# standard libraries imports
import os
# fullrmc library imports
from fullrmc.Engine import Engine
# dirname
DIR_PATH = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
engineFilePath = os.path.join(DIR_PATH, "thf_engine.rmc")
# load
ENGINE = Engine(path=None)
result, mes = ENGINE.is_engine(engineFilePath, mes=True)
if result:
ENGINE = ENGINE.load(engineFilePath)
ENGINE.visualize(boxToCenter=True)
else:
print mes
ENGINE.run(numberOfSteps=nsteps,
saveFrequency=nsteps * 2,
xyzFrequency=1,
xyzPath=xyzPath,
restartPdb=None)
##########################################################################################
##################################### RUN SIMULATION ###################################
xyzPath = "trajectory.xyz"
if os.path.isfile(xyzPath): os.remove(xyzPath)
run_normal(2000, xyzPath)
run_distort_1(2000, xyzPath)
run_distort_2(2000, xyzPath)
run_normal(2000, xyzPath)
##########################################################################################
################################## VISUALIZE SIMULATION ################################
ENGINE.set_pdb(pdbPath)
ENGINE.visualize(commands=["trajectory.xyz"],
boxWidth=0,
bgColor="white",
representationParams='CPK 1.0 0.2 50 50',
otherParams=[
"label add Atoms 0/1", "label add Atoms 0/2",
"label add Bonds 0/0 0/1", "label add Bonds 0/0 0/2",
"label textsize 1.5", "label textthickness 2",
"color Labels Atoms black", "color Labels Bonds black",
"scale set 0.75"
])
xyzPath = "random.xyz"
print "Random rotation"
if os.path.isfile(xyzPath): os.remove(xyzPath)
[
g.set_move_generator(RotationGenerator(amplitude=10))
for g in ENGINE.groups
]
ENGINE.run(numberOfSteps=nsteps,
saveFrequency=2 * nsteps,
xyzFrequency=xyzFrequency,
xyzPath=xyzPath,
restartPdb=None)
##########################################################################################
##################################### RUN SIMULATION ###################################
about_axis_0()
about_axis_1()
about_axis_2()
about_111_axis()
random()
##########################################################################################
################################## VISUALIZE SIMULATION ################################
ENGINE.set_pdb(pdbPath)
ENGINE.visualize(commands=[
"about0.xyz", "about1.xyz", "about2.xyz", "about111.xyz", "random.xyz"
],
boxWidth=0,
representationParams='CPK 1.0 0.2 50 50')
# run engine
xyzPath="both.xyz"
if os.path.isfile(xyzPath): os.remove(xyzPath)
nsteps = 250*len(ENGINE.groups)
xyzFrequency = len(ENGINE.groups)
# run engine
ENGINE.run(numberOfSteps=nsteps, saveFrequency=2*nsteps, xyzFrequency=xyzFrequency, xyzPath=xyzPath, restartPdb=None)
##########################################################################################
##################################### RUN SIMULATION ###################################
agitate_bonds()
agitate_angles()
agitate_both()
##########################################################################################
################################# VISUALIZE SIMULATION #################################
ENGINE.set_pdb(pdbPath)
ENGINE.visualize( commands = ["bonds.xyz", "angles.xyz", "both.xyz"],
boxToCenter=True, boxWidth=1,
representationParams='CPK 1.0 0.2 50 50')
angle=90)
r = RotationGenerator(amplitude=10)
mg = MoveGeneratorCollector(collection=[t, r],
randomize=True,
weights=[(0, 1), (1, 5)])
g.set_move_generator(mg)
# set runtime parameters
nsteps = 1000
xyzFrequency = 1
# run engine
xyzPath = "trajectory.xyz"
if os.path.isfile(xyzPath): os.remove(xyzPath)
ENGINE.run(numberOfSteps=nsteps,
saveFrequency=2 * nsteps,
xyzFrequency=xyzFrequency,
xyzPath=xyzPath,
restartPdb=None)
##########################################################################################
##################################### RUN SIMULATION ###################################
move_towards()
##########################################################################################
################################## VISUALIZE SIMULATION ################################
ENGINE.set_pdb(pdbPath)
ENGINE.visualize(commands=["trajectory.xyz"],
boxWidth=0,
bgColor='white',
representationParams='CPK 1.0 0.2 50 50')
DA_CONSTRAINT.create_angles_by_definition( anglesDefinition={"BUT": [ ('C1','C2','C3','C4', 10,30, 10,30, 10,30) ] })
ENGINE.run(numberOfSteps=nsteps, saveFrequency=nsteps*2, xyzFrequency=xyzFreq, xyzPath=xyzPath, restartPdb=None)
def run_third_shell(nsteps, xyzPath, xyzFreq=100):
DA_CONSTRAINT.create_angles_by_definition( anglesDefinition={"BUT": [ ('C1','C2','C3','C4', 90,100, 90,100, 90,100) ] })
ENGINE.run(numberOfSteps=nsteps, saveFrequency=nsteps*2, xyzFrequency=xyzFreq, xyzPath=xyzPath, restartPdb=None)
##########################################################################################
##################################### RUN SIMULATION ###################################
xyzPath ="trajectory.xyz"
if os.path.isfile(xyzPath): os.remove(xyzPath)
run_first_shell(100000, xyzPath)
run_second_shell(100000, xyzPath)
run_third_shell(100000, xyzPath)
##########################################################################################
################################## VISUALIZE SIMULATION ################################
ENGINE.set_pdb(pdbPath)
# VMD dihedral angle calculation is between -180 and 180 and direction is arbitrary.
# Therefore dihedral angle label can be anything as angle, -angle, 360+angle and
# 360-angle
ENGINE.visualize(commands = ["trajectory.xyz"],
boxWidth=0, bgColor="white",
representationParams='CPK 1.0 0.2 50 50',
otherParams = ["axes location off",
"label add Dihedrals 0/0 0/1 0/2 0/3",
"label textsize 1.5",
"label textthickness 2",
"color Labels Dihedrals black"] )
)
otherParams.append("draw color green")
otherParams.append(
"graphics top cylinder {10 10 9.95} {10 10 10.05} radius 3.0 resolution 100 filled no"
)
otherParams.append("label add Bonds 0/0 0/1")
otherParams.append("label add Bonds 0/0 0/2")
otherParams.append("label add Bonds 0/0 0/3")
otherParams.append("label add Bonds 0/0 0/4")
otherParams.append("label textsize 1.25")
otherParams.append("label textthickness 2")
otherParams.append("color Labels Bonds black")
otherParams.append("axes location off")
otherParams.append("light 0 on")
otherParams.append("light 0 pos {20 20 0}")
otherParams.append("light 1 on")
otherParams.append("light 0 pos {-20 -20 0}")
otherParams.append("light 2 on")
otherParams.append("light 0 pos {-20 20 0}")
otherParams.append("light 3 on")
otherParams.append("light 0 pos {20 -20 0}")
otherParams.append("scale set 0.3")
otherParams.append("display resize 800 800")
ENGINE.set_pdb(pdbPath)
ENGINE.visualize(commands=["trajectory.xyz"],
boxWidth=0,
bgColor="white",
representationParams='VDW 0.1 100',
otherParams=otherParams)