def extract_file(self, event):
output_file = self.choose_output_entry.textvariable.get()
extract_path = self.choose_extract_folder_entry.textvariable.get()
if Check.check_path(output_file) or Check.check_path(extract_path):
messagebox.showerror("错误", "路径不能有空或者有空格")
return
if not output_file.endswith(".txt"):
messagebox.showerror("错误", "输入必须为txt文件!")
return
if not extract_file(output_file, extract_path):
messagebox.showerror("错误!", "输入文件内容无法识别！" "具体参见命令行。")
return
messagebox.showinfo("成功", "成功提取配体！")
def move_file(self, event):
proteins_dir = self.choose_pdbqt_dir_entry.textvariable.get()
if Check.check_path(proteins_dir):
messagebox.showerror("路径不为空，不能包括空格！")
return
if not os.path.exists(proteins_dir):
messagebox.showerror("错误", "选择文件夹不存在")
return
proteins2dir(proteins_dir)
messagebox.showinfo("成功", "文件成功移动！")
def generate_configs(self, event):
ligand = self.choose_ligand_entry.textvariable.get()
proteins_dir = self.choose_receptor_entry.textvariable.get()
if Check.check_path(ligand) or Check.check_path(proteins_dir):
messagebox.showerror("错误", "路径不能空或者包含空格！")
return
if not ligand.endswith(".pdbqt"):
messagebox.showerror("错误", "受体必须是pdbqt格式")
return
receptors_dir = []
# 如果是一个受体文件夹
if os.path.exists(proteins_dir + os.sep + "preped.pdbqt"):
receptors_dir.append(proteins_dir + os.sep + "preped.pdbqt")
else:
for receptor in os.listdir(proteins_dir):
pdbqt_file = proteins_dir + os.sep + receptor + os.sep + "preped.pdbqt"
if os.path.exists(pdbqt_file):
receptors_dir.append(pdbqt_file)
else:
print("%s中没有preped.pdbqt文件" % receptor)
if len(receptors_dir) == 0:
messagebox.showerror("错误", "没有检测到受体文件！")
return
for receptor_dir in receptors_dir:
gen_config(receptor_dir, ligand)
print(
"------------------------------------------------------------")
print("%s准备成功！" % receptor_dir)
print(
"------------------------------------------------------------")
messagebox.showinfo("成功", "已经生成多个配置文件！")
def extract_score(self, event):
score_file = self.choose_scores_entry.textvariable.get()
if Check.check_path(score_file):
messagebox.showerror("错误", "路径不能为空或者包含空格！")
return
# 如果是单个pdbqt文件，弹出窗口直接显示结果。
if score_file.endswith(".pdbqt"):
scores = read_scores(score_file)
if len(scores) == 0:
messagebox.showerror("错误", "选择的文件中没有检测到分数！")
return
file_name = os.path.split(score_file)[-1][0:-6]
score_top = SMultiTopLevel(self.root, 600, 100, file_name).toplevel
SLabel(score_top, text="当前文件:" + file_name, x=10, y=0)
SLabel(score_top, text="number", x=10, y=30)
SLabel(score_top, text="scores", x=10, y=60)
i = 0
while i < len(scores):
SLabel(score_top, text=str(i + 1), x=80 + (50 * i), y=30)
SLabel(score_top, text=scores[i], x=80 + (50 * i), y=60)
i += 1
# 如果是文件夹，在该文件夹中生成分数文件
elif os.path.isdir(score_file):
output_file = score_file + os.sep + "scores.txt"
# 如果是子目录，没有受体，只输出分数最高的
if os.listdir(score_file)[0].endswith(".pdbqt"):
scores = read_folder_scores(score_file, mode=1)
create_scores_file(output_file, scores, mode=1)
else:
scores = read_root_folder_scores(score_file, mode=1)
create_scores_file(output_file, scores, mode=0)
messagebox.showinfo("保存成功！", "保存分数文件到%s" % output_file)
else:
messagebox.showerror("输入错误", "请选择pdbqt文件或者选择文件夹！")
return
def _gen_smi(self, event):
if not Check.check_obabel():
messagebox.showerror("错误！", "请检查obabel路径是否配置正确！")
return
smi = self.input_smi_entry.textvariable.get()
output_path = self.output_path_entry.textvariable.get()
if Check.check_path(output_path):
messagebox.showerror("错误", "输出路径不能为空或者包含空格！")
return
# 如果只有一个元素则表示没有[R]标签
if len(smi.split("[R]")) == 1:
messagebox.showerror("错误", "%s没有[R]标签！" % smi)
return
gen_smi_der(smi, output_path)
messagebox.showinfo("成功！", "成功生成衍生物！\n请检查后使用。")
def _docking(self, event):
input_ligands_full = self.choose_ligand_entry.entry.get()
receptor_dir = self.choose_proteins_entry.entry.get()
output_dir = self.choose_output_entry.entry.get()
docking_times = self.times_entry.entry.get()
# 所有选择的路径和文件都不能为空和包含空格。
if (Check.check_path(input_ligands_full)
or Check.check_path(receptor_dir)
or Check.check_path(output_dir)
or Check.check_path(docking_times)):
messagebox.showerror("输入错误", "所有参数不能为空或者包含空格")
return
try:
times = int(docking_times)
except ValueError:
messagebox.showerror("错误！", "对接次数必须是数字！")
return
# 如果不存在输出文件夹就创建
if not os.path.exists(output_dir):
os.mkdir(output_dir)
input_ligands = []
# 输入的配体
if input_ligands_full.endswith(";"): # 如果是单个或者多个配体
# 必须是pdbqt文件
if input_ligands_full.split(".")[-1][0:-1] != "pdbqt":
messagebox.showerror("错误！", "配体必须是pdbqt格式！")
return
input_ligands.extend(input_ligands_full.split(";")[0:-1])
elif os.path.isdir(input_ligands_full):
# 如果选择的是目录
list_file = os.listdir(input_ligands_full)
for file in list_file:
if file.endswith("pdbqt"):
input_ligands.append(input_ligands_full + os.sep + file)
if len(input_ligands) == 0:
messagebox.showerror("错误！", "所选文件夹中不包含pdbqt格式的配体！")
return
else:
messagebox.showerror("错误！", "请检查输入的配体！")
return
# 输入的受体
receptors = []
# 选择了一个受体
if os.path.exists("%s" % receptor_dir + os.sep + "preped.pdbqt"):
if not Check.check_config(receptor_dir):
messagebox.showerror("错误！", "受体中没有config.txt文件！")
return
receptors.append("%s" % receptor_dir + os.sep + "preped.pdbqt")
# 可能选择了多个受体
else:
if not os.path.exists(receptor_dir):
messagebox.showerror("错误！", "所选受体目录不存在！")
return
child_receptor = os.listdir(receptor_dir)
for receptor in child_receptor:
if os.path.exists("%s" % receptor_dir + os.sep +
"%s" % receptor + os.sep + "preped.pdbqt"):
if not Check.check_config("%s" % receptor_dir + os.sep +
"%s" % receptor):
messagebox.showwarning(
"警告！", "受体%s中没有config.txt文件，将不进行对接！" % receptor)
continue
receptors.append("%s" % receptor_dir + os.sep +
"%s" % receptor + os.sep + "preped.pdbqt")
if len(receptors) == 0:
messagebox.showerror("错误！", "没有受体，请检查选择的文件夹或者子文件夹中是否"
"包含preped.pdbqt文件!")
return
self.progress["maximum"] = len(receptors) * len(input_ligands)
for receptor in receptors:
# 在输出目录创建受体的文件夹
output_dir_r = "%s" % output_dir + os.sep + "%s" % receptor.split(
os.sep)[-2]
# 读取受体中的config文件
config_files = get_config_files(os.path.split(receptor)[0])
if not os.path.exists(output_dir_r):
os.mkdir(output_dir_r)
for ligand in input_ligands:
# 初始化循环次数
i = 0
# 更新进度条和标签
current_num = receptors.index(receptor) * len(
input_ligands) + input_ligands.index(ligand) + 1
max_num = len(receptors) * len(input_ligands)
label_text = "%s/%s" % (current_num, max_num)
self.progress_label.label.configure(text=label_text)
self.progress_label.label.update()
self.progress["value"] = current_num
self.progress.update()
current_protein = "当前受体：%s" % receptor.split(os.sep)[-2]
self.current_protein.label.configure(text=current_protein)
self.current_protein.label.update()
current_ligand = "当前配体：%s" % ligand.split(
os.sep)[-1].split(".")[0]
self.current_ligand.label.configure(text=current_ligand)
self.current_ligand.label.update()
current_time = "当前次数：%i" % (i + 1)
self.current_time.label.configure(text=current_time)
self.current_time.label.update()
# 开始对接
while i < times:
dock_time = i + 1
for config in config_files:
ligand_basename = ligand.split(
os.sep)[-1].split(".")[0]
config_name = os.path.splitext(config)[0].split(
os.sep)[-1]
output = "%s" % output_dir_r + os.sep +\
"%s_%s_out%s.pdbqt" % (ligand_basename, config_name, dock_time)
print(output)
vina_dock(ligand, receptor, config, output)
i += 1
messagebox.showinfo("成功！", "对接完成！")
self.progress_label.label.configure(text="没有任务")
self.progress_label.label.update()
self.progress["value"] = 0
self.progress.update()
self.current_protein.label.configure(text="")
self.current_protein.label.update()
self.current_ligand.label.configure(text="")
self.current_ligand.label.update()
self.current_time.label.configure(text="")
self.current_time.label.update()
def _cal_rmsd(self, event):
single_ligand = self.single_ligand_entry.textvariable.get()
sec_ligands = self.sec_ligands_entry.textvariable.get()
rotate_method = self.rotate_method_box.textvariable.get()
reorder_method = self.reorder_method_box.textvariable.get()
if Check.check_path(single_ligand) or Check.check_path(sec_ligands):
messagebox.showerror("错误", "选择的文件或者路径不能为空或者包括空格！")
return
if not Check.check_obabel():
messagebox.showerror("错误！", "Obabel配置不正确!")
return
sec_ligands_path = []
# 如果选择的是一个文件
if os.path.isfile(sec_ligands):
sec_ligands_path.append(sec_ligands)
# 如果选的是多个文件
elif os.path.isdir(sec_ligands):
list_file = os.listdir(sec_ligands)
for file in list_file:
if file.endswith("xyz"):
sec_ligands_path.append(sec_ligands + os.sep + file)
if len(sec_ligands_path) == 0:
messagebox.showerror("错误！", "所选文件夹中不包含xyz的配体！")
return
else:
messagebox.showerror("错误！请检查输入的配体！")
return
rmsds = {}
for sec_ligand_path in sec_ligands_path:
rmsd = charnley_cal_rmsd(single_ligand, sec_ligand_path,
rotate_method, reorder_method)
if rmsd:
rmsds[os.path.split(sec_ligand_path)[-1][:-4]] = rmsd
else:
print("%s无法计算RMSD！" % sec_ligand_path)
continue
if len(rmsds) == 1:
top = SMultiTopLevel(self.windows,
win_x=400,
win_y=100,
title="RMSD结果").toplevel
for ligand in rmsds:
text = "%s vs %s" % (os.path.split(single_ligand)[-1]
[:-4], os.path.split(ligand)[-1])
SLabel(top, text=text, x=10, y=10)
text = rmsds[ligand]
SLabel(top, text=text, x=10, y=50)
elif len(rmsds) == 0:
messagebox.showerror("错误！", "没有得到RMSD值！")
return
else:
# 多个输出文件到目录中
output_filename = os.path.join(sec_ligands, "rmsd.txt")
with open(output_filename, "w") as f:
f.writelines("second_ligand\trmsd\n")
for ligand in rmsds:
f.write("%s\t%s\n" % (ligand, rmsds[ligand]))
messagebox.showinfo("成功！", "成功导出rmsd结果到%s" % output_filename)