コード例 #1
0
def run_sim():
    from bmtk.simulator import bionet

    conf = bionet.Config.from_json('sim_ch01/simulation_config.json')
    conf.build_env()
    net = bionet.BioNetwork.from_config(conf)
    sim = bionet.BioSimulator.from_config(conf, network=net)
    sim.run()

    from bmtk.analyzer.spike_trains import to_dataframe
    to_dataframe(config_file='sim_ch01/simulation_config.json')

    from bmtk.analyzer.cell_vars import plot_report

    plot_report(config_file='sim_ch01/simulation_config.json')
コード例 #2
0
ファイル: plot_test.py プロジェクト: tjbanks/bmtk-howto 
from bmtk.analyzer.cell_vars import plot_report

plot_report(config_file='simulation_config.json')
コード例 #3
0
ファイル: plot_potential.py プロジェクト: pgleeson/sonata 
from bmtk.analyzer.cell_vars import plot_report

## Plot the Calcium and Membrane Potential traces of a select subset of nodes
node_ids = [0, 4, 8]  # Nodes to plot, choose nodes 0 - 8
plot_report(config_file='config.json', node_ids=node_ids)
コード例 #4
0
ファイル: plot_report.py プロジェクト: zhenruchen/ff_BL_addIL 
from bmtk.analyzer.cell_vars import plot_report

plot_report(config_file='simulation_config.json',
            node_ids=[0, 1, 65, 91, 92, 93, 94, 95])
コード例 #5
0
from bmtk.analyzer.spike_trains import to_dataframe
from bmtk.analyzer.cell_vars import plot_report

config_file = 'simulation_config.json'
print to_dataframe(config_file=config_file)
plot_report(config_file=config_file)