コード例 #1
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ファイル: test_PhyloXML.py プロジェクト: zyha/biopython
 def test_singlular(self):
     """Clade, Phylogeny: Singular properties for plural attributes."""
     conf = PX.Confidence(0.9, "bootstrap")
     taxo = PX.Taxonomy(rank="genus")
     # Clade.taxonomy, Clade.confidence
     clade = PX.Clade(confidences=[conf], taxonomies=[taxo])
     self.assertEqual(clade.confidence.type, "bootstrap")
     self.assertEqual(clade.taxonomy.rank, "genus")
     # raise if len > 1
     clade.confidences.append(conf)
     self.assertRaises(AttributeError, getattr, clade, "confidence")
     clade.taxonomies.append(taxo)
     self.assertRaises(AttributeError, getattr, clade, "taxonomy")
     # None if []
     clade.confidences = []
     self.assertEqual(clade.confidence, None)
     clade.taxonomies = []
     self.assertEqual(clade.taxonomy, None)
     # Phylogeny.confidence
     tree = PX.Phylogeny(True, confidences=[conf])
     self.assertEqual(tree.confidence.type, "bootstrap")
     tree.confidences.append(conf)
     self.assertRaises(AttributeError, getattr, tree, "confidence")
     tree.confidences = []
     self.assertEqual(tree.confidence, None)
コード例 #2
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ファイル: PhyloXMLIO.py プロジェクト: gitly110/python_exc
 def confidence(self, elem):
     return PX.Confidence(
         _float(elem.text),
         elem.get('type'))
コード例 #3
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ファイル: PhyloXMLIO.py プロジェクト: fabianegli/biopython
 def confidence(self, elem):
     """Create confidence object."""
     return PX.Confidence(_float(elem.text), elem.get("type"))