コード例 #1
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ファイル: StringComposition.py プロジェクト: johnmerm/bioinfo
def deBruin(dna,k):
    kmers = allKmersInDna(dna, k-1)
    overlaps = overlap(kmers)
    debru = {}
    for (s,p) in overlaps:
        if s in debru:
            debru[s].add(p)
        else:
            debru[s] = {p}
    return sorted(debru.items(),key=lambda x:x[0])
コード例 #2
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ファイル: StringComposition.py プロジェクト: johnmerm/bioinfo
def composition(dna,k):
    kmers = allKmersInDna(dna, k)
    return sorted(kmers)