def GetCPSA(self):
"""
#################################################################
Calculate all CPSA descriptors (30).
Usage:
res=GetCPSA()
res is a dict form.
#################################################################
"""
GetARCFile(self.mol)
res = cpsa.GetCPSA()
return res
def GetWHIM(self):
"""
#################################################################
Calculate all WHIM descriptors (70).
Usage:
res=GetWHIM()
res is a dict form.
#################################################################
"""
GetARCFile(self.mol)
res = whim.GetWHIM()
return res
def GetRDF(self):
"""
#################################################################
Calculate all 3-D RDF descriptors (180).
Usage:
res=GetRDF()
res is a dict form.
#################################################################
"""
GetARCFile(self.mol)
res = rdf.GetRDF(self.mol)
return res
def GetMoRSE(self):
"""
#################################################################
Calculate all 3-D MoRSE descriptors (210).
Usage:
res=GetMoRSE()
res is a dict form.
#################################################################
"""
GetARCFile(self.mol)
res = morse.GetMoRSE(self.mol)
return res
def GetGeometric(self):
"""
#################################################################
Calculate all geometric descriptors (12).
Usage:
res=GetGeometric()
res is a dict form.
#################################################################
"""
GetARCFile(self.mol)
res = geometric.GetGeometric(self.mol)
return res
def GetAllDescriptor(self):
"""
#################################################################
Calculate all descriptors (502).
Usage:
res=GetAllDescriptor()
res is a dict form.
#################################################################
"""
res = {}
GetARCFile(self.mol)
res.update(cpsa.GetCPSA())
res.update(rdf.GetRDF(self.mol))
res.update(whim.GetWHIM())
res.update(morse.GetMoRSE(self.mol))
res.update(geometric.GetGeometric(self.mol))
return res
res['RASA'] = round(CalculateRASA(ChargeSA), 3)
res['RPSA'] = round(CalculateRPSA(ChargeSA), 3)
res['RNCS'] = round(CalculateRNCS(ChargeSA), 3)
res['RPCS'] = round(CalculateRPCS(ChargeSA), 3)
res['FrTATP'] = round(CalculateFractionTATP(ChargeSA), 3)
return res
def _GetHTMLDoc():
"""
#################################################################
Write HTML documentation for this module.
#################################################################
"""
import pydoc
pydoc.writedoc('cpsa')
#############################################################################
if __name__ == "__main__":
from GeoOpt import GetARCFile
mol = 'C1C=CCS1'
inputmol = pybel.readstring('smi', mol)
GetARCFile(inputmol)
result = GetCPSA()
print result
print len(result)