Esempi in Python per _otu_to_new_node

Esempio n. 1

File: test_nj.py Progetto: anderspitman/scikit-bio

 def test_otu_to_new_node_zero_branch_length(self):
     data = [[0, 40, 3],
             [40, 0, 3],
             [3, 3, 0]]
     ids = ['a', 'b', 'c']
     dm = DistanceMatrix(data, ids)
     self.assertEqual(_otu_to_new_node(dm, 'a', 'b', 'c', True), 0)
     self.assertEqual(_otu_to_new_node(dm, 'a', 'b', 'c', False), -17)

Esempio n. 2

 def test_otu_to_new_node_zero_branch_length(self):
     data = [[0, 40, 3],
             [40, 0, 3],
             [3, 3, 0]]
     ids = ['a', 'b', 'c']
     dm = DistanceMatrix(data, ids)
     self.assertEqual(_otu_to_new_node(dm, 'a', 'b', 'c', True), 0)
     self.assertEqual(_otu_to_new_node(dm, 'a', 'b', 'c', False), -17)

Esempio n. 3

File: test_nj.py Progetto: anderspitman/scikit-bio

 def test_otu_to_new_node(self):
     self.assertEqual(_otu_to_new_node(self.dm1, 'a', 'b', 'c', True), 7)
     self.assertEqual(_otu_to_new_node(self.dm1, 'a', 'b', 'd', True), 7)
     self.assertEqual(_otu_to_new_node(self.dm1, 'a', 'b', 'e', True), 6)

Esempio n. 4

 def test_otu_to_new_node(self):
     self.assertEqual(_otu_to_new_node(self.dm1, 'a', 'b', 'c', True), 7)
     self.assertEqual(_otu_to_new_node(self.dm1, 'a', 'b', 'd', True), 7)
     self.assertEqual(_otu_to_new_node(self.dm1, 'a', 'b', 'e', True), 6)