Python get_test_files Exemples

Exemple #1

Fichier : test_compute.py Projet : faircloth-lab/tapir

 def setUp(self):
     self.threshold = 3
     self.loc = get_test_files()
     self.expected_informative_sites = numpy.load(os.path.join(self.loc,'chr1_918-test-cutoff-values.npy'))

Exemple #2

Fichier : test_compute.py Projet : faircloth-lab/tapir

 def setUp(self):
     self.loc = get_test_files()
     self.expected_tree = \
         dendropy.Tree.get_from_string('(danRer6:1.74,(oryLat2:1,(gasAcu1:0.93,(fr2:0.37,tetNig2:0.37):0.56):0.07):0.74);', schema='newick')

Exemple #3

Fichier : test_compute.py Projet : faircloth-lab/tapir

 def setUp(self):
     self.loc = get_test_files()
     self.expected = numpy.load(os.path.join(self.loc,'test-parsed-rates.npy'))

Exemple #4

Fichier : test_compute.py Projet : faircloth-lab/tapir

 def setUp(self):
     self.loc = get_test_files()
     self.rates = parse_site_rates(os.path.join(self.loc,'test-uniform-draw-weights.rates.json'), test = True)
     self.time = get_time(0, 174)

Exemple #5

Fichier : test_base.py Projet : faircloth-lab/rhino

 def setUp(self):
     self.loc = get_test_files()