Esempi in Python per read

Esempio n. 1

 def test_parse3(self):
     with data_stream("pfam_example.txt") as f:
         seqs = stockholm_io.read(f)
     self.assertEqual(len(seqs), 24)
     self.assertEqual(seqs[5].name, "ENV_HV2BE/24-510")
     self.assertEqual(len(seqs[1]), 606)
     self.assertEqual(str(seqs[0][-6:]), 'TSRNKR')

Esempio n. 2

File: test_stockholm_io.py Progetto: go-bears/Final-Project

 def test_parse3(self) :
     with testdata_stream("pfam_example.txt") as f:
         seqs = stockholm_io.read(f)
     self.assertEqual(len(seqs), 24)
     self.assertEqual(seqs[5].name, "ENV_HV2BE/24-510")
     self.assertEqual(len(seqs[1]), 606)
     self.assertEqual( str(seqs[0][-6:]) , 'TSRNKR')

Esempio n. 3

 def test_parse2(self):
     f = StringIO(stockholm_io.example)
     seqs = stockholm_io.read(f)
     self.assertEqual(len(seqs), 5)
     self.assertEqual(seqs[1].name, "O83071/259-312")
     self.assertEqual(len(seqs[1]), 43)

Esempio n. 4

 def test_parse1(self):
     with data_stream("pfam.txt") as f:
         seqs = stockholm_io.read(f)
     # self.assertEqual(len(seqs), 7)
     self.assertEqual(seqs[1].name, "O61132/1-232")
     self.assertEqual(len(seqs[1]), 265)

Esempio n. 5

File: test_stockholm_io.py Progetto: go-bears/Final-Project

 def test_parse2(self) :
     f= StringIO(stockholm_io.example)
     seqs = stockholm_io.read(f)
     self.assertEqual(len(seqs), 5)
     self.assertEqual(seqs[1].name, "O83071/259-312")
     self.assertEqual(len(seqs[1]), 43)

Esempio n. 6

File: test_stockholm_io.py Progetto: go-bears/Final-Project

 def test_parse1(self) :
     with testdata_stream("pfam.txt") as f:
         seqs = stockholm_io.read(f)
     #self.assertEqual(len(seqs), 7)
     self.assertEqual(seqs[1].name, "O61132/1-232")
     self.assertEqual(len(seqs[1]), 265)