コード例 #1
0
ファイル: main.py プロジェクト: ichijoji/acce2
#!/usr/bin/env python

from core.app import App

app = App()

app.load("test.sim")

app.run()
コード例 #2
0
ファイル: test_app.py プロジェクト: gahoo/SNAP
class TestApp(unittest.TestCase):
    """docstring for TestApp"""
    def setUp(self):
        #setUp before each test
        self.app = App('test/test_app')
        self.app.new()
        self.app.load()

    def tearDown(self):
        # tearDown after each test
        shutil.rmtree('test/test_app')

    def test_load(self):
        self.assertEqual(self.app.config['app']['name'], 'app name')
        # print app.config

    def test_new(self):
        #done in setUP
        pass

    def test_setParameters(self):
        self.app.parameters['Inputs']['bam']={'data': [{"name":"/path/to/data1"}, {"name":"/path/to/data2"}]}
        self.app.setParameters()
        self.assertEqual(self.app['inputs']['bam'][0].path, "/path/to/data1")
        self.assertEqual(self.app['outputs']['results'][0].path, "/var/data/80bad55acc41d5fde324415808d0a700.tgz")
        #try setParameters ater newParameters
        self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
        self.app.parameters['Parameters']['workspace']['value'] = '/path/to/data3'
        self.app.setParameters()
        self.assertEqual(self.app['parameters']['workspace'].__str__(), '/path/to/data3')

    def test_newParameters(self):
        self.app.newParameters()
        self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
        self.app.newParameters()
        # print self.app.parameters

    def test_newParameters_after_setParameters(self):
        self.app.setParameters()
        self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')

    def test_newParameters_before_setParameters(self):
        self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
        self.app.setParameters()

    def test_newParameters_and_setParameters_more(self):
        self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
        self.app.setParameters()
        self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
        self.app.setParameters()

    def test_newParameters_and_setParameters_more2(self):
        self.app.setParameters()
        self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
        self.app.setParameters()
        self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')

    def test_loadParameters(self):
        self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
        self.app.loadParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')

    def test_loadParameters_None(self):
        self.assertRaises(ValueError, self.app.loadParameters)

    def test_nodes(self):
        load_case = {'bam': {'alias': 'load bam', 'node_id': 'loaddata_bam', 'name': 'loaddata', 'parameters': None, 'inputs': None, 'outputs': {'data': {'enid': 'bam'}}, 'type': 'system', 'app_id': '55128c58f6f4067d63b956b5'}}
        self.assertEqual(cmp(self.app.nodes('load'), load_case), 0)
        store_case = {'results': {'alias': 'store results', 'node_id': 'storedata_results', 'name': 'storedata', 'parameters': {'description': {'variable': True, 'value': None}, 'name': {'variable': True, 'value': None}}, 'inputs': {'data': {'enid': 'results'}}, 'outputs': None, 'type': 'system', 'app_id': '55128c94f6f4067d63b956b6'}}
        self.assertEqual(cmp(self.app.nodes('store'), store_case), 0)
        app_case = {'app name': {'inputs': {'bam': [{'enid': 'bam'}]}, 'name': 'app name', 'parameters': {'workspace': {'variable': False, 'value': None}, 'is_genedock': {'variable': False, 'value': None}}, 'outputs': {'results': [{'enid': 'results'}]}, 'app_id': '', 'alias': 'app name', 'node_id': 'app_name', 'type': 'private'}}
        self.assertEqual(cmp(self.app.nodes('app'), app_case), 0)

    def test_workflow(self):
        self.app.buildTestWorkflow()
        test_case = {'workflow': {'account': '*****@*****.**', 'version': 1, 'nodelist': [{'alias': 'load bam', 'node_id': 'loaddata_bam', 'name': 'loaddata', 'parameters': None, 'inputs': None, 'outputs': {'data': {'enid': 'bam'}}, 'type': 'system', 'app_id': '55128c58f6f4067d63b956b5'}, {'inputs': {'bam': [{'enid': 'bam'}]}, 'name': 'app name', 'parameters': {'workspace': {'variable': False, 'value': None}, 'is_genedock': {'variable': False, 'value': None}}, 'outputs': {'results': [{'enid': 'results'}]}, 'app_id': '', 'alias': 'app name', 'node_id': 'app_name', 'type': 'private'}, {'alias': 'store results', 'node_id': 'storedata_results', 'name': 'storedata', 'parameters': {'description': {'variable': True, 'value': None}, 'name': {'variable': True, 'value': None}}, 'inputs': {'data': {'enid': 'results'}}, 'outputs': None, 'type': 'system', 'app_id': '55128c94f6f4067d63b956b6'}], 'name': 'test_app name', 'description': 'test_app name'}}
        self.assertEqual(cmp(self.app.workflow, test_case), 0)

    def test_renderScript(self):
        self.app.newParameters()
        self.app.parameters['Parameters']['is_genedock']['value']=True
        self.app.config['app']['outputs']=None
        self.app.setParameters()
        self.app.renderScript()
        # print [self.app.script]
        self.assertEqual(self.app.script, u'\nmkdir -p /data/project/id;\n\nln -s /var/data/540ef712ea55aa2db8a4cfea4782c74d.bam /data/project/id/samplename.bam;\n\n')

    def test_build(self):
        test_case = u'\nmkdir -p /data/project/id;\n\nln -s /var/data/540ef712ea55aa2db8a4cfea4782c74d.bam /data/project/id/samplename.bam;\n\n'
        self.app.build(None, '/dev/null')
        self.assertEqual(self.app.script, test_case)
        self.app.newParameters('test/test_app/test_parameter.yaml')
        self.app.build('test/test_app/test_parameter.yaml', '/dev/null')
        self.assertEqual(self.app.script, test_case)

    def test_dumpYaml(self):
        self.app.setParameters()
        self.app.renderScript()