Python Motif.seednumの例

コード例 #1

ファイル: MDscan.py プロジェクト: malhamdoosh/abseqPy

 def _parse(self):
     'Parse MDscan file'
     alloutput = '\n'.join(self.lines)
     premotifs = alloutput.split('\nMtf ')
     print len(premotifs)
     for pm in premotifs:
         sublines = pm.split('\n')
         score, seednum = 0, 0
         seqs = []
         for line in sublines:
             if line.find('Final Motif') == 0:
                 toks = line.split()
                 score = float(toks[6])
                 seednum = int(toks[8])
             if line.find('>') == 0:
                 seqs.append(line.split()[-1])
         #print "SEQS: ",seqs
         if seqs:
             m = Motif(seqs)
             m.MAP = score
             m.seednum = seednum
             self.motifs.append(m)

コード例 #2

ファイル: MDscan.py プロジェクト: adamlabadorf/TAMO

 def _parse(self):
     'Parse MDscan file'
     alloutput = '\n'.join(self.lines)
     premotifs = alloutput.split('\nMtf ')
     print len(premotifs)
     for pm in premotifs:
         sublines = pm.split('\n')
         score, seednum = 0,0
         seqs = []
         for line in sublines:
             if line.find('Final Motif') == 0:
                 toks    = line.split()
                 score   = float(toks[6])
                 seednum = int(toks[8])
             if line.find('>') == 0:
                 seqs.append(line.split()[-1])
         #print "SEQS: ",seqs
         if seqs:
             m = Motif(seqs)
             m.MAP = score
             m.seednum = seednum
             self.motifs.append(m)