def setUp(self):
self.g = Goldilocks(NucleotideCounterStrategy(
["A", "C", "G", "T", "N"]),
sequence_data,
length=3,
stride=1)
self.TOTAL_REGIONS = 29
def setUpClass(cls):
cls.sequence_data = {
"my_sample": {
2: "NANANANANA",
"X": "GATTACAGATTACAN",
"one": "CATCANCAT",
"three": "..A",
},
"my_other_sample": {
2: "GANGANGAN",
"X": "GATTACAGATTACAN",
"one": "TATANTATA",
"three": ".N.",
}
}
cls.g = Goldilocks(NucleotideCounterStrategy(["A", "C", "G", "T",
"N"]),
cls.sequence_data,
length=3,
stride=1)
cls.GROUPS = ["my_sample", "my_other_sample", "total"]
cls.TRACKS = ["A", "C", "G", "T", "N", "default"]
cls.EXPECTED_REGIONS = {
2: {
"my_sample": {
0: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 2,
"default": 3
},
1: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 3
},
2: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 2,
"default": 3
},
3: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 3
},
4: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 2,
"default": 3
},
5: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 3
},
6: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 2,
"default": 3
},
7: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 3
},
},
"my_other_sample": {
0: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 1,
"default": 3
},
1: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 1,
"default": 3
},
2: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 1,
"default": 3
},
3: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 1,
"default": 3
},
4: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 1,
"default": 3
},
5: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 1,
"default": 3
},
6: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 1,
"default": 3
},
7: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 2
},
},
"total": {
0: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 3,
"default": 6
},
1: {
'A': 3,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 2,
"default": 6
},
2: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 3,
"default": 6
},
3: {
'A': 3,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 2,
"default": 6
},
4: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 3,
"default": 6
},
5: {
'A': 3,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 2,
"default": 6
},
6: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 3,
"default": 6
},
7: {
'A': 3,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 2,
"default": 5
},
},
},
"X": {
"my_sample": {
0: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 1,
'G': 1,
'N': 0,
"default": 3
},
1: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
2: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
3: {
'A': 1,
'C': 1,
'T': 1,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
4: {
'A': 2,
'C': 1,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
5: {
'A': 1,
'C': 1,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 0,
"default": 3
},
6: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 0,
"default": 3
},
7: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 1,
'G': 1,
'N': 0,
"default": 3
},
8: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
9: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
10: {
'A': 1,
'C': 1,
'T': 1,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
11: {
'A': 2,
'C': 1,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
12: {
'A': 1,
'C': 1,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 3
},
},
"my_other_sample": {
0: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 1,
'G': 1,
'N': 0,
"default": 3
},
1: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
2: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
3: {
'A': 1,
'C': 1,
'T': 1,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
4: {
'A': 2,
'C': 1,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
5: {
'A': 1,
'C': 1,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 0,
"default": 3
},
6: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 1,
'N': 0,
"default": 3
},
7: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 1,
'G': 1,
'N': 0,
"default": 3
},
8: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
9: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
10: {
'A': 1,
'C': 1,
'T': 1,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
11: {
'A': 2,
'C': 1,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
12: {
'A': 1,
'C': 1,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 3
},
},
"total": {
0: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 2,
'G': 2,
'N': 0,
"default": 6
},
1: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 4,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 6
},
2: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 4,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 6
},
3: {
'A': 2,
'C': 2,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 6
},
4: {
'A': 4,
'C': 2,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 6
},
5: {
'A': 2,
'C': 2,
'T': 0,
'G': 2,
'N': 0,
"default": 6
},
6: {
'A': 4,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 2,
'N': 0,
"default": 6
},
7: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 2,
'G': 2,
'N': 0,
"default": 6
},
8: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 4,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 6
},
9: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 4,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 6
},
10: {
'A': 2,
'C': 2,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 6
},
11: {
'A': 4,
'C': 2,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 6
},
12: {
'A': 2,
'C': 2,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 2,
"default": 6
},
},
},
"one": {
"my_sample": {
0: {
'A': 1,
'C': 1,
'T': 1,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
1: {
'A': 1,
'C': 1,
'T': 1,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
2: {
'A': 1,
'C': 1,
'T': 1,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
3: {
'A': 1,
'C': 1,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 3
},
4: {
'A': 1,
'C': 1,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 3
},
5: {
'A': 1,
'C': 1,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 3
},
6: {
'A': 1,
'C': 1,
'T': 1,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
},
"my_other_sample": {
0: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
1: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 1,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
2: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 1,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 3
},
3: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 1,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 3
},
4: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 1,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 3
},
5: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
6: {
'A': 2,
'C': 0,
'T': 1,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 3
},
},
"total": {
0: {
'A': 2,
'C': 1,
'T': 3,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 6
},
1: {
'A': 3,
'C': 1,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 6
},
2: {
'A': 2,
'C': 1,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 6
},
3: {
'A': 2,
'C': 1,
'T': 1,
'G': 0,
'N': 2,
"default": 6
},
4: {
'A': 2,
'C': 1,
'T': 1,
'G': 0,
'N': 2,
"default": 6
},
5: {
'A': 2,
'C': 1,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 6
},
6: {
'A': 3,
'C': 1,
'T': 2,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 6
},
},
},
"three": {
"my_sample": {
0: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 0,
"default": 1
},
},
"my_other_sample": {
0: {
'A': 0,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 1
},
},
"total": {
0: {
'A': 1,
'C': 0,
'T': 0,
'G': 0,
'N': 1,
"default": 2
},
}
}
}
# 29 regions * 5 bases * (2+1) samples (two samples + total)
cls.EXPECTED_NUM_REGION = 29
cls.EXPECTED_REGION_COUNT = cls.EXPECTED_NUM_REGION * 5 * 3
# Each region gets an additional counter
cls.EXPECTED_COUNTERS_COUNT = cls.EXPECTED_REGION_COUNT + cls.EXPECTED_NUM_REGION * 3
def setUpClass(cls):
cls.sequence_data = {
"my_sample": {
1: "GCGCGCGC..GCGCGC....GCGC......GC",
},
"my_other_sample": {
1: "GC......GCGC....GCGCGC..GCGCGCGC",
}
}
cls.g = Goldilocks(GCRatioStrategy(),
cls.sequence_data,
length=8,
stride=8)
cls.GROUPS = ["my_sample", "my_other_sample", "total"]
cls.TRACKS = ["default"]
cls.EXPECTED_REGIONS = {
1: {
"my_sample": {
0: {
"default": 1.0
},
1: {
"default": 0.75
},
2: {
"default": 0.5
},
3: {
"default": 0.25
},
},
"my_other_sample": {
0: {
"default": 0.25
},
1: {
"default": 0.5
},
2: {
"default": 0.75
},
3: {
"default": 1.0
},
},
"total": {
0: {
"default": 0.625
},
1: {
"default": 0.625
},
2: {
"default": 0.625
},
3: {
"default": 0.625
},
},
},
}
cls.EXPECTED_NUM_REGION = 4
cls.EXPECTED_REGION_COUNT = cls.EXPECTED_NUM_REGION * 3
# Each region gets an additional default counter
cls.EXPECTED_COUNTERS_COUNT = cls.EXPECTED_REGION_COUNT
def setUpClass(cls):
cls.sequence_data = {
"my_sample": {
1: "..N..N..N",
2: "A.A.AA..A",
3: "NNN.NN...",
},
"my_other_sample": {
1: "N..NN.NNN",
2: "A..AA....",
3: "AAA.AA...",
}
}
cls.g = Goldilocks(NucleotideCounterStrategy(["A", "N"]),
cls.sequence_data,
length=3,
stride=3)
cls.GROUPS = ["my_sample", "my_other_sample", "total"]
cls.TRACKS = ["A", "N", "default"]
cls.EXPECTED_REGIONS = {
1: {
"my_sample": {
0: {
'A': 0,
'N': 1,
"default": 1
},
1: {
'A': 0,
'N': 1,
"default": 1
},
2: {
'A': 0,
'N': 1,
"default": 1
},
},
"my_other_sample": {
0: {
'A': 0,
'N': 1,
"default": 1
},
1: {
'A': 0,
'N': 2,
"default": 2
},
2: {
'A': 0,
'N': 3,
"default": 3
},
},
"total": {
0: {
'A': 0,
'N': 2,
"default": 2
},
1: {
'A': 0,
'N': 3,
"default": 3
},
2: {
'A': 0,
'N': 4,
"default": 4
},
},
},
2: {
"my_sample": {
0: {
'A': 2,
'N': 0,
"default": 2
},
1: {
'A': 2,
'N': 0,
"default": 2
},
2: {
'A': 1,
'N': 0,
"default": 1
},
},
"my_other_sample": {
0: {
'A': 1,
'N': 0,
"default": 1
},
1: {
'A': 2,
'N': 0,
"default": 2
},
2: {
'A': 0,
'N': 0,
"default": 0
},
},
"total": {
0: {
'A': 3,
'N': 0,
"default": 3
},
1: {
'A': 4,
'N': 0,
"default": 4
},
2: {
'A': 1,
'N': 0,
"default": 1
},
},
},
3: {
"my_sample": {
0: {
'A': 0,
'N': 3,
"default": 3
},
1: {
'A': 0,
'N': 2,
"default": 2
},
2: {
'A': 0,
'N': 0,
"default": 0
},
},
"my_other_sample": {
0: {
'A': 3,
'N': 0,
"default": 3
},
1: {
'A': 2,
'N': 0,
"default": 2
},
2: {
'A': 0,
'N': 0,
"default": 0
},
},
"total": {
0: {
'A': 3,
'N': 3,
"default": 6
},
1: {
'A': 2,
'N': 2,
"default": 4
},
2: {
'A': 0,
'N': 0,
"default": 0
},
},
}
}
# 9 regions * 2 bases * (2+1) samples (two samples + total)
cls.EXPECTED_NUM_REGION = 9
cls.EXPECTED_REGION_COUNT = cls.EXPECTED_NUM_REGION * 2 * 3
# Each region gets an additional default counter
cls.EXPECTED_COUNTERS_COUNT = cls.EXPECTED_REGION_COUNT + cls.EXPECTED_NUM_REGION * 3
from goldilocks.goldilocks import Goldilocks
from goldilocks.strategies import VariantCounterStrategy, GCRatioStrategy, NucleotideCounterStrategy, KMerCounterStrategy
#TODO Methods may take a list of locations or may need to actually analyze
# a proper genomic sequence
"""Execute Goldilocks search."""
data = {"ONE": {1: [1, 2, 5]}}
g = Goldilocks(VariantCounterStrategy(),
data,
is_seq=False,
stride=1,
length=3)
candidates = g._filter("max", actual_distance=1)
print candidates
#########################################
data = {"ONE": {1: "CCCGGGAGATTT"}}
g = Goldilocks(GCRatioStrategy(), data, 3, 1)
candidates = g._filter("max", actual_distance=1)
print candidates
candidates.export_fasta(["ONE"])
#########################################
data = {"ONE": {1: "AAACCCGGGCCCGGGAGAAAAAAA"}}
g = Goldilocks(KMerCounterStrategy(["AAA", "CCC"]), data, 6, 1)
