Python PeriodicKDTree.search_pairsの例

コード例 #1

ファイル: test_pkdtree.py プロジェクト: zhenyuwei99/mdanalysis

def test_searchpairs(b, radius, result):
    b = np.array(b, dtype=np.float32)
    cutoff = 2.0
    coords = transform_StoR(f_dataset, b)
    tree = PeriodicKDTree(box=b)
    tree.set_coords(coords, cutoff=cutoff)
    if cutoff < radius:
        with pytest.raises(RuntimeError, match=result):
            indices = tree.search_pairs(radius)
    else:
        indices = tree.search_pairs(radius)
        assert_equal(len(indices), len(result))

コード例 #2

ファイル: test_pkdtree.py プロジェクト: MDAnalysis/mdanalysis

def test_searchpairs(b, radius, result):
    b = np.array(b, dtype=np.float32)
    cutoff = 2.0
    coords = transform_StoR(f_dataset, b)
    tree = PeriodicKDTree(box=b)
    tree.set_coords(coords, cutoff=cutoff)
    if cutoff < radius:
        with pytest.raises(RuntimeError, match=result):
            indices = tree.search_pairs(radius)
    else:
        indices = tree.search_pairs(radius)
        assert_equal(len(indices), len(result))

コード例 #3

ファイル: test_pkdtree.py プロジェクト: zhenyuwei99/mdanalysis

def test_ckd_searchpairs_nopbc(radius, result):
    coords = f_dataset.copy()
    tree = PeriodicKDTree()
    tree.set_coords(coords)
    indices = tree.search_pairs(radius)
    assert_equal(indices, result)

コード例 #4

ファイル: test_pkdtree.py プロジェクト: MDAnalysis/mdanalysis

def test_ckd_searchpairs_nopbc(radius, result):
    coords = f_dataset.copy()
    tree = PeriodicKDTree()
    tree.set_coords(coords)
    indices = tree.search_pairs(radius)
    assert_equal(indices, result)