def test_partial():
seq = "AAACTGCTTTAA"
t.eq(t.translate(seq), "XLL")
t.eq(t.translate(seq, partial=True), "KLL*")
t.eq(t.translate(seq, partial=(True, False)), "KLL")
t.eq(t.translate(seq, partial=(False, True)), "XLL*")
t.eq(t.translate(seq, partial=(False, False)), "XLL")
def translate(self):
if self.autoRead is True:
text = self.readClipboard()
if text is None or text == self.res:
return
self.textRead.clear()
self.textRead.appendPlainText(text)
else:
text = self.fetchPlainText()
if text == self.text:
return
else:
self.text = text
if text is None:
self.setPlainText('[empty]')
return
elif text == self.res:
return
self.res = self.setPlainText(t.translate(text))
self.setPlainText(self.res)
if self.autoWrite is True:
self.writeClipboard(self.res)
def test_single():
t.eq(t.translate("TGG", partial=True), "W")
t.eq(t.translate("CTG", table=11, partial=True), "L")
def test_codon_start():
seq = "CTATGATCGTCATCTGTATCACC"
t.raises(ValueError, t.translate, seq)
t.eq(t.translate(seq, start=2), "MIVICIT")
def test_modified():
seq = "CTGATCGTCATSTGTATCACC"
trans = t.translate(seq, table=11, partial=True, modifications=[(3, "W")])
t.eq(trans, "LIWXCIT")
def test_degenerate_regresion():
t.eq(t.translate("GCGCCCAAKACGCAA", table=11, partial=True), "APXTQ")
def test_degenerates():
t.eq(t.translate("RAY", partial=True), "B")
t.eq(t.translate("SAG", partial=True), "Z")
t.eq(t.translate("MTT", partial=True), "J")
def test_degenerate_error():
t.eq(t.translate("ATG", table=11, partial=True), "M")
t.eq(t.translate("ATC", table=11, partial=True), "I")
t.eq(t.translate("ATS", table=11, partial=True), "X")
def test_degenerate_in_seq():
seq = "CTGATCGTCATSTGTATCACC"
t.eq(t.translate(seq, table=11, partial=True), "LIVXCIT")
def test_degnerate_to_X():
t.eq(t.translate("CAY", partial=True), "H")
t.eq(t.translate("CAR", partial=True), "Q")
t.eq(t.translate("CAN", partial=True), "X")
def test_degenerate_causes_not_start():
t.eq(t.translate("GTG", table=2), "M")
t.eq(t.translate("GTG", table=2, partial=True), "V")
t.eq(t.translate("GTR", table=2), "X")
t.eq(t.translate("GTR", table=2, partial=True), "V")
def test_simple_degenerate():
t.eq(t.translate("ACN", partial=True), "T")
def test_start_codon_replace():
t.eq(t.translate("TTGTTG"), "ML")
def test_alternate():
t.eq(t.translate("TGA", partial=True), "*")
t.eq(t.translate("TGA", table=2, partial=True), "W")