def convert_dir(adresse, adresse_s):
param = get_param(adresse)
spec = []
date = time.strftime("%Y%m%d", time.localtime(os.path.getmtime(adresse)))
heure = time.strftime("%H%M", time.localtime(os.path.getmtime(adresse)))
d = data.Data(adresse, param, spec, index=1, date=date, heure=heure)
print(d.fichier)
lh5py.obj_in_h5py(d, lh5py.file_name_in_dir(d, adresse_s))
def save_volume(self, savefolder, start=None, end=None):
"""
Une fois qu'on a la liste des volumes on souhaite créer un fichier HDF5 pour chaque volume
"""
d = self.data
Nt = len(self.m['tV'])
for i in range(Nt):
v0 = Volume(d, m={})
Vol, instant, t = self.get_volume(i, start, end) #Vol,instant,t
v0.m['volume'] = Vol
v0.m['instant'] = instant
v0.m['t'] = t
f = lh5py.file_name_in_dir(v0, savefolder)
lh5py.obj_in_h5py(v0, f)
f.close()
def convert_files(adresse, adresse_s):
name_dir = adresse.rsplit('/', 1)[1]
liste_fichier = os.listdir(adresse)
liste_fichier = tri_insertion(liste_fichier, adresse)
cine = is_cine(liste_fichier, adresse)
p = glob.glob(adresse + "/*param.txt")
if (len(p) > 0):
p = p[0] #choisit arbirtrairement le premier
else:
p = {}
index = 1
#Maintenant on s'occupe à tous les fichiers présents dans le dossier
for file in liste_fichier:
#spec est une liste propre à chaque fichier
spec = []
#sont les paramètres propre à chaque fichier
#auxquels on ajoute ceux commun au dossier
#regarde si le fichier est un .cine
#ou s'il n'y a pas de .cine il prend les .avi
if (get_extention(file) == "cine"
or (get_extention(file) == "avi" and not (cine))):
cinefile = adresse + '/' + file
#On veut récupérer l'heure et la date
#Si le fichier n'a pas la date de son dossier il la prend
#Si le fichier n'a pas de date en titre il met alors date du fichier
try:
dir = int(name_dir)
except ValueError:
date = time.strftime(
"%Y%m%d", time.localtime(os.path.getmtime(cinefile)))
heure = time.strftime(
"%H%M", time.localtime(os.path.getmtime(cinefile)))
else:
heure = time.strftime(
"%H%M", time.localtime(os.path.getmtime(cinefile)))
if (len(name_dir) == 6):
date = "20" + str(dir)
else:
date = str(dir)
#On a tous ce qui est nécessaire à la création de Data
spec = cinefile
d = data.Data(cinefile,
p,
spec,
index=index,
date=date,
heure=heure)
lh5py.obj_in_h5py(d, lh5py.file_name_in_dir(d, adresse_s))
index += 1
elif (get_extention(file) in ["tif", "jpeg", "png"]):
cinefile = adresse + '/' + file
date = time.strftime("%Y%m%d",
time.localtime(os.path.getmtime(cinefile)))
heure = time.strftime("%H%M",
time.localtime(os.path.getmtime(cinefile)))
d = data.Data(adresse + "/" + file,
p,
spec,
index=index,
date=date,
heure=heure)
lh5py.obj_in_h5py(d, lh5py.file_name_in_dir(d, adresse_s))
index += 1
}
#20181114
tab[7] = {
"fichier":
"/media/stephane/DATA/Experimental_data/Turbulence3d/20181114/PIV3dscan_mikro50mm_fps20000_pump30Hz_jets16Random_f500Hz_A3000mV.cine",
"param":
"/media/stephane/DATA/Experimental_data/Turbulence3d/20181114/PIV3dscan_nikon50mm_param.txt"
}
heure = "0000"
for i in range(6, len(tab)):
print(os.path.exists(tab[i]["fichier"]))
print(os.path.exists(tab[i]["param"]))
fichier = tab[i]["fichier"]
param = tab[i]["param"]
spec = fichier
date = fichier.split("/")[6]
print(os.path.dirname(fichier))
d = data.Data(fichier, param, spec, date=date, heure=heure)
m = mesure.Mesure(d)
v = volume.Volume(d)
v = v.volume()
m.add_measurement(v)
f = lh5py.file_name_in_dir(m, os.path.dirname(fichier) + "/Mesure_Volume/")
lh5py.obj_in_h5py(m, f)
f.close()
v.get_volume(
os.path.dirname(fichier), os.path.dirname(fichier),
os.path.dirname(fichier) + "/Mesure_Volume/Mesure_0_" + date + "_1_" +
os.path.basename(fichier).rsplit(".", 1)[0] + ".hdf5")
t1 = time.time()
overlap = 16
window_size = 32
cinefile_truncated = cinefile.rsplit(".", 1)[0]
piv3 = piv3.analysis_multi_proc('',
cinefile_truncated,
cinefile_truncated,
npy=None,
fx='toto',
dt_origin=None,
frame_diff=None,
crop_lims=None,
maskers=None,
window_size=window_size,
overlap=overlap,
search_area_size=window_size,
save=False,
s2n_thresh=1.2,
bg_n_frames=None)
t2 = time.time()
m.add_measurement(piv3)
#save the piv result in a hdf5 file
f = lh5py.file_name_in_dir(m, savefolder)
lh5py.obj_in_h5py(m, f)
f.close()
#v.save_volume(savefolder + "/Volume/")
stophere
v = m.Volume
Nt = len(v.m['tV'])
for i in range(Nt):
v0 = lvolume.Volume(d, m={}) #,m={})
Vol, instant, t = v.get_volume(i) #Vol,instant,t
#v0.m={}
v0.m['volume'] = Vol
v0.m['instant'] = instant
v0.m['t'] = t
f = lh5py.file_name_in_dir(v0, savefolder + '/Volume' + "/")
lh5py.obj_in_h5py(v0, f)
f.close()
# del Vol,instant,t,v0
# m.add_measurement(v0)
# save the measure of volume in a hdf5 file
# f = lh5py.file_name_in_dir(m, savefolder + '/Volume'+ "/")
# lh5py.obj_in_h5py(m, f)
# f.close()
#stophere
###generate Piv3D object
piv3 = lpiv3d.Piv3D(d)
m.add_measurement(piv3)
#print(d.param.fps)
#print(d.param.f)
overlap = 16
window_size = 32
piv3 = piv3.analysis_multi_proc('',
cinefile,
cinefile,
npy=None,
fx='toto',
dt_origin=None,
frame_diff=None,
crop_lims=None,
maskers=None,
window_size=window_size,
overlap=overlap,
search_area_size=window_size,
save=False,
s2n_thresh=1.2,
bg_n_frames=None)
t2 = time.time()
###Mise des données dans un fichier HDF5###
##Si le fichier est déjà crée :
#f = ouverture_fichier("/home/ldupuy/Documents/Stage_Python_(2018)/new/Mesure_0_20171109_1_frame.hdf5")
##Pour créer le fichier
f = h5py.file_name_in_dir(mesure, adresse_s)
h5py.obj_in_h5py(mesure, f)
print("temps : ")
print(t2 - t1)
#f = h5pylea.file_name_in_dir(Data, savefolder)
#h5pylea.obj_in_h5py(Data,f)
#f.close()
# get the phase between images and volume scanning
v = lvolume.Volume(Data)
v = v.volume(nb_im=100)
#print(v.m['instantV'][0])
#save the first volume position. Works for movies without time jump
setattr(Data.param, 'startV', v.m['instantV'][0][0])
setattr(Data.param, 'endV', v.m['instantV'][0][1])
setattr(Data.param, 'tV', v.m['tV'][0])
#sauvegarde le fichier Data
f = h5pylea.file_name_in_dir(Data, savefolder)
h5pylea.obj_in_h5py(Data, f)
f.close()
print('Data object saved')
#cree un mesure à partir d'un fichier hdf5 existant
mesurefile = ask(folder,
ext='/Mesure*' +
os.path.basename(cinefile).rsplit(".", 1)[0] + '.hdf5')
f = h5pylea.ouverture_fichier(mesurefile)
M = h5pylea.h5py_in_Mesure(f)
f.close()
print('Mesure object loaded')