def test_best_exons_by_p_value(self):
expected_output = \
"""Gene Symbol 1_1 1_2 2_1 2_2 3_1 3_2 Mean(Cntl) Mean(siETV4) Ratio(siETV4 vs. Cntl) Fold-Change(siETV4 vs. Cntl) log2FoldChange p-value q-value Less than 4 exons
A1BG 6.93789333333 7.01143 6.88032666667 6.86134333333 6.9543 6.82708666667 6.92417333333 6.89995333333 0.985846333333 -0.350463333333 -0.02422 0.4211846 0.6866338
A1BG-AS1 6.68543666667 6.36481 6.60468333333 6.50084333333 6.54916 6.57107333333 6.61309333333 6.47891333333 0.912662666667 -1.09929666667 -0.134184444667 0.36233172 0.592774133333 *
"""
fp_out = io.StringIO()
best_exons(self.fp_in, fp_out, rank_by='p_value')
output = fp_out.getvalue()
for obs, exp in zip(output.split(), expected_output.split()):
##print("%s, %s" % (obs,exp))
self.assertEqual(obs, exp)
def test_best_exons_by_p_value(self):
expected_output = \
"""Gene Symbol 1_1 1_2 2_1 2_2 3_1 3_2 Mean(Cntl) Mean(siETV4) Ratio(siETV4 vs. Cntl) Fold-Change(siETV4 vs. Cntl) log2FoldChange p-value q-value Less than 4 exons
A1BG 6.93789333333 7.01143 6.88032666667 6.86134333333 6.9543 6.82708666667 6.92417333333 6.89995333333 0.985846333333 -0.350463333333 -0.02422 0.4211846 0.6866338
A1BG-AS1 6.68543666667 6.36481 6.60468333333 6.50084333333 6.54916 6.57107333333 6.61309333333 6.47891333333 0.912662666667 -1.09929666667 -0.134184444667 0.36233172 0.592774133333 *
"""
fp_out = cStringIO.StringIO()
best_exons(self.fp_in,fp_out,rank_by='p_value')
output = fp_out.getvalue()
for obs,exp in zip(output.split(),expected_output.split()):
##print "%s, %s" % (obs,exp)
self.assertEqual(obs,exp)
def test_best_exons_by_log2_fold_change(self):
expected_output = \
"""Gene Symbol 1_1 1_2 2_1 2_2 3_1 3_2 Mean(Cntl) Mean(siETV4) Ratio(siETV4 vs. Cntl) Fold-Change(siETV4 vs. Cntl) log2FoldChange p-value q-value Less than 4 exons
A1BG 6.53146666667 6.58490666667 6.46829 6.62764 6.43243 6.47405666667 6.47739666667 6.56220333333 1.06071 1.06071 0.0848055556667 0.579117833333 0.736739066667
A1BG-AS1 6.68543666667 6.36481 6.60468333333 6.50084333333 6.54916 6.57107333333 6.61309333333 6.47891333333 0.912662666667 -1.09929666667 -0.134184444667 0.36233172 0.592774133333 *
"""
fp_out = io.StringIO()
best_exons(self.fp_in, fp_out, rank_by='log2_fold_change')
output = fp_out.getvalue()
for obs, exp in zip(output.split(), expected_output.split()):
##print("%s, %s" % (obs,exp))
self.assertEqual(obs, exp)
def test_best_exons_by_log2_fold_change(self):
expected_output = \
"""Gene Symbol 1_1 1_2 2_1 2_2 3_1 3_2 Mean(Cntl) Mean(siETV4) Ratio(siETV4 vs. Cntl) Fold-Change(siETV4 vs. Cntl) log2FoldChange p-value q-value Less than 4 exons
A1BG 6.53146666667 6.58490666667 6.46829 6.62764 6.43243 6.47405666667 6.47739666667 6.56220333333 1.06071 1.06071 0.0848055556667 0.579117833333 0.736739066667
A1BG-AS1 6.68543666667 6.36481 6.60468333333 6.50084333333 6.54916 6.57107333333 6.61309333333 6.47891333333 0.912662666667 -1.09929666667 -0.134184444667 0.36233172 0.592774133333 *
"""
fp_out = cStringIO.StringIO()
best_exons(self.fp_in,fp_out,rank_by='log2_fold_change')
output = fp_out.getvalue()
for obs,exp in zip(output.split(),expected_output.split()):
##print "%s, %s" % (obs,exp)
self.assertEqual(obs,exp)