class GeneInfo(rdb.Model):
id = rdb.Column(rdb.Integer, primary_key=True)
spe = rdb.Column(rdb.String(40), index=True)
transid = rdb.Column(rdb.String(30), unique=True, index=True)
commonname = rdb.Column(rdb.String(80), index=True)
genedis = rdb.Column(rdb.Text)
gc = rdb.Column(rdb.Float)
genetype = rdb.Column(rdb.String(50))
chrom = rdb.Column(rdb.String(20))
class Top100(rdb.Model):
id = rdb.Column(rdb.Integer, primary_key=True)
srr = rdb.Column(rdb.String(10), index=True)
gene = rdb.Column(rdb.String(30))
length = rdb.Column(rdb.Integer)
gc = rdb.Column(rdb.Float)
dms = rdb.Column(rdb.Integer)
gini = rdb.Column(rdb.Float)
rpkm = rdb.Column(rdb.Float)
class GSEinfo(rdb.Model):
id = rdb.Column(rdb.Integer, primary_key=True)
geo = rdb.Column(rdb.String(15), index=True)
geolink = rdb.Column(rdb.String(120))
title = rdb.Column(rdb.String(150))
pmid = rdb.Column(rdb.Integer, nullable=True)
summary = rdb.Column(rdb.Text)
publicon = rdb.Column(rdb.String(15))
class GiniHist(rdb.Model):
id = rdb.Column(rdb.Integer, primary_key=True)
simname = rdb.Column(rdb.String(50), index=True)
thre = rdb.Column(rdb.Integer)
five = rdb.Column(rdb.Text)
cds = rdb.Column(rdb.Text)
three = rdb.Column(rdb.Text)
class DMSTrans(rdb.Model):
__tablename__ = 'dmstrans'
id = rdb.Column(rdb.Integer, primary_key=True)
geo = rdb.Column(rdb.String(12), index=True)
simname = rdb.Column(rdb.String(50))
transid = rdb.Column(rdb.String(30), index=True)
transseq = rdb.Column(rdb.Text)
dms = rdb.Column(rdb.Text)
class Example(rdb.Model):
id = rdb.Column(rdb.Integer, primary_key=True)
spe = rdb.Column(rdb.String(15))
geneid = rdb.Column(rdb.String(20))
genename = rdb.Column(rdb.String(30))
class GeneSearch(rdb.Model):
id = rdb.Column(rdb.Integer, primary_key=True)
geo = rdb.Column(rdb.String(12), index=True)
spe = rdb.Column(rdb.String(15), index=True)
geneid = rdb.Column(rdb.String(20), index=True)
genename = rdb.Column(rdb.String(30, collation='NOCASE'), index=True)
class SEARCHlist(rdb.Model):
id = rdb.Column(rdb.Integer, primary_key=True)
que = rdb.Column(rdb.String(60, collation='NOCASE'), index=True)
family = rdb.Column(rdb.String(20))
link = rdb.Column(rdb.Text)
class Species(rdb.Model):
id = rdb.Column(rdb.Integer, primary_key=True)
name = rdb.Column(rdb.String(40))
gename = rdb.Column(rdb.String(20))
geo = rdb.Column(rdb.String(15))
class SRRinfo(rdb.Model):
__tablename__ = 'srrinfo'
id = rdb.Column(rdb.Integer, primary_key=True)
srr = rdb.Column(rdb.String(10), unique=True)
geo = rdb.Column(rdb.String(12), index=True)
spe = rdb.Column(rdb.String(40), index=True)
ref = rdb.Column(rdb.String(10))
reflink = rdb.Column(rdb.Text)
biopro = rdb.Column(rdb.String(12))
sra = rdb.Column(rdb.String(12))
srx = rdb.Column(rdb.String(12))
sample = rdb.Column(rdb.String(100))
simsample = rdb.Column(rdb.String(50), index=True)
instrument = rdb.Column(rdb.String(100))
runs = rdb.Column(rdb.String(100))
submiter = rdb.Column(rdb.String(50))
protocal = rdb.Column(rdb.Text)
mt = rdb.Column(rdb.Float)
umt = rdb.Column(rdb.Float)
mg = rdb.Column(rdb.Float)
umg = rdb.Column(rdb.Float)
at = rdb.Column(rdb.Float)
ct = rdb.Column(rdb.Float)
gt = rdb.Column(rdb.Float)
tt = rdb.Column(rdb.Float)
ag = rdb.Column(rdb.Float)
cg = rdb.Column(rdb.Float)
gg = rdb.Column(rdb.Float)
tg = rdb.Column(rdb.Float)
class UTRinfo(rdb.Model):
id = rdb.Column(rdb.Integer, primary_key=True)
transid = rdb.Column(rdb.String(30), index=True)
five = rdb.Column(rdb.Integer)
cds = rdb.Column(rdb.Integer)
three = rdb.Column(rdb.Integer)
class RPKMhist(rdb.Model):
id = rdb.Column(rdb.Integer, primary_key=True)
simname = rdb.Column(rdb.String(50), index=True)
# mid=rdb.Column(rdb.Text)
rpkm = rdb.Column(rdb.Text)