def dump_chk(self, envs):
if self.chk_ci:
civec = envs['fcivec']
else:
civec = None
ncore = self.ncore
nocca = self.ncore[0] + self.ncas
noccb = self.ncore[1] + self.ncas
occa, ucas = self._eig(-envs['casdm1'][0], ncore[0], nocca)
moa = envs['mo'][0].copy()
moa[:,ncore[0]:nocca] = numpy.dot(moa[:,ncore[0]:nocca], ucas)
occb, ucas = self._eig(-envs['casdm1'][1], ncore[1], noccb)
mob = envs['mo'][1].copy()
mob[:,ncore[1]:noccb] = numpy.dot(mob[:,ncore[1]:noccb], ucas)
mo = numpy.array((moa,mob))
mo_occ = numpy.zeros((2,moa.shape[1]))
mo_occ[0,:ncore[0]] = 1
mo_occ[1,:ncore[1]] = 1
mo_occ[0,ncore[0]:nocca] = -occa
mo_occ[1,ncore[1]:noccb] = -occb
mo_energy = 'None'
chkfile.dump_mcscf(self, self.chkfile, 'mcscf', envs['e_tot'],
mo, self.ncore, self.ncas, mo_occ, mo_energy,
envs['e_ci'], civec, overwrite_mol=False)
return self
def dump_chk(self, envs):
chkfile.dump_mcscf(self.mol, self.chkfile, envs['mo'],
mcscf_energy=envs['e_tot'], e_cas=envs['e_ci'],
ci_vector=(envs['fcivec'] if envs['dump_chk_ci'] else None),
iter_macro=(envs['imacro']+1),
iter_micro_tot=(envs['totmicro']),
converged=(envs['conv'] or (envs['imacro']+1 >= envs['macro'])))
def dump_chk(self, envs):
if self.chk_ci:
civec = envs['fcivec']
else:
civec = None
ncore = self.ncore
nocca = self.ncore[0] + self.ncas
noccb = self.ncore[1] + self.ncas
mo_occ = numpy.zeros((2,envs['mo'][0].shape[1]))
mo_occ[0,:ncore[0]] = 1
mo_occ[1,:ncore[1]] = 1
if self.natorb:
occa, ucas = self._eig(-envs['casdm1'][0], ncore[0], nocca)
occb, ucas = self._eig(-envs['casdm1'][1], ncore[1], noccb)
mo_occ[0,ncore[0]:nocca] = -occa
mo_occ[1,ncore[1]:noccb] = -occb
else:
mo_occ[0,ncore[0]:nocca] = envs['casdm1'][0].diagonal()
mo_occ[1,ncore[1]:noccb] = envs['casdm1'][1].diagonal()
mo_energy = 'None'
chkfile.dump_mcscf(self, self.chkfile, 'mcscf', envs['e_tot'],
envs['mo'], self.ncore, self.ncas, mo_occ,
mo_energy, envs['e_ci'], civec, envs['casdm1'],
overwrite_mol=False)
return self
def dump_chk(self, envs):
if hasattr(self.fcisolver, 'nevpt_intermediate'):
civec = None
elif envs['dump_chk_ci']:
civec = envs['fcivec']
else:
civec = None
ncore = self.ncore
nocc = self.ncore + self.ncas
occ, ucas = self._eig(-envs['casdm1'], ncore, nocc)
mo = envs['mo'].copy()
mo[:,ncore:nocc] = numpy.dot(mo[:,ncore:nocc], ucas)
mo_occ = numpy.zeros(mo.shape[1])
mo_occ[:ncore] = 2
mo_occ[ncore:nocc] = -occ
if 'mo_energy' in envs:
mo_energy = envs['mo_energy']
else:
mo_energy = None
chkfile.dump_mcscf(self.mol, self.chkfile, mo,
mcscf_energy=envs['e_tot'], e_cas=envs['e_ci'],
ci_vector=civec,
iter_macro=(envs['imacro']+1),
iter_micro_tot=(envs['totmicro']),
converged=envs['conv'],
mo_occ=mo_occ, mo_energy=mo_energy)
def dump_chk(self, envs):
if self.chk_ci:
civec = envs["fcivec"]
else:
civec = None
ncore = self.ncore
nocca = self.ncore[0] + self.ncas
noccb = self.ncore[1] + self.ncas
occa, ucas = self._eig(-envs["casdm1"][0], ncore[0], nocca)
moa = envs["mo"][0].copy()
moa[:, ncore[0] : nocca] = numpy.dot(moa[:, ncore[0] : nocca], ucas)
occb, ucas = self._eig(-envs["casdm1"][1], ncore[1], noccb)
mob = envs["mo"][1].copy()
mob[:, ncore[1] : noccb] = numpy.dot(mob[:, ncore[1] : noccb], ucas)
mo = numpy.array((moa, mob))
mo_occ = numpy.zeros((2, moa.shape[1]))
mo_occ[0, : ncore[0]] = 1
mo_occ[1, : ncore[1]] = 1
mo_occ[0, ncore[0] : nocca] = -occa
mo_occ[1, ncore[1] : noccb] = -occb
mo_energy = "None"
chkfile.dump_mcscf(
self,
self.chkfile,
"mcscf",
envs["e_tot"],
mo,
self.ncore,
self.ncas,
mo_occ,
mo_energy,
envs["e_ci"],
civec,
)
def dump_chk(self, envs):
if hasattr(self.fcisolver, 'nevpt_intermediate'):
civec = None
elif self.chk_ci:
civec = envs['fcivec']
else:
civec = None
ncore = self.ncore
nocc = self.ncore + self.ncas
mo_occ = numpy.zeros(envs['mo'].shape[1])
mo_occ[:ncore] = 2
if self.natorb:
occ = self._eig(-envs['casdm1'], ncore, nocc)[0]
mo_occ[ncore:nocc] = -occ
else:
mo_occ[ncore:nocc] = envs['casdm1'].diagonal()
# Note: mo_energy in active space =/= F_{ii} (F is general Fock)
if 'mo_energy' in envs:
mo_energy = envs['mo_energy']
else:
mo_energy = 'None'
chkfile.dump_mcscf(self,
self.chkfile,
'mcscf',
envs['e_tot'],
envs['mo'],
self.ncore,
self.ncas,
mo_occ,
mo_energy,
envs['e_ci'],
civec,
envs['casdm1'],
overwrite_mol=False)
return self
def dump_chk(self, envs):
ncore = self.ncore
nocca = self.ncore[0] + self.ncas
noccb = self.ncore[1] + self.ncas
occa, ucas = self._eig(-envs["casdm1"][0], ncore[0], nocca)
moa = envs["mo"][0].copy()
moa[:, ncore[0] : nocca] = numpy.dot(moa[:, ncore[0] : nocca], ucas)
occb, ucas = self._eig(-envs["casdm1"][1], ncore[1], noccb)
mob = envs["mo"][1].copy()
mob[:, ncore[1] : noccb] = numpy.dot(mob[:, ncore[1] : noccb], ucas)
mo = numpy.array((moa, mob))
mo_occ = numpy.zeros((2, moa.shape[1]))
mo_occ[0, : ncore[0]] = 1
mo_occ[1, : ncore[1]] = 1
mo_occ[0, ncore[0] : nocca] = -occa
mo_occ[1, ncore[1] : noccb] = -occb
pyscf.scf.chkfile.dump(self.chkfile, "mcscf/mo_coeff", mo)
pyscf.scf.chkfile.dump(self.chkfile, "mcscf/mo_occ", mo_occ)
chkfile.dump_mcscf(
self.mol,
self.chkfile,
mo,
mcscf_energy=envs["e_tot"],
e_cas=envs["e_ci"],
ci_vector=(envs["fcivec"] if envs["dump_chk_ci"] else None),
iter_macro=(envs["imacro"] + 1),
iter_micro_tot=(envs["totmicro"]),
converged=(envs["conv"] or (envs["imacro"] + 1 >= envs["macro"])),
mo_occ=mo_occ,
)
def dump_chk(self, envs):
if hasattr(self.fcisolver, 'nevpt_intermediate'):
civec = None
elif self.chk_ci:
civec = envs['fcivec']
else:
civec = None
ncore = self.ncore
nocc = self.ncore + self.ncas
mo_occ = numpy.zeros(envs['mo'].shape[1])
mo_occ[:ncore] = 2
if self.natorb:
occ = self._eig(-envs['casdm1'], ncore, nocc)[0]
mo_occ[ncore:nocc] = -occ
else:
mo_occ[ncore:nocc] = envs['casdm1'].diagonal()
# Note: mo_energy in active space =/= F_{ii} (F is general Fock)
if 'mo_energy' in envs:
mo_energy = envs['mo_energy']
else:
mo_energy = 'None'
chkfile.dump_mcscf(self, self.chkfile, 'mcscf', envs['e_tot'],
envs['mo'], self.ncore, self.ncas, mo_occ,
mo_energy, envs['e_ci'], civec, envs['casdm1'],
overwrite_mol=False)
return self
def dump_chk(self, envs):
if self.chk_ci:
civec = envs['fcivec']
else:
civec = None
ncore = self.ncore
nocca = self.ncore[0] + self.ncas
noccb = self.ncore[1] + self.ncas
mo_occ = numpy.zeros((2, envs['mo'][0].shape[1]))
mo_occ[0, :ncore[0]] = 1
mo_occ[1, :ncore[1]] = 1
if self.natorb:
occa, ucas = self._eig(-envs['casdm1'][0], ncore[0], nocca)
occb, ucas = self._eig(-envs['casdm1'][1], ncore[1], noccb)
mo_occ[0, ncore[0]:nocca] = -occa
mo_occ[1, ncore[1]:noccb] = -occb
else:
mo_occ[0, ncore[0]:nocca] = envs['casdm1'][0].diagonal()
mo_occ[1, ncore[1]:noccb] = envs['casdm1'][1].diagonal()
mo_energy = 'None'
chkfile.dump_mcscf(self,
self.chkfile,
'mcscf',
envs['e_tot'],
envs['mo'],
self.ncore,
self.ncas,
mo_occ,
mo_energy,
envs['e_ci'],
civec,
envs['casdm1'],
overwrite_mol=False)
return self
def dump_chk(self, envs):
if hasattr(self.fcisolver, 'nevpt_intermediate'):
civec = None
elif self.chk_ci:
civec = envs['fcivec']
else:
civec = None
ncore = self.ncore
nocc = self.ncore + self.ncas
occ, ucas = self._eig(-envs['casdm1'], ncore, nocc)
mo = envs['mo'].copy()
mo[:,ncore:nocc] = numpy.dot(mo[:,ncore:nocc], ucas)
mo_occ = numpy.zeros(mo.shape[1])
mo_occ[:ncore] = 2
mo_occ[ncore:nocc] = -occ
if 'mo_energy' in envs:
mo_energy = envs['mo_energy']
else:
mo_energy = None
chkfile.dump_mcscf(self.mol, self.chkfile, envs['e_tot'],
mo, self.ncore, self.ncas, mo_occ, mo_energy,
envs['e_ci'], civec)
def dump_chk(self, envs):
if hasattr(self.fcisolver, 'nevpt_intermediate'):
civec = None
elif self.chk_ci:
civec = envs['fcivec']
else:
civec = None
ncore = self.ncore
nocc = self.ncore + self.ncas
occ, ucas = self._eig(-envs['casdm1'], ncore, nocc)
mo = envs['mo'].copy()
mo[:,ncore:nocc] = numpy.dot(mo[:,ncore:nocc], ucas)
mo_occ = numpy.zeros(mo.shape[1])
mo_occ[:ncore] = 2
mo_occ[ncore:nocc] = -occ
# Note: mo_energy in active space =/= F_{ii} (F is general Fock)
if 'mo_energy' in envs:
mo_energy = envs['mo_energy']
else:
mo_energy = 'None'
chkfile.dump_mcscf(self, self.chkfile, 'mcscf', envs['e_tot'],
mo, self.ncore, self.ncas, mo_occ, mo_energy,
envs['e_ci'], civec)
return self