Python cns_fmt_dictの例

コード例 #1

ファイル: assign_qfeat.py プロジェクト: jschnable/find_cns

def main(cnsfile, qbed_file, sbed_file, qorg, sorg, padding):
    qbed = Bed(qbed_file); qbed.fill_dict()
    sbed = Bed(sbed_file); sbed.fill_dict()
    cnsdict = get_cns_dict(cnsfile)
    out = sys.stdout
    
    fmt = "%(qaccn)s,%(qchr)s,%(qstart)i,%(qstop)i,%(qstrand)s," + \
                       "%(saccn)s,%(schr)s,%(sstart)i,%(sstop)i,%(sstrand)s,%(link)s"
                     
    print >>out, "#" + fmt.replace("%(","").replace(")s","").replace(")i","")
    for cns, qfeat, sfeat in assign(cnsdict, qbed, sbed): 
        d = cns_fmt_dict(cns, qfeat, sfeat)
        d['link'] = assign_url(cns.sstart, cns.schr, cns.qstart, cns.qchr, sorg, qorg, padding)
        print >>out, fmt % d

コード例 #2

ファイル: test_assign.py プロジェクト: yuzhenpeng/find_cns

 def test_cns_fmt_dict(self):
     for cns, qfeat, sfeat in assign(self.cns_dict, self.qbed, self.sbed,
                                     self.qpair_map, self.spair_map):
         d = cns_fmt_dict(cns, qfeat, sfeat, self.evalue_dict)
         print "dddddddd", d

コード例 #3

ファイル: test_assign.py プロジェクト: PMSeitzer/find_cns

 def test_cns_fmt_dict(self):
   for cns, qfeat, sfeat in assign(self.cns_dict, self.qbed, self.sbed, self.qpair_map, self.spair_map):
     d = cns_fmt_dict(cns, qfeat, sfeat, self.evalue_dict)
     print "dddddddd", d