def anonymisation(identifier):
"""
Metoda implementująca anonimizację danych medycznych
:param pat_name: Identyfikator.
"""
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.finished_anonymisation
Catalog.commit()
return
def status(identifier):
"""
Metoda aktualizująca status w bazie danych po rekonstrukcji danych
:param pat_name: Identyfikator.
"""
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.reco_finished
Catalog.commit()
return
def scan_status(identifier):
"""
Funkcja komunikuje się ze skanerem PET i sprawdza status wykonywanej procedury. Gdy skan zostaje ukończony, funkcja aktualizuje status badania w systemie.
:param pat_name: Identyfikator.
"""
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.finished_scanning
Catalog.commit()
UI.communique("The Scan was executed")
return
def start_reconstruction(identifier):
"""
Metoda ustawiająca dane konkretnego id do systemu kolejkowego w celu rekonstrukcji danych
:param pat_name: Identyfikator.
"""
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.reco_queued
Catalog.commit()
UI.communique("Reconstruction queued")
return
def register(identifier):
"""
Metoda odpowiedzialna za komunikacje z klastrem obliczeniowym. Zarejestrowanie rekonstrukcji obrazu medycznego
:param pat_name: Identyfikator.
"""
#Generowanie identyfikatora zadania na klastrze i zapis do bazy danych
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.reco_registered
Catalog.commit()
UI.communique("Reconstruction registered")
return
def scan(identifier):
"""
Funkcja komunikuje się ze skanerem PET wykorzystując dedykowany niskopoziomowy protokół. Wysyła polecenie rozpoczęcia badania wraz z plikiem DICOM opisującym przeprowadzaną procedurę.
:param pat_name: Identyfikator.
"""
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.scanning
Catalog.commit()
UI.communique("Scanning patient")
return
def mpps_completed(identifier):
"""
Funkcja N-CREATE zmieniająca status na completed- oznacza, że badanie zostało zakończone.
:param pat_name: Identyfikator.
"""
pydicom.dcmread("mpps_completed.dcm", force=True)
examination= Catalog.get(identifier)
#Zapis pliku mpps_discontinued.dcm do bazy danych
examination.path="C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\mpps_completed.dcm"
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.dicom_completed
Catalog.commit()
return
def mpps_inprogress(identifier):
"""
Funkcja N-CREATE zmieniająca status na in-progress- czyli badanie jest w trakcie wykonywania.
:param pat_name: Identyfikator.
"""
pydicom.dcmread("mpps_inprogress.dcm", force=True)
examination= Catalog.get(identifier)
#Zapis pliku mpps_discontinued.dcm do bazy danych
examination.path="C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\mpps_inprogress.dcm"
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.dicom_inprogress
Catalog.commit()
return
def get_output_data(identifier, file_path_cluster):
"""
Metoda odpowiedzialna za wysłanie wyjsciowych plików z klastra obliczeniowego do kontrolera modalnosci
:param pat_name: Identyfikator.
"""
final_image_controller = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\controller\\"
shutil.copy(file_path_cluster,final_image_controller)
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.send_final_data
Catalog.commit()
UI.communique("The results have been sent")
return
def build_final_image(identifier, path2):
"""
Metoda build_final_image odpowiedzialna jest za budowanie końcowego obrazu oraz deanonimizacje
:param pat_name: Identyfikator.
"""
cluster_path='C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\cluster\\'
final_file_cluster_path = os.path.join( cluster_path, str(identifier)+"_final")
os.rename(path2,final_file_cluster_path)
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.build_final_image
Catalog.commit()
UI.communique("Final image construction in progress")
return final_file_cluster_path
def send_input_data(identifier, path):
"""
Metoda odpowiedzialna za wysyłanie wejsciowych danych z kontrolera modalnosci do klastra
:param pat_name: Identyfikator.
"""
cluster_path = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\cluster"
file_cluster_path=shutil.copy(path,cluster_path)
examination = Catalog.get(identifier)
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.reco_data_ready
Catalog.commit()
UI.communique("Downloading input data for reconstruction")
return file_cluster_path
def save_final_data(identifier,file_path_cluster):
"""
Metoda savefinal_data obsługuje funkcję C-STORE pozwalającą na wysłanie obrazów z kontrolera modalnosci do serwera np. PACS.
:param pat_name: Identyfikator.
"""
final_image_controller = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\controller\\"
final_file=shutil.copy(file_path_cluster,final_image_controller)
examination= Catalog.get(identifier)
#Zapis pliku do bazy danych
examination.final_image=final_file
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.procedure_completed
Catalog.commit()
UI.communique("Final data are saved")
return
def send_scan_results(identifier):
"""
Wysłanie danych ze skanera PET do kontrolera modalnosci. Gdy dane zostaną wysłane funkcja zmienia status badania w systemie.
:param pat_name: Identyfikator.
"""
scanner_pet_path = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\scanner\\"
controller_path = "C:\\Users\\Anna\\Desktop\\pynetdicom_git_clone\\pynetdicom3\\pynetdicom3\\apps\\findscu\\controller\\"
file_scanner_path = os.path.join( scanner_pet_path, str(identifier))
file_controller_path=shutil.copy(file_scanner_path,controller_path)
examination = Catalog.get(identifier)
#Zapis pliku do bazy danych
examination.raw_data_file=file_controller_path
#Zmiana statusu w bazie danych
examination.status=Status.send_raw_data
Catalog.commit()
UI.communique("The results were sent to the controller")
return file_controller_path
name=os.path.join(os.path.basename(parent), name)
print "add project: "+name+" ("+file+")"
catalog.insertEntry(path=file, display_name=name, command=project)
for dir in args:
for root, dirs, files in os.walk(dir):
if isforbidden(root):
continue
if "project.xml" in files:
if not catalog.entryForPath(root):
addProject(root)
existing=catalog.entriesInDirectory(dir)
existing_files=map(lambda x: x.path, existing)
for file in files:
if isinteresting(root, file):
file=os.path.join(root, file)
if not file in existing_files:
add(file)
existing_files.append(file)
for old in existing:
if not old.exists():
existing.delete()
if wait:
catalog.commit()
time.sleep(WAIT_UNIT)
catalog.commit()
