Python AssemblyAPI.get_external_source_infoの例

コード例 #1

ファイル: interface.py プロジェクト: scanon/data_api2

    def get_external_source_info(self, token=None, ref=None):
        assembly_api = AssemblyAPI(self.services, token, ref)
        result = assembly_api.get_external_source_info()

        return ttypes.AssemblyExternalSourceInfo(**result)

コード例 #2

ファイル: get_contigset.py プロジェクト: mdejongh/MEModeling

#Usage: python data_api_test.py ws-url shock-url handle-url token ref id

import sys
import json
import doekbase.data_api
from doekbase.data_api.sequence.assembly.api import AssemblyAPI , AssemblyClientAPI

assemb = AssemblyAPI({
	'workspace_service_url' : sys.argv[1],
	'shock_service_url' : sys.argv[2],
	'handle_service_url' : sys.argv[3] 
},token = sys.argv[4],ref = sys.argv[5]);

contigset = {
	'id' : sys.argv[6],
	'name' : assemb.get_external_source_info()["external_source_id"],
	'md5' : "",
	'source_id' : assemb.get_external_source_info()["external_source_id"],
	'source' : assemb.get_external_source_info()["external_source"],
	'type' : "Genome",
	'contigs' : []
};

contigdata = assemb.get_contigs();
for contigid in contigdata.keys():
	newcontig = {
		'id' : contigdata[contigid]['contig_id'],
		'length' : contigdata[contigid]['length'],
		'md5' : contigdata[contigid]['md5'],
		'sequence' : contigdata[contigid]['sequence'],
		'genetic_code' : sys.argv[7],