Python cut_fastafileの例

コード例 #1

ファイル: test_cut.py プロジェクト: alaindomissy/pycrispr

def test_cut_fastafile_42():

    assert (
        cut_fastafile('tests/data/fourtytwobp.fasta') == [
            'fourtytwobps\t0\t20\tBfaI\t1000\t+\n',
            'fourtytwobps\t22\t42\tBfaI\t1000\t-\n']
    )

コード例 #2

ファイル: test_cut.py プロジェクト: alaindomissy/pycrispr

def test_cut_fastafile_1500():
    cuts1500 = cut_fastafile('tests/data/Scaffold102974:1-1500_1500.fasta')
    expected_list_of_bedtules = ['Scaffold102974:1-1500()\t786\t806\tBfaI\t1000\t+\n',
                                 'Scaffold102974:1-1500()\t808\t828\tBfaI\t1000\t-\n',
                                 'Scaffold102974:1-1500()\t1442\t1462\tBfaI\t1000\t+\n',
                                 'Scaffold102974:1-1500()\t1464\t1484\tBfaI\t1000\t-\n',
                                 'Scaffold102974:1-1500()\t732\t752\tScrFI\t1000\t+\n',
                                 'Scaffold102974:1-1500()\t753\t773\tScrFI\t1000\t-\n']
    assert(cuts1500==expected_list_of_bedtules)