Esempio n. 1
0
def test_dna_vec_resize():
    d1 = DNAVec(['ATC', 'GCA'])
    assert list(d1.resize(2)) == [DNAStr('AT'), DNAStr('GC')]
    assert list(d1.resize(3)) == [DNAStr('ATC'), DNAStr('GCA')]
    assert list(d1.resize(4)) == [None, None]
    assert list(DNAVec(['ATC', 'GCACC']).resize(4)) == [None, DNAStr('GCAC')]
Esempio n. 2
0
def test_dna_string():
    dna = DNAStr('ATGC')
    assert len(dna) == 4
Esempio n. 3
0
def test_dna_vec():
    d0 = DNAVec()
    assert list(d0) == []
    d1 = DNAVec(['ATC', 'GCA'])
    assert list(d1) == [DNAStr('ATC'), DNAStr('GCA')]
Esempio n. 4
0
def test_complement():
    x = DNAStr('AGTC')
    assert x.complement() == DNAStr('TCAG')
Esempio n. 5
0
def test_binarization():
    DNAStr.tobit('A') == 0b1
Esempio n. 6
0
def test_dna_string_repr():
    assert DNAStr('ATGC').__repr__() == 'ATGC'
Esempio n. 7
0
def test_dna_string_compare():
    assert DNAStr('ATGC') == DNAStr('ATGC')