def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "sdf sd mol smi csv tsv txt") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionsDistinctFileNames("-i, --infile", Options["--infile"], "-o, --outfile", Options["--outfile"]) if not re.match("^None$", Options["--alignmentSMARTS"], re.I): PatternMol = Chem.MolFromSmarts(Options["--alignmentSMARTS"]) if PatternMol is None: MiscUtil.PrintError("The value specified, %s, using option \"--alignmentSMARTS\" is not a valid SMARTS: Failed to create pattern molecule" % Options["--alignmentSMARTS"]) MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--atomLabelFontSize", Options["--atomLabelFontSize"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("-b, --bondLineWidth", Options["--bondLineWidth"], {">": 0.0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--compute2DCoords", Options["--compute2DCoords"], "yes no auto") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--counterCol", Options["--counterCol"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--colVisibility", Options["--colVisibility"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--f, -fontBold", Options["--fontBold"], "yes no") if not re.match("^None$", Options["--highlightSMARTS"], re.I): PatternMol = Chem.MolFromSmarts(Options["--highlightSMARTS"]) if PatternMol is None: MiscUtil.PrintError("The value specified, %s, using option \"--highlightSMARTS\" is not a valid SMARTS: Failed to create pattern molecule" % Options["--highlightSMARTS"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--kekulize", Options["--kekulize"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-k, --keysNavigation", Options["--keysNavigation"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionNumberValues("-m, --molImageSize", Options["--molImageSize"], 2, ",", "integer", {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--molImageEncoded", Options["--molImageEncoded"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--numOfMolsPerRow", Options["--numOfMolsPerRow"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-p, --paging", Options["--paging"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--pageLength", Options["--pageLength"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--popover", Options["--popover"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--popoverDataCount", Options["--popoverDataCount"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--popoverTextWidth", Options["--popoverTextWidth"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--showMolName", Options["--showMolName"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--scrollX", Options["--scrollX"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--scrollY", Options["--scrollY"], "yes no") if not re.search("vh$", Options["--scrollYSize"], re.I): MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--scrollYSize", Options["--scrollYSize"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--tableFooter", Options["--tableFooter"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--tableHeader", Options["--tableHeader"], "yes no")
def ValidateOptions(): """Validate option values""" MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--figDPI", Options["--figDPI"], {">": 0}) if not re.match("^auto$", Options["--figSize"], re.I): MiscUtil.ValidateOptionNumberValues("--figSize", Options["--figSize"], 2, ",", "float", {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionFilePath("-i, --infile", Options["--infile"]) MiscUtil.ValidateOptionFileExt("-i, --infile", Options["--infile"], "pdb cif") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("-g, --greek", Options["--greek"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--grid", Options["--grid"], "yes no") MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--gridLineWidth", Options["--gridLineWidth"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionTextValue( "--levelsAndColorsScheme", Options["--levelsAndColorsScheme"], "MuttedColorShades1 MuttedColorShades2 BrightColorShades") MiscUtil.ValidateOptionsOutputFileOverwrite("-o, --outfile", Options["--outfile"], "--overwrite", Options["--overwrite"]) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--outMode", Options["--outMode"], "SingleFile MultipleFiles") MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("-p, --precision", Options["--precision"], {">": 0}) MiscUtil.ValidateOptionFloatValue("--scatterMarkerSize", Options["--scatterMarkerSize"], {">": 0}) if not re.match("^auto$", Options["--ticksMajorInterval"], re.I): MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--ticksMajorInterval", Options["--ticksMajorInterval"], { ">": 0, "<": 360 }) MiscUtil.ValidateOptionTextValue("--ticksMinor", Options["--ticksMinor"], "yes no") if not re.match("^auto$", Options["--ticksMinorInterval"], re.I): MiscUtil.ValidateOptionIntegerValue("--ticksMinorInterval", Options["--ticksMinorInterval"], { ">": 0, "<": 360 })