Esempi in Python per BigBedReader._get_autosql_str

Esempio n. 1

File: test_bigbed.py Progetto: zzygyx9119/plastid

 def test_get_autosql_str(self):
     for k in (4, 12):
         bbplus_as = BigBedReader(self.bb_bonuscols["bb%sas" % k])
         expected_as = open(
             resource_filename(
                 "plastid",
                 "test/data/annotations/bed%s_bonus_bed_columns.as" %
                 k)).read()
         self.assertEqual(bbplus_as._get_autosql_str(), expected_as)

Esempio n. 2

File: test_bigbed.py Progetto: joshuagryphon/plastid

 def test_get_no_autosql_str(self):
     for k in (4,12):
         bbplus_noas = BigBedReader(self.bb_bonuscols["bb%sno_as" % k])
         self.assertEqual(bbplus_noas._get_autosql_str(),"")

Esempio n. 3

File: test_bigbed.py Progetto: joshuagryphon/plastid

 def test_get_autosql_str(self):
     for k in (4,12): 
         bbplus_as = BigBedReader(self.bb_bonuscols["bb%sas" % k])
         expected_as = open(resource_filename("plastid","test/data/annotations/bed%s_bonus_bed_columns.as" % k)).read()
         self.assertEqual(bbplus_as._get_autosql_str(),expected_as)

Esempio n. 4

File: test_bigbed.py Progetto: zzygyx9119/plastid

 def test_get_no_autosql_str(self):
     for k in (4, 12):
         bbplus_noas = BigBedReader(self.bb_bonuscols["bb%sno_as" % k])
         self.assertEqual(bbplus_noas._get_autosql_str(), "")