if __name__ == '__main__':
    global args

    parser = argparse.ArgumentParser()
    parser.add_argument('-cfg', '--cfg', default='deepmedic_ce_all', type=str)
    parser.add_argument('-gpu', '--gpu', default='3', type=str)
    args = parser.parse_args()

    args.cfg = 'deepmedic_nr'
    args.gpu = str(args.gpu)
    args.gpu = '3'

    args = Parser(args.cfg, log='test').add_args(args)

    args.valid_list = 'train_0.txt'

    args.data_dir = '/home/thuyen/Data/brats17/Brats17ValidationData'
    args.valid_list = 'test.txt'

    args.ckpt = 'model_last.tar'
    #args.ckpt = 'model_iter_227.tar'

    folder = os.path.splitext(args.valid_list)[0]
    out_dir = os.path.join('output', args.name, folder)
    if not os.path.exists(out_dir):
        os.makedirs(out_dir)

    args.out_dir = out_dir

    main()
Esempio n. 2
0
    parser = argparse.ArgumentParser()
    parser.add_argument('-cfg', '--cfg', default='unet', type=str)
    parser.add_argument('-gpu', '--gpu', default='0', type=str)
    args = parser.parse_args()

    args = Parser(args.cfg, log='test').add_args(args)

    #args.valid_list = 'valid_0.txt'
    #args.valid_list = 'all.txt'
    #args.saving = False
    #args.scoring = True

    args.data_dir = '/media/jeyamariajose/7888230b-5c10-4229-90f2-c78bdae9c5de/Data/brats/2019/val'
    args.valid_list = 'valid.txt'
    args.saving = True
    args.scoring = False  # for real test data, set this to False

    args.ckpt = 'model_epoch_100.tar'
    #args.ckpt = 'model_iter_227.tar'

    if args.saving:
        folder = os.path.splitext(args.valid_list)[0]
        out_dir = os.path.join('output', args.name, folder)
        if not os.path.exists(out_dir):
            os.makedirs(out_dir)
        args.out_dir = out_dir
    else:
        args.out_dir = ''

    main()