def test_compressed_tprofile3d(tmp_path):
filename = join(str(tmp_path), "example.root")
testfile = join(str(tmp_path), "test.root")
f = ROOT.TFile.Open(testfile, "RECREATE")
h = ROOT.TProfile3D("hvar", "title", 5, 1, 10, 6, 1, 20, 8, 2, 8)
h.Sumw2()
h.Fill(1.0, 5.0, 3, 6)
h.Fill(2.0, 10.0, 4, 7)
h.Write()
f.Close()
t = uproot.open(testfile)
hist = t["hvar"]
with uproot.recreate(filename, compression=uproot.LZMA(6)) as f:
f["test"] = hist
f = ROOT.TFile.Open(filename)
h = f.Get("test")
sums = [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 36.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 49.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]
bincontents = [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 6.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 7.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]
count = 0
for x in range(1, 6):
for y in range(1, 7):
for z in range(1, 9):
assert h.GetBinContent(x, y, z) == bincontents[count]
count += 1
assert list(h.GetSumw2()) == sums
assert h.GetMean() == 1.5
assert h.GetRMS() == 0.5
assert h.GetNbinsX() == 5
assert h.GetNbinsY() == 6
assert h.GetNbinsZ() == 8
def test_compressed_tprofile(tmp_path):
filename = join(str(tmp_path), "example.root")
testfile = join(str(tmp_path), "test.root")
f = ROOT.TFile.Open(testfile, "RECREATE")
h = ROOT.TProfile("hvar", "title", 5, 1, 10)
h.Sumw2()
h.Fill(1.0, 3)
h.Fill(2.0, 4)
h.Write()
f.Close()
t = uproot.open(testfile)
hist = t["hvar"]
with uproot.recreate(filename, compression=uproot.LZMA(5)) as f:
f["test"] = hist
f = ROOT.TFile.Open(filename)
h = f.Get("test")
sums = [0.0, 25.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]
bincontents = [3.5, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0]
assert list(h.GetSumw2()) == sums
assert h.GetMean() == 1.5
assert h.GetRMS() == 0.5
count = 0
for x in range(1, 6):
assert h.GetBinContent(x) == bincontents[count]
count += 1
def test_lzma(tmp_path):
filename = join(str(tmp_path), "example.root")
with uproot.recreate(filename, compression=uproot.LZMA(1)) as f:
f["hello"] = "a"*2000
f = ROOT.TFile.Open(filename)
assert f.GetCompressionAlgorithm() == uproot.const.kLZMA
assert f.GetCompressionLevel() == 1
assert str(f.Get("hello")) == "a"*2000
f.Close()
def test_flattree_LZMA(tmp_path):
pytest.importorskip("lzma")
newfile = os.path.join(tmp_path, "newfile.root")
branch1 = np.arange(100)
branch2 = 1.1 * np.arange(100)
with uproot.recreate(newfile, compression=uproot.LZMA(5)) as fout:
fout["tree"] = {"branch1": branch1, "branch2": branch2}
fout["tree"].extend({"branch1": branch1, "branch2": branch2})
with uproot.open(newfile) as fin:
assert fin["tree/branch1"].array(library="np").tolist() == branch1.tolist() * 2
assert fin["tree/branch2"].array(library="np").tolist() == branch2.tolist() * 2
f3 = ROOT.TFile(newfile)
t3 = f3.Get("tree")
assert [x.branch1 for x in t3] == branch1.tolist() * 2
assert [x.branch2 for x in t3] == branch2.tolist() * 2
f3.Close()
def test_jaggedtree_LZMA(tmp_path):
pytest.importorskip("lzma")
ak = pytest.importorskip("awkward")
newfile = os.path.join(tmp_path, "newfile.root")
branch1 = ak.Array([[1, 2, 3], [], [4, 5]] * 10)
branch2 = ak.Array([[1.1, 2.2, 3.3], [], [4.4, 5.5]] * 10)
with uproot.recreate(newfile, compression=uproot.LZMA(5)) as fout:
fout["tree"] = {"branch1": branch1, "branch2": branch2}
fout["tree"].extend({"branch1": branch1, "branch2": branch2})
with uproot.open(newfile) as fin:
assert fin["tree/branch1"].array().tolist() == branch1.tolist() * 2
assert fin["tree/branch2"].array().tolist() == branch2.tolist() * 2
f3 = ROOT.TFile(newfile)
t3 = f3.Get("tree")
assert [list(x.branch1) for x in t3] == branch1.tolist() * 2
assert [list(x.branch2) for x in t3] == branch2.tolist() * 2
f3.Close()
def test_histogram_LZMA(tmp_path):
pytest.importorskip("lzma")
newfile = os.path.join(tmp_path, "newfile.root")
SIZE = 2 ** 20
histogram = (np.random.randint(0, 10, SIZE), np.linspace(0, 1, SIZE + 1))
last = histogram[0][-1]
with uproot.recreate(newfile, compression=uproot.LZMA(1)) as fout:
fout["out"] = histogram
with uproot.open(newfile) as fin:
content, edges = fin["out"].to_numpy()
assert len(content) == SIZE
assert len(edges) == SIZE + 1
assert content[-1] == last
f3 = ROOT.TFile(newfile)
h3 = f3.Get("out")
assert h3.GetNbinsX() == SIZE
assert h3.GetBinContent(SIZE) == last
f3.Close()
import uproot
b1 = uproot.newbranch("i4", compression=uproot.ZLIB(5))
b2 = uproot.newbranch("i8", compression=uproot.LZMA(4))
b3 = uproot.newbranch("f4")
branchdict = {"branch1": b1, "branch2": b2, "branch3": b3}
tree = uproot.newtree(branchdict, compression=uproot.LZ4(4))
with uproot.recreate("example.root", compression=uproot.LZMA(5)) as f:
f["t"] = tree
f["t"].extend({
"branch1": [1] * 1000,
"branch2": [2] * 1000,
"branch3": [3] * 1000
})