files=False,
keep_extension=True,
name_source=['in_file'],
name_template='%s_topup.log',
),
output_type=dict(),
readout_times=dict(
mandatory=True,
requires=['encoding_direction'],
xor=['encoding_file'],
),
reg_lambda=dict(argstr='--miter=%0.f', ),
regmod=dict(argstr='--regmod=%s', ),
regrid=dict(argstr='--regrid=%d', ),
scale=dict(argstr='--scale=%d', ),
splineorder=dict(argstr='--splineorder=%d', ),
ssqlambda=dict(argstr='--ssqlambda=%d', ),
subsamp=dict(argstr='--subsamp=%d', ),
terminal_output=dict(
mandatory=True,
nohash=True,
),
warp_res=dict(argstr='--warpres=%f', ),
)
inputs = TOPUP.input_spec()
for key, metadata in input_map.items():
for metakey, value in metadata.items():
yield assert_equal, getattr(inputs.traits()[key], metakey), value
