コード例 #1
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ファイル: retriever.py プロジェクト: a113n/bcbio-nextgen-vm 
def get_refs(genome_build, aligner, config):
    """Retrieve reference genome data from a standard bcbio directory structure.
    """
    find_fn = _find_file(config[CONFIG_KEY], startswith=True)
    ref_prefix = sret.find_ref_prefix(genome_build, find_fn)
    return sret.standard_genome_refs(genome_build, aligner, ref_prefix,
                                     _list(config[CONFIG_KEY]))
コード例 #2
0
def get_refs(genome_build, aligner, config):
    """Retrieve reference genome data from a standard bcbio directory structure.
    """
    ref_prefix = sret.find_ref_prefix(
        genome_build, functools.partial(_find_file, config[KEY]))
    return sret.standard_genome_refs(genome_build, aligner, ref_prefix,
                                     objectstore.list)
コード例 #3
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ファイル: retriever.py プロジェクト: bcbio/bcbio-nextgen-vm 
def get_refs(genome_build, aligner, config):
    """Retrieve reference genome data from a standard bcbio directory structure.
    """
    find_fn = _find_file(config[CONFIG_KEY], startswith=True)
    ref_prefix = sret.find_ref_prefix(genome_build, find_fn)
    return sret.standard_genome_refs(genome_build, aligner, ref_prefix, _list(config[CONFIG_KEY]))
コード例 #4
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ファイル: s3retriever.py プロジェクト: a113n/bcbio-nextgen-vm 
def get_refs(genome_build, aligner, config):
    """Retrieve reference genome data from a standard bcbio directory structure.
    """
    find_fn = _find_file(config[KEY], prefix=config[KEY]["ref"])
    ref_prefix = sret.find_ref_prefix(genome_build, find_fn)
    return sret.standard_genome_refs(genome_build, aligner, ref_prefix, objectstore.list)
コード例 #5
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def get_refs(genome_build, aligner, config):
    ref_prefix = sret.find_ref_prefix(
        genome_build, functools.partial(_find_ref_file, config[KEY]))
    return sret.standard_genome_refs(genome_build, aligner, ref_prefix, _list)