コード例 #1
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ファイル: TrieMatchingTest.py プロジェクト: johnmerm/bioinfo
 def testTrieMatching(self):
     text='AATCGGGTTCAATCGGGGT'
     patterns=['ATCG','GGGT']
     m = trieMatching(text, patterns)
     ma = []
     for v in m.values():
         ma += v
     print(" ".join([str(mv) for mv in sorted(ma)]))
コード例 #2
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ファイル: TrieMatchingTest.py プロジェクト: johnmerm/bioinfo
 def a_testAssignment(self):
     f = open('dataset_93_6.txt')
     toks = list(f)
     text = toks[0].strip()
     patterns = [t.strip() for t in toks[1:]]
     
     m = trieMatching(text, patterns)
     ma = []
     for v in m.values():
         ma += v
     print(" ".join([str(mv) for mv in sorted(ma)]))