memMb=memMb,
retryMax=3,
retryWait=2,
retryWindow=0,
retryMode="all")
if __name__ == "__main__":
parser = argparse.ArgumentParser(usage=extend_pyflow_docstring(__doc__))
parser.add_argument('-i', '--input_config', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-c', '--sys_config', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-s', '--struct_dir', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-theta', '--theta', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-n', '--nstruct', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-o', '--output_dir', type=str, required=True)
# parser.add_argument('--flag', default=False, action="store_true")
add_pyflow_args(parser)
args = parser.parse_args()
# report_wf = ReportFlow(
# args.sys_config,
# args.struct_dir,
# args.theta,
# args.nstruct,
# args.output_dir
# )
compute_violation_wf = ComputeViolationFlow(args.input_config)
sys.exit(compute_violation_wf.run(**default_pyflow_args(args)))
# memMb = self.input_config['system']['max_memMB']
# python_path = Popen("which python", shell=True, stdout=PIPE).stdout.read().rstrip('\n')
# args = [
# python_path,
# source,
# '--matrixfile', matrixFile,
# '--domainfile', domainFile,
# '--output_dir', output_dir,
# '--genome', genome,
# '--resolution % i' % resolution
# ]
# task_label = "buildTADMap_flow"
# self.addTask(label=task_label, command=' '.join(args), nCores=nCores, memMb=memMb, retryMax=3, retryWait=2, retryWindow=0, retryMode="all")
if __name__ == "__main__":
parser = argparse.ArgumentParser(usage=extend_pyflow_docstring(__doc__))
parser.add_argument('-i', '--input_config', type=str, required=True)
#parser.add_argument('-m', '--matrixFile', type=str, required=True)
#parser.add_argument('-d', '--domainFile', type=str, required=True)
#parser.add_argument('-o', '--outputFile', type=str, required=True)
#parser.add_argument('--flag', default=False, action="store_true")
add_pyflow_args(parser)
args = parser.parse_args()
buildTADMapFlow_wf = BuildTADMapFlow(input_config=args.input_config)
sys.exit(buildTADMapFlow_wf.run(**default_pyflow_args(args)))
retryMode='all')
#self.addTask(label=task, command=' '.join(args), nCores=1, memMb=1500, retryMax=3, retryWait=2, retryWindow=0, retryMode='all')
time.sleep(0.2)
if __name__ == "__main__":
parser = argparse.ArgumentParser(usage=extend_pyflow_docstring(__doc__))
parser.add_argument('-i', '--input_config', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-c', '--sys_config', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-i', '--input', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-o', '--output_dir', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-n', '--nstruct', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-f', '--theta', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-l', '--last_theta', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-a', '--actDist', type=str, required=False)
# parser.add_argument('--flag', default=False, action="store_true")
add_pyflow_args(parser)
args = parser.parse_args()
# mstep_wf = MStepFlow(
# args.sys_config,
# args.input,
# args.output_dir,
# args.nstruct,
# args.theta,
# args.last_theta,
# args.actDist
# )
mstep_wf = MStepFlow(args.input_config)
sys.exit(mstep_wf.run(**default_pyflow_args(args)))
report_task_config = modeling_task_config
report_wf = ReportFlow(report_task_config)
report_task = "report_task"
self.addWorkflowTask(report_task,
report_wf,
dependencies=modeling_structure_task)
#if self.flag:
# args.append('--flag')
#self.addTask('task_id', ' '.join(args))
if __name__ == "__main__":
parser = argparse.ArgumentParser(usage=extend_pyflow_docstring(__doc__))
parser.add_argument('-i', '--input_config', type=str, required=True)
#parser.add_argument('-c', '--sys_config', type=str, required=True)
#parser.add_argument('-m', '--contactMap', type=str, required=True)
#parser.add_argument('-d', '--domainFile', type=str, required=True)
#parser.add_argument('-o', '--output_dir', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-s', '--system_config', default=True, action="store_true")
add_pyflow_args(parser)
args = parser.parse_args()
GeneratePopulationOfGenomeStructure_wf = GeneratePopulationOfGenomeStructure(
args.input_config)
sys.exit(
GeneratePopulationOfGenomeStructure_wf.run(
**default_pyflow_args(args)))
'--genome', genome,
('--resolution %i' % resolution),
'--probMat', probMat]
task_label = "report_flow"
self.addTask(label=task_label, command=' '.join(args), nCores=nCores, memMb=memMb, retryMax=3, retryWait=2, retryWindow=0, retryMode="all")
if __name__ == "__main__":
parser = argparse.ArgumentParser(usage=extend_pyflow_docstring(__doc__))
parser.add_argument('-i', '--input_config', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-c', '--sys_config', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-s', '--struct_dir', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-p', '--prob', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-n', '--nstruct', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-o', '--output_dir', type=str, required=True)
# parser.add_argument('--flag', default=False, action="store_true")
add_pyflow_args(parser)
args = parser.parse_args()
# report_wf = ReportFlow(
# args.sys_config,
# args.struct_dir,
# args.prob,
# args.nstruct,
# args.output_dir
# )
report_wf = ReportFlow(args.input_config)
sys.exit(report_wf.run(**default_pyflow_args(args)))
newTheta = "%s%s" % (theta, string.ascii_lowercase[iter_count])
iter_count = iter_count + 1
else:
print "Process Stopped "
break
if __name__ == "__main__":
parser = argparse.ArgumentParser(usage=extend_pyflow_docstring(__doc__))
parser.add_argument('-i', '--input_config', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-i', '--input', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-o', '--output_dir', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-f', '--theta_list', type=str, required=True)
# parser.add_argument('-n', '--nstruct', type=str, required=True)
# parser.add_argument('--flag', default=False, action="store_true")
add_pyflow_args(parser)
args = parser.parse_args()
modeling_structure_wf = ModelingStructureFlow(args.input_config)
# modeling_structure_wf = ModelingStructureFlow(
# args.sys_config,
# args.input,
# args.output_dir,
# args.theta_list,
# args.nstruct
# )
sys.exit(modeling_structure_wf.run(**default_pyflow_args(args)))