Python data_streamの例

コード例 #1

    def test_read_blosum(self):
        f = data.data_stream("blosum80")
        mat = SubMatrix.read(f)
        self.assertEqual(mat[0, 10], -3)
        f.close()

        f = data.data_stream("blosum62")
        mat = SubMatrix.read(f)
        self.assertEqual(mat[4, 5], -4)
        f.close()

コード例 #2

ファイル: test_matrix.py プロジェクト: tbrittoborges/weblogo

    def test_read_blosum(self):
        f = data.data_stream("blosum80")
        mat = SubMatrix.read(f)
        self.assertEqual(mat[0, 10], -3)
        f.close()

        f = data.data_stream("blosum62")
        mat = SubMatrix.read(f)
        self.assertEqual(mat[4, 5], -4)
        f.close()

コード例 #3

    def test_read_pam(self):
        f = data.data_stream("pam250")
        mat = SubMatrix.read(f)
        self.assertEqual(mat[0, 0], 2.0)
        f.close()

        f = data.data_stream("pam120")
        mat = SubMatrix.read(f)
        self.assertEqual(mat[4, 5], -7)
        f.close()

コード例 #4

ファイル: test_matrix.py プロジェクト: tbrittoborges/weblogo

    def test_read_pam(self):
        f = data.data_stream("pam250")
        mat = SubMatrix.read(f)
        self.assertEqual(mat[0, 0], 2.0)
        f.close()

        f = data.data_stream("pam120")
        mat = SubMatrix.read(f)
        self.assertEqual(mat[4, 5], -7)
        f.close()

コード例 #5

ファイル: __init__.py プロジェクト: SaswatiSadual/NPLB

def _build_default_registry() :
    registry = dict()
    
    # Parse database specifications from standard 'dbxref' file.
    ds = _read_dbxref( data_stream('dbxref.txt') )

    ds.append(DataSource(
        name= 'Swiss-Prot',
        abbrev = 'swissprot',
        alt_abbrev = ('uniprotkb', 'uniprot'),
        url = 'http://ca.expasy.org/sprot/',
        resource_url = 'http://www.expasy.ch/cgi-bin/get-sprot-raw.pl?%s',
        description='Protein knowledgebase',
        ) )
            
    for d in ds :
        registry[d.abbrev.lower() ] = d
        if d.alt_abbrev :
            for alt in d.alt_abbrev : 
                registry[alt.lower()] = ds                 
    return registry

コード例 #6

ファイル: __init__.py プロジェクト: snehamitra/NPLB

def _build_default_registry():
    registry = dict()

    # Parse database specifications from standard 'dbxref' file.
    ds = _read_dbxref(data_stream('dbxref.txt'))

    ds.append(
        DataSource(
            name='Swiss-Prot',
            abbrev='swissprot',
            alt_abbrev=('uniprotkb', 'uniprot'),
            url='http://ca.expasy.org/sprot/',
            resource_url='http://www.expasy.ch/cgi-bin/get-sprot-raw.pl?%s',
            description='Protein knowledgebase',
        ))

    for d in ds:
        registry[d.abbrev.lower()] = d
        if d.alt_abbrev:
            for alt in d.alt_abbrev:
                registry[alt.lower()] = ds
    return registry

コード例 #7

ファイル: test_matrix.py プロジェクト: snehamitra/NPLB

    def test_read_blosum(self):
        mat = SubMatrix.read( data.data_stream("blosum80") )
        self.assertEquals(mat[0,10], -3)

        mat = SubMatrix.read( data.data_stream("blosum62") )
        self.assertEquals(mat[4,5], -4)

コード例 #8

ファイル: test_matrix.py プロジェクト: snehamitra/NPLB

    def test_read_pam(self):
        mat = SubMatrix.read( data.data_stream("pam250") )
        self.assertEquals(mat[0,0], 2.0)

        mat = SubMatrix.read( data.data_stream("pam120") )
        self.assertEquals(mat[4,5], -7)