コード例 #1
0
ファイル: hmmer.py プロジェクト: SiriusShiu/Mungo
 def getSequence(self, blastDb, padFivePrime=0, padThreePrime=0):
     if self.genomic:
         start = max(1,self.sStart-padFivePrime)
         end = self.sEnd+padThreePrime
         h,s = blast.getSequence(blastDb, self.accession, start, end, self.strand)
     else:
         raise Exception('You must call the toGenomic method first.')
     return h,s
コード例 #2
0
ファイル: hmmer.py プロジェクト: PapenfussLab/Mungo
 def getSequence(self, blastDb, padFivePrime=0, padThreePrime=0):
     if self.genomic:
         start = max(1, self.sStart - padFivePrime)
         end = self.sEnd + padThreePrime
         h, s = blast.getSequence(blastDb, self.accession, start, end,
                                  self.strand)
     else:
         raise Exception('You must call the toGenomic method first.')
     return h, s
コード例 #3
0
ファイル: hmmer.py プロジェクト: PapenfussLab/Mungo
 def getSequence(self, blastdb, getAll=False, convertAccession=lambda x: x):
     if getAll:
         start = 0
         end = 0
     else:
         start = self.sStart
         end = self.sEnd
     accession = convertAccession(self.accession)
     h, s = blast.getSequence(blastdb, accession, start, end)
     return h, s
コード例 #4
0
ファイル: hmmer.py プロジェクト: SiriusShiu/Mungo
 def getSequence(self, blastdb, getAll=False, convertAccession=lambda x: x):
     if getAll:
         start = 0
         end = 0
     else:
         start = self.sStart
         end = self.sEnd
     accession = convertAccession(self.accession)
     h,s = blast.getSequence(blastdb, accession, start, end)
     return h,s
コード例 #5
0
ファイル: hmmer.py プロジェクト: PapenfussLab/Mungo
 def getSequence(self, blastDb, padFivePrime=0, padThreePrime=0):
     start = max(1, self.sStart - padFivePrime)
     end = self.sEnd + padThreePrime
     h, s = blast.getSequence(blastDb, self.accession, start, end,
                              self.strand)
     return h, s
コード例 #6
0
ファイル: hmmer.py プロジェクト: SiriusShiu/Mungo
 def getSequence(self, blastDb, padFivePrime=0, padThreePrime=0):
     start = max(1,self.sStart-padFivePrime)
     end = self.sEnd+padThreePrime
     h,s = blast.getSequence(blastDb, self.accession, start, end, self.strand)
     return h,s