Esempio n. 1
0
def test_partial():
    seq = "AAACTGCTTTAA"
    t.eq(t.translate(seq), "XLL")
    t.eq(t.translate(seq, partial=True), "KLL*")
    t.eq(t.translate(seq, partial=(True, False)), "KLL")
    t.eq(t.translate(seq, partial=(False, True)), "XLL*")
    t.eq(t.translate(seq, partial=(False, False)), "XLL")
Esempio n. 2
0
 def translate(self):
     if self.autoRead is True:
         text = self.readClipboard()
         if text is None or text == self.res:
             return
         self.textRead.clear()
         self.textRead.appendPlainText(text)
     else:
         text = self.fetchPlainText()
     if text == self.text:
         return
     else:
         self.text = text
     if text is None:
         self.setPlainText('[empty]')
         return
     elif text == self.res:
         return
     self.res = self.setPlainText(t.translate(text))
     self.setPlainText(self.res)
     if self.autoWrite is True:
         self.writeClipboard(self.res)
Esempio n. 3
0
def test_single():
    t.eq(t.translate("TGG", partial=True), "W")
    t.eq(t.translate("CTG", table=11, partial=True), "L")
Esempio n. 4
0
def test_codon_start():
    seq = "CTATGATCGTCATCTGTATCACC"
    t.raises(ValueError, t.translate, seq)
    t.eq(t.translate(seq, start=2), "MIVICIT")
Esempio n. 5
0
def test_modified():
    seq = "CTGATCGTCATSTGTATCACC"
    trans = t.translate(seq, table=11, partial=True, modifications=[(3, "W")])
    t.eq(trans, "LIWXCIT")
Esempio n. 6
0
def test_degenerate_regresion():
    t.eq(t.translate("GCGCCCAAKACGCAA", table=11, partial=True), "APXTQ")
Esempio n. 7
0
def test_degenerates():
    t.eq(t.translate("RAY", partial=True), "B")
    t.eq(t.translate("SAG", partial=True), "Z")
    t.eq(t.translate("MTT", partial=True), "J")
Esempio n. 8
0
def test_degenerate_error():
    t.eq(t.translate("ATG", table=11, partial=True), "M")
    t.eq(t.translate("ATC", table=11, partial=True), "I")
    t.eq(t.translate("ATS", table=11, partial=True), "X")
Esempio n. 9
0
def test_degenerate_in_seq():
    seq = "CTGATCGTCATSTGTATCACC"
    t.eq(t.translate(seq, table=11, partial=True), "LIVXCIT")
Esempio n. 10
0
def test_degnerate_to_X():
    t.eq(t.translate("CAY", partial=True), "H")
    t.eq(t.translate("CAR", partial=True), "Q")
    t.eq(t.translate("CAN", partial=True), "X")
Esempio n. 11
0
def test_degenerate_causes_not_start():
    t.eq(t.translate("GTG", table=2), "M")
    t.eq(t.translate("GTG", table=2, partial=True), "V")
    t.eq(t.translate("GTR", table=2), "X")
    t.eq(t.translate("GTR", table=2, partial=True), "V")
Esempio n. 12
0
def test_simple_degenerate():
    t.eq(t.translate("ACN", partial=True), "T")
Esempio n. 13
0
def test_start_codon_replace():
    t.eq(t.translate("TTGTTG"), "ML")
Esempio n. 14
0
def test_alternate():
    t.eq(t.translate("TGA", partial=True), "*")
    t.eq(t.translate("TGA", table=2, partial=True), "W")