Python expand_pathの例

コード例 #1

ファイル: __init__.py プロジェクト: cometsong/bcbio-nextgen

 def __init__(self, picard_ref, gatk_dir, config):
     resources = config_utils.get_resources("gatk", config)
     self._jvm_opts = resources.get("jvm_opts", ["-Xms750m", "-Xmx2g"])
     self._picard_ref = config_utils.expand_path(picard_ref)
     self._gatk_dir = config_utils.expand_path(gatk_dir) or config_utils.expand_path(picard_ref)
     self._config = config
     self._gatk_version, self._picard_version = None, None

コード例 #2

ファイル: __init__.py プロジェクト: cometsong/bcbio-nextgen

 def __init__(self, picard_ref, gatk_dir, config):
     resources = config_utils.get_resources("gatk", config)
     self._jvm_opts = resources.get("jvm_opts", ["-Xms750m", "-Xmx2g"])
     self._picard_ref = config_utils.expand_path(picard_ref)
     self._gatk_dir = config_utils.expand_path(
         gatk_dir) or config_utils.expand_path(picard_ref)
     self._config = config
     self._gatk_version, self._picard_version = None, None

コード例 #3

ファイル: effects.py プロジェクト: Tmacme/bcbio-nextgen

def _find_snpeff_datadir(config_file):
    with open(config_file) as in_handle:
        for line in in_handle:
            if line.startswith("data_dir"):
                data_dir = config_utils.expand_path(line.split("=")[-1].strip())
                if not data_dir.startswith("/"):
                    data_dir = os.path.join(os.path.dirname(config_file), data_dir)
                return data_dir
    raise ValueError("Did not find data directory in snpEff config file: %s" % config_file)

コード例 #4

def _find_snpeff_datadir(config_file):
    with open(config_file) as in_handle:
        for line in in_handle:
            if line.startswith("data_dir"):
                data_dir = config_utils.expand_path(line.split("=")[-1].strip())
                if not data_dir.startswith("/"):
                    data_dir = os.path.join(os.path.dirname(config_file), data_dir)
                return data_dir
    raise ValueError("Did not find data directory in snpEff config file: %s" % config_file)