def test_process_part2(self): """ check results of calls to removeNeighbors, filterBasedOnAngs, removeBadAts... """ hb_builder = HydrogenBondBuilder() hb_builder.check_babel_types(self.mol.allAtoms) result = hb_builder.buildD(self.mol.allAtoms, hb_builder.paramDict) hAts = result['hAts'] acceptorAts = result['acceptorAts'] dist = hb_builder.paramDict['distCutoff'] atDict = hb_builder.distSelector.select(hAts, acceptorAts, dist) self.assertEqual(len(atDict), 40) atDict = hb_builder.removeNeighbors(atDict) self.assertEqual(len(atDict), 30) donor2Ats = result['donor2Ats'] donor3Ats = result['donor3Ats'] acceptor2Ats = result['acceptor2Ats'] acceptor3Ats = result['acceptor3Ats'] badAtDict = hb_builder.filterBasedOnAngs(atDict, donor2Ats, donor3Ats, acceptor2Ats, acceptor3Ats, hb_builder.paramDict) self.assertEqual(len(badAtDict), 30) atDict = hb_builder.removeBadAts(atDict, badAtDict) self.assertEqual(len(atDict), 28)
def test_buildD(self): """ test buildD: donor3Ats, acceptor3Ats, acceptor2Ats, donor2Ats """ hb_builder = HydrogenBondBuilder() hb_builder.check_babel_types(self.mol.allAtoms) result = hb_builder.buildD(self.mol.allAtoms, hb_builder.paramDict) #result_keys = ['donor3Ats', 'acceptor3Ats', 'acceptor2Ats', 'donor2Ats'] result_keys = [ 'donor3Ats', 'acceptor3Ats', 'hAts', 'acceptorAts', 'acceptor2Ats', 'donor2Ats' ] d = {} d['donor3Ats'] = [ 'N', 'OG1', 'OG1', 'SG', 'SG', 'OG', 'OG', 'SG', 'OG1', 'SG', 'OG1', 'OH', 'OG1', 'SG', 'OG1', 'SG', 'OH' ] d['acceptor3Ats'] = [ 'OG1', 'OG1', 'SG', 'SG', 'OG', 'OG', 'SG', 'OG1', 'SG', 'OG1', 'OH', 'OG1', 'SG', 'OG1', 'SG', 'OH' ] d['hAts'] = [ 'HN1', 'HN2', 'HN3', 'HG1', 'HN', 'HG1', 'HN', 'HN', 'HN', 'HG', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HE', 'HH11', 'HH12', 'HH21', 'HH22', 'HN', 'HG', 'HN', 'HD21', 'HD22', 'HN', 'HN', 'HD21', 'HD22', 'HN', 'HN', 'HN', 'HE', 'HH11', 'HH12', 'HH21', 'HH22', 'HN', 'HN', 'HN', 'HG1', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HG1', 'HN', 'HH', 'HN', 'HG1', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HG1', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HH', 'HN', 'HN', 'HD21', 'HD22' ] d['donor2Ats'] = [ 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'NE', 'NH1', 'NH2', 'N', 'N', 'ND2', 'N', 'N', 'ND2', 'N', 'N', 'N', 'NE', 'NH1', 'NH2', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'ND2' ] d['acceptor2Ats'] = [ 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'OD1', 'O', 'O', 'OD1', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'OE1', 'OE2', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'OD1', 'OD2', 'O', 'O', 'O', 'OD1', 'OXT' ] #acceptorAts = acceptor2Ats + acceptor3Ats d['acceptorAts'] = [ 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'OD1', 'O', 'O', 'OD1', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'OE1', 'OE2', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'OD1', 'OD2', 'O', 'O', 'O', 'OD1', 'OXT', 'OG1', 'OG1', 'SG', 'SG', 'OG', 'OG', 'SG', 'OG1', 'SG', 'OG1', 'OH', 'OG1', 'SG', 'OG1', 'SG', 'OH' ] for k in result_keys: #print 'testing ', k, ': ' if result[k] is not None and len(result[k]): self.assertEqual(result[k].name, d[k]) else: self.assertEqual(result[k], d[k])
def test_process_part1(self): """ check hAts and acceptorAts from buildD """ hb_builder = HydrogenBondBuilder() hb_builder.check_babel_types(self.mol.allAtoms) result = hb_builder.buildD(self.mol.allAtoms, hb_builder.paramDict) hAts = result['hAts'] self.assertEqual(len(hAts), 69) acceptorAts = result['acceptorAts'] self.assertEqual(len(acceptorAts), 70)
def test_buildD(self): """ test buildD: donor3Ats, acceptor3Ats, acceptor2Ats, donor2Ats """ hb_builder = HydrogenBondBuilder() hb_builder.check_babel_types(self.mol.allAtoms) result = hb_builder.buildD(self.mol.allAtoms, hb_builder.paramDict) #result_keys = ['donor3Ats', 'acceptor3Ats', 'acceptor2Ats', 'donor2Ats'] result_keys = ['donor3Ats', 'acceptor3Ats', 'hAts', 'acceptorAts', 'acceptor2Ats', 'donor2Ats'] d = {} d['donor3Ats'] = ['N', 'OG1', 'OG1', 'SG', 'SG', 'OG', 'OG', 'SG', 'OG1', 'SG', 'OG1', 'OH', 'OG1', 'SG', 'OG1', 'SG', 'OH'] d['acceptor3Ats'] = ['OG1', 'OG1', 'SG', 'SG', 'OG', 'OG', 'SG', 'OG1', 'SG', 'OG1', 'OH', 'OG1', 'SG', 'OG1', 'SG', 'OH'] d['hAts'] = ['HN1', 'HN2', 'HN3', 'HG1', 'HN', 'HG1', 'HN', 'HN', 'HN', 'HG', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HE', 'HH11', 'HH12', 'HH21', 'HH22', 'HN', 'HG', 'HN', 'HD21', 'HD22', 'HN', 'HN', 'HD21', 'HD22', 'HN', 'HN', 'HN', 'HE', 'HH11', 'HH12', 'HH21', 'HH22', 'HN', 'HN', 'HN', 'HG1', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HG1', 'HN', 'HH', 'HN', 'HG1', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HG1', 'HN', 'HN', 'HN', 'HN', 'HH', 'HN', 'HN', 'HD21', 'HD22'] d['donor2Ats'] = ['N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'NE', 'NH1', 'NH2', 'N', 'N', 'ND2', 'N', 'N', 'ND2', 'N', 'N', 'N', 'NE', 'NH1', 'NH2', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'N', 'ND2'] d['acceptor2Ats'] = ['O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'OD1', 'O', 'O', 'OD1', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'OE1', 'OE2', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'OD1', 'OD2', 'O', 'O', 'O', 'OD1', 'OXT'] #acceptorAts = acceptor2Ats + acceptor3Ats d['acceptorAts'] = ['O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'OD1', 'O', 'O', 'OD1', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'OE1', 'OE2', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'OD1', 'OD2', 'O', 'O', 'O', 'OD1', 'OXT', 'OG1', 'OG1', 'SG', 'SG', 'OG', 'OG', 'SG', 'OG1', 'SG', 'OG1', 'OH', 'OG1', 'SG', 'OG1', 'SG', 'OH'] for k in result_keys: #print 'testing ', k, ': ' if result[k] is not None and len(result[k]): self.assertEqual(result[k].name, d[k]) else: self.assertEqual(result[k], d[k])