#!/usr/bin/env python
from core.app import App
app = App()
app.load("test.sim")
app.run()
class TestApp(unittest.TestCase):
"""docstring for TestApp"""
def setUp(self):
#setUp before each test
self.app = App('test/test_app')
self.app.new()
self.app.load()
def tearDown(self):
# tearDown after each test
shutil.rmtree('test/test_app')
def test_load(self):
self.assertEqual(self.app.config['app']['name'], 'app name')
# print app.config
def test_new(self):
#done in setUP
pass
def test_setParameters(self):
self.app.parameters['Inputs']['bam']={'data': [{"name":"/path/to/data1"}, {"name":"/path/to/data2"}]}
self.app.setParameters()
self.assertEqual(self.app['inputs']['bam'][0].path, "/path/to/data1")
self.assertEqual(self.app['outputs']['results'][0].path, "/var/data/80bad55acc41d5fde324415808d0a700.tgz")
#try setParameters ater newParameters
self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
self.app.parameters['Parameters']['workspace']['value'] = '/path/to/data3'
self.app.setParameters()
self.assertEqual(self.app['parameters']['workspace'].__str__(), '/path/to/data3')
def test_newParameters(self):
self.app.newParameters()
self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
self.app.newParameters()
# print self.app.parameters
def test_newParameters_after_setParameters(self):
self.app.setParameters()
self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
def test_newParameters_before_setParameters(self):
self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
self.app.setParameters()
def test_newParameters_and_setParameters_more(self):
self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
self.app.setParameters()
self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
self.app.setParameters()
def test_newParameters_and_setParameters_more2(self):
self.app.setParameters()
self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
self.app.setParameters()
self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
def test_loadParameters(self):
self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
self.app.loadParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
def test_loadParameters_None(self):
self.assertRaises(ValueError, self.app.loadParameters)
def test_nodes(self):
load_case = {'bam': {'alias': 'load bam', 'node_id': 'loaddata_bam', 'name': 'loaddata', 'parameters': None, 'inputs': None, 'outputs': {'data': {'enid': 'bam'}}, 'type': 'system', 'app_id': '55128c58f6f4067d63b956b5'}}
self.assertEqual(cmp(self.app.nodes('load'), load_case), 0)
store_case = {'results': {'alias': 'store results', 'node_id': 'storedata_results', 'name': 'storedata', 'parameters': {'description': {'variable': True, 'value': None}, 'name': {'variable': True, 'value': None}}, 'inputs': {'data': {'enid': 'results'}}, 'outputs': None, 'type': 'system', 'app_id': '55128c94f6f4067d63b956b6'}}
self.assertEqual(cmp(self.app.nodes('store'), store_case), 0)
app_case = {'app name': {'inputs': {'bam': [{'enid': 'bam'}]}, 'name': 'app name', 'parameters': {'workspace': {'variable': False, 'value': None}, 'is_genedock': {'variable': False, 'value': None}}, 'outputs': {'results': [{'enid': 'results'}]}, 'app_id': '', 'alias': 'app name', 'node_id': 'app_name', 'type': 'private'}}
self.assertEqual(cmp(self.app.nodes('app'), app_case), 0)
def test_workflow(self):
self.app.buildTestWorkflow()
test_case = {'workflow': {'account': '*****@*****.**', 'version': 1, 'nodelist': [{'alias': 'load bam', 'node_id': 'loaddata_bam', 'name': 'loaddata', 'parameters': None, 'inputs': None, 'outputs': {'data': {'enid': 'bam'}}, 'type': 'system', 'app_id': '55128c58f6f4067d63b956b5'}, {'inputs': {'bam': [{'enid': 'bam'}]}, 'name': 'app name', 'parameters': {'workspace': {'variable': False, 'value': None}, 'is_genedock': {'variable': False, 'value': None}}, 'outputs': {'results': [{'enid': 'results'}]}, 'app_id': '', 'alias': 'app name', 'node_id': 'app_name', 'type': 'private'}, {'alias': 'store results', 'node_id': 'storedata_results', 'name': 'storedata', 'parameters': {'description': {'variable': True, 'value': None}, 'name': {'variable': True, 'value': None}}, 'inputs': {'data': {'enid': 'results'}}, 'outputs': None, 'type': 'system', 'app_id': '55128c94f6f4067d63b956b6'}], 'name': 'test_app name', 'description': 'test_app name'}}
self.assertEqual(cmp(self.app.workflow, test_case), 0)
def test_renderScript(self):
self.app.newParameters()
self.app.parameters['Parameters']['is_genedock']['value']=True
self.app.config['app']['outputs']=None
self.app.setParameters()
self.app.renderScript()
# print [self.app.script]
self.assertEqual(self.app.script, u'\nmkdir -p /data/project/id;\n\nln -s /var/data/540ef712ea55aa2db8a4cfea4782c74d.bam /data/project/id/samplename.bam;\n\n')
def test_build(self):
test_case = u'\nmkdir -p /data/project/id;\n\nln -s /var/data/540ef712ea55aa2db8a4cfea4782c74d.bam /data/project/id/samplename.bam;\n\n'
self.app.build(None, '/dev/null')
self.assertEqual(self.app.script, test_case)
self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
self.app.build('test/test_app/test_parameter.yaml', '/dev/null')
self.assertEqual(self.app.script, test_case)
def test_dumpYaml(self):
self.app.setParameters()
self.app.renderScript()