Python PicardMetricsParser.extract_metricsの例

コード例 #1

ファイル: qcsummary.py プロジェクト: vezzi/bcbio-nextgen

def _lane_stats(cur_name, work_dir):
    """Parse metrics information from files in the working directory.
    """
    parser = PicardMetricsParser()
    metrics_files = glob.glob(os.path.join(work_dir, "%s*metrics" % cur_name))
    metrics = parser.extract_metrics(metrics_files)
    return metrics

コード例 #2

ファイル: qcsummary.py プロジェクト: joshuashen/steady

def _lane_stats(cur_name, work_dir):
    """Parse metrics information from files in the working directory.
    """
    parser = PicardMetricsParser()
    metrics_files = glob.glob(os.path.join(work_dir, "%s*metrics" % cur_name))
    metrics = parser.extract_metrics(metrics_files)
    return metrics