def pairs(args): """ See __doc__ for OptionParser.set_pairs(). """ p = OptionParser(pairs.__doc__) p.set_pairs() opts, args = p.parse_args(args) if len(args) != 1: sys.exit(not p.print_help()) bedfile, = args basename = bedfile.split(".")[0] insertsfile = ".".join((basename, "inserts")) sortedbedfile = op.basename(bedfile).rsplit(".", 1)[0] + ".sorted.bed" if need_update(bedfile, sortedbedfile): bedfile = sort([bedfile, "--accn"]) else: bedfile = sortedbedfile fp = open(bedfile) data = [BedLine(row) for i, row in enumerate(fp) if i < opts.nrows] ascii = not opts.pdf return bedfile, report_pairs(data, opts.cutoff, opts.mateorientation, pairsfile=opts.pairsfile, insertsfile=insertsfile, rclip=opts.rclip, ascii=ascii, bins=opts.bins, distmode=opts.distmode)
def pairs(args): """ See __doc__ for OptionParser.set_pairs(). """ import jcvi.formats.bed p = OptionParser(pairs.__doc__) p.set_pairs() opts, targs = p.parse_args(args) if len(targs) != 1: sys.exit(not p.print_help()) blastfile, = targs bedfile = bed([blastfile]) args[args.index(blastfile)] = bedfile return jcvi.formats.bed.pairs(args)
def pairs(args): """ See __doc__ for OptionParser.set_pairs(). """ import jcvi.formats.bed p = OptionParser(pairs.__doc__) p.set_pairs() opts, targs = p.parse_args(args) if len(targs) != 1: sys.exit(not p.print_help()) (samfile,) = targs bedfile = samfile.rsplit(".", 1)[0] + ".bed" if need_update(samfile, bedfile): cmd = "bamToBed -i {0}".format(samfile) sh(cmd, outfile=bedfile) args[args.index(samfile)] = bedfile return jcvi.formats.bed.pairs(args)
def pairs(args): """ See __doc__ for OptionParser.set_pairs(). """ import jcvi.formats.bed p = OptionParser(pairs.__doc__) p.set_pairs() opts, targs = p.parse_args(args) if len(targs) != 1: sys.exit(not p.print_help()) samfile, = targs bedfile = samfile.rsplit(".", 1)[0] + ".bed" if need_update(samfile, bedfile): cmd = "bamToBed -i {0}".format(samfile) sh(cmd, outfile=bedfile) args[args.index(samfile)] = bedfile return jcvi.formats.bed.pairs(args)